Kekeruhan merupakan gambaran sifat optik dari suatu perairan yang
ditentukan berdasarkan banyaknya sinar yang dipancarkan dan diserap oleh partikel-partikel yang ada di dalam perairan tersebut APHA 1989. Kekeruhan
menyebabkan terhalangnya penetrasi cahaya matahari ke dalam kolom air. Kekeruhan dapat disebabkan oleh adanya partikel-partikel tersuspensi, zat-zat
koloid, bahan-bahan organik, dan plankton. Semakin tinggi kekeruhan perairan maka penetrasi cahaya ke dalam air semakin dangkal. Lamun dapat menurunkan
kekeruhan air karena mampu meredam atau mengurangi kecepatan arus melalui padang lamun, akibatnya partikel tersuspensi di kolom air akan jatuh ke dasar
perairan. Fluktuasi kekeruhan berkaitan erat dengan tipe sedimen, kedalaman air dan keadaan cuaca Hamid 1996.
2.2.4 Kecepatan Arus
Arus laut permukaan merupakan pencerminan langsung dari pola angin Romimohtarto Juwana 2001. Kecepatan arus ini dapat memengaruhi
produktivitas primer padang lamun. Misalnya Thalassia testudinum mempunyai kemampuan maksimal untuk menghasilkan standing crop pada arus sekitar
0,5 mdetik. Beberapa jenis lamun bahkan mampu hidup dengan kecepatan arus berkisar 0-2,0576 mdetik, misalnya H. spinulosa dan H. uninervis pada kisaran
0-1,0288 mdetik Dahuri 2003; Walker 1989, diacu dalam Irawan 2003. Aliran air akan meningkatkan pengambilan CO
2
dan nutrien ke permukaan melalui modifikasi turbelensi oleh kanopi padang lamun Hillman et al. 1989.
2.2.5 Nilai pH
Nilai pH menyatakan intensitas keasaman atau kebasaan dari suatu cairan yang mewakili konsentrasi ion hidrogen. Air laut mempunyai kemampuan
menyangga yang sangat besar untuk mencegah perubahan pH. Perubahan sedikit saja dari pH alami akan memberikan petunjuk terganggunya sistem penyangga.
Hal ini dapat menimbulkan perubahan dan ketidak seimbangan kadar CO
2
yang dapat membahayakan kehidupan biota laut. Nilai pH air laut permukaan di
Indonesia umumnya bervariasi dari lokasi ke lokasi antara 6,0 dan 8,5. Menurut Beer et al. 1977, diacu dalam Phillip dan Menez 1988, lamun dapat tumbuh
dengan baik pada saat pH air laut normal yaitu antara 7,8 dan 8,5 karena pada saat
tersebut ion bikarbonat yang dibutuhkan untuk proses fotosintasis oleh lamun berada dalam keadaan melimpah.
2.2.6 Kadar Gas Oksigen terlarut
Gas oksigen terlarut adalah konsentrasi gas oksigen yang terlarut dalam air dan diperlukan oleh hampir semua bentuk kehidupan akuatik untuk proses
pembakaran dalam tubuh. Menurut Hutagalung dan Rozak 1997a, sumber utama oksigen dalam air laut adalah udara melalui proses difusi dan hasil
fotosintesis tumbuhan air pada siang hari. Selanjutnya dikatakan bahwa menurunnya kadar oksigen dalam air laut dapat diakibatkan oleh kenaikan suhu
air, proses respirasi, adanya lapisan minyak di atas permukaan laut, dan masuknya limbah organik yang mudah terurai ke lingkungan laut. Kadar oksigen terlarut di
perairan Indonesia berkisar 4,5 - 7,0 ppm.
2.2.7 Unsur Hara