Tujuan Penelitian Seleksi Dan Studi Pewarisan Serta Pengembangan Marka Ssr Penanda Ketahanan Terhadap Penyakit Layu Bakteri (Ralstonia Solanacearum) Pada Tomat
Penanda molekuler memiliki peran penting dalam bidang bioteknologi dan studi genetik. Ada berbagai tipe penanda molekuler, yaitu yang tidak berbasis
PCR RFLP dan yang berbasis PCR RAPD, AFLP, SSR, SNP, dan lain sebagainya Kumar et al. 2009. Berbeda dengan pernyataan Jehan dan
Lakhanpaul 2006 yang mengemukakan penanda molekuler dapat diklasifikasi menjadi 3 kelas, yaitu: penanda berbasis hibridisasi RFLP, penanda berbasis
PCR RAPD dan modifikasinya, dan penanda yang menggabungkan prinsip hibridisasi dan PCR SSR, AFLP, dan modifikasi lainnya.
Dewasa ini penanda molekuler menjadi pilihan terdepan untuk studi keragaman genetik tanaman. Penanda molekuler hingga kini merupakan teknik
yang menjanjikan, cepat, dan tergolong murah. Penanda molekuler yang ideal harus mampu memenuhi beberapa kriteria, yaitu: tingkat polimorfik yang tinggi,
bersifat kodominan, selektif, reprodusibilitas tinggi, murah,dan mudah dilakukan Kumar et al. 2009.
PCR Polymerase Chain Reaction sebagai teknik dasar dalam kegiatan molekuler sangat membantu penggunaan penanda molekuler. PCR adalah teknik
untuk memperbanyak untai DNA secara banyak dengan waktu yang relatif cepat Innis et al. 1990. Teknik identifikasi berbasis PCR dapat digunakan untuk
mendeteksi keragaman pada tanaman Jones et al. 1997.
Salah satu teknik penanda molekuler yang berbasis PCR adalah Simple Sequence Repeats
SSR. Menurut Powell et al. 1996 SSR adalah kelompok urutan DNA berulang yang merupakan bagian yang signifikan dari genom
eukariot. Bagian tersebut dapat menyajikan informasi penanda genetik yang sangat penting. SSR telah menjadi penanda yang sangat berguna dalam berbagai
aspek studi genetika molekuler dalam dekade terakhir, di antaranya pada bidang: studi keanekaragaman genetik Ashley et al. 2003, fingerprinting Rongwen et
al.
1995, studi ekologi-genetik Li et al. 2000, dan marker-assisted selection Fazio et al. 2003. Penggunaan SSR semakin meluas dikarenakan penanda ini
bersifat kodominan, reproducible, banyak terdapat pada individu eukariot dan memiliki keanekaragaman alel yang tinggi Mohan et al. 1997.