κ-Carrageenase gene was expressed with similar level in transgenic Kappaphycus alvarezii.
Key words: gene expression analysis, cycle of threshold, qrt-PCR
5.1 Pendahuluan
Penggunaan teknologi transgenesis untuk memproduksi rumput laut Kappaphycus alvarezii yang memiliki karakter tertentu yang diinginkan,
merupakan peluang efektif dan strategis. Kemajuan terbaru dalam teknologi transfer gen tersebut memiliki potensi sangat besar untuk pengembangan rumput
laut K. alvarezii transgenik yang membawa gen penyandi enzim κ-Carrageenase
yang berperan dalam sintesis karagenan. Hal ini menjadi salah satu alternatif dalam upaya peningkatan kandungan karagenan.
Tahapan transgenesis yang penting berikutnya dalam rangka perakitan rumput laut Kappaphycus alvarezii transgenik, adalah pemeliharaan lanjut dari
eksplan transgenik dan analisis ekspresi gen pada level RNA. Adanya ekspresi messenger RNA mRNA gen yang ditransfer menunjukkan potensi tinggi
diperoleh karakter yang diinginkan pada organisme transgenik. Pengamatan ekspresi gen dapat dilakukan dengan berbagai metode, diantaranya menggunakan
gen reporter sebagai indikator pengamatan ekspresi sementaranya Alimuddin 2003; Her et al. 2004; Kato et al. 2007. Ekspresi gen juga dapat dianalisis dengan
cara mengukur level mRNA dan protein. mRNA dari gen asing dapat dideteksi dengan menggunakan probe dengan melabel fragmen DNA dengan radioaktif, dan
protein dengan cara immunodeteksi dengan menggunakan antibodi Alimuddin et al. 2003.
Metode analisis ekspresi gen lainnya yang berkembang sekarang adalah menggunakan teknik RT-PCR. Reverse transkripsi dikombinasikan dengan
polymerase chain reaction RT-PCR telah terbukti menjadi metode yang tepat untuk mengukur ekspresi gen Horikoshi et al. 1992. Teknologi real time PCR
telah diadaptasi untuk melakukan quantitative Real Time-PCR qrt-PCR.
Strategi kuantifikasi ekspresi gen target menggunakan metode qrt-PCR, pada beberapa artikel ilmiah antara lain menyebutkan sebagai kuantifikasi mutlak
absolut, relatif, ataupun komparatif Pfaffl, 2004. Metode untuk menganalisis data untuk mengukur perubahan relatif ekspresi gen menggunakan persamaan 2
- ΔΔCт
telah dilakukan Schmittgen et al. 2000, sedangkan kuantifikasi komparatif adalah kuantifikasi rasio yang menggambarkan ekspresi gen target dibandingkan
kapasitas inang mengekspresikan gen kontrol internal house keeping gene. Pada penelitian ini dilakukan analisis tingkat ekspresi mRNA gen
κ- Carrageenase pada rumput laut K. alvarezii transgenik menggunakan metode qrt-
PCR dengan membandingkan ekspresi gen κ-Carrageenase dengan gen Actin
sebagai kontrol internal.
5.2 Metode Penelitian
5.2.1 Tempat dan Waktu Penelitian
Pembesaran eksplan-tunas Kappaphycus alvarezii transgenik dilaksanakan di Laboratorium Kultur Jaringan, dan analisis ekspresi dilaksanakan di
