Diagnosa Penyakit Koi Herpes Virus KHV
DNA template yang lain. Setelah proses annealing, suhu inkubasi ditingkatkan menjadi 72 C selama 1,5 menit. Pada suhu ini, DNA polymerase akan melakukan
proses polimerase rantai DNA yang baru berdasarkan informasi yang ada pada DNA template. Setelah polimerasi, rantai DNA yang baru akan membentuk
jembatan hidrogen dengan DNA template . DNA rantai ganda akan terbentuk dengan adanya ikatan hidrogen antara DNA template dengan rantai DNA baru
hasil polimerasi, selanjutnya akan didenaturasi lagi. Rantai DNA yang baru tersebut akan berfungsi sebagai cetakan bagi reaksi polimerasi berikutnya
Yuwono 2006. Proses amplifikasi tersebut diulang lagi sampai 25-30 kalisiklus sehingga
pada akhir siklus akan mendapatkan molekul-molekul DNA rantai ganda yang baru hasil polimerasi dalam jumlah yang jauh lebih banyak dibandingkan dengan
jumlah DNA cetakan yang digunakan. Banyaknya siklus amplifikasi tergantung pada DNA target di dalam campuran reaksi Glick dan Pasternak 1998.
Hasil amplifikasi ini dapat divisualisasikan dengan mata telanjang setelah melewati proses elektroforesis dengan menggunakan gel poliakrilamida atau gel
agarose. Prinsip elektroforesis adalah molekul DNA bermuatan negatif pada pH netral akan bermigrasi ke arah yang bermuatan positif. Migrasi molekul DNA
pada gel elektroforesis dipengaruhi oleh komposisi dan kelarutan ion buffer elektroforesis. Beberapa buffer yang digunakan diantaranya Tris Asetate EDTA
TAE, Tris pHospate EDTA TBE dan Tris Borate EDTA TPE, serta buffer alkalin elektroforesis Sambrook et al. 1989. Pada saat elektroforesis, molekul
DNA akan berikatan dengan ethidium bromida EtBr sehingga molekul DNA tersebut dapat divisualisasikan dibawah lampu ultra violet.
Gambar 2 Proses amplifikasi ekstrak DNA dalam thermocycler