Beberapa pathogenesis terjadinya pneumonia nosokomial ,yaitu dengan melalui empat rute Torres.dkk, 2006.
1. Aspirasi, dimana floranya berasal dari orofaring, nasal, sinus dan lambung.
2. Inhalasi, misalnya daripada perlengkapan alatan medik seperti alat bantu nafas
pada pasien ventilator, alat penghisap dan nebulizer ataupun bronkoskopi yang terkontiminasi.
3. Hematogen, yaitu penyebaran melalui darah dari organ tubuh yang lebih jauh dari
paru. 4.
Translokasi langsung dari sisi tubuh
2.1.3.1. Aspirasi
Aspirasi sekresi orofaring, nasal, sinus, dan lambung berperan besar dalam terjadinya pneumonia nosokomial.Sekitar 45 orang yang sehat akan mengalami aspirasi
dalam keadaan normal pada saat tidur, akan tetapi pada pasien dengan gangguan pembersihan mukosilier dan penurunan kekebalan tubuh terjadinya pneumonia nosokomial
Kieninger dan Lipsett, 2009. Faktor resiko yang terpenting terjadinya pneumonia nosokomial adalah aspirasi,
pada pasien dalam keadaan terintubasi atau sedang mendapatkan ventilasi mekanik, oleh kerana mekanisme pertahanan tubuh alami antara orofaring dan salran pernafasan bahagian
bawah yang tidak dapat berfungsi dengan baik dan diperberat oleh faktor prediposisi lain seperti penurunan motiliyas saluran cerna, penurunan refleks , kemampuan menelan yang
abnormal dan keterlambatan pengosongan lambung Celis dkk.1998. Lambung berperanan sebagai reservoir mikroorganisme penyebab pneumonia
nosokomial, hal ini dapat diperhatikan pada pasien memakai nasogastric tube atau penggunaan obat-obatan yang meningkatkan asam lambung. Pada orang sehat, lambungnya
akan diisi dengan asam klorida, hal ini menyebabkan bakteri yang memasuki lambung tidak mampu pertahanan, akan tetapi penggunaan antasida maupun penghambat H2 reseptor yang
meningkat pH lambung menjadi ≥ 4 menyebabkan mikrooorganisme patogen dapat
berkembang baik dengan konsentrasi tinggi di lambung Inglis dkk.1993.