Aplikasi Marka SSR Pada Genotipe Tomat Lokal Koleksi
6 PEMBAHASAN UMUM
Tomat Lycopersicum esculentum Mill adalah salah satu sayuran pokok di Indonesia. Tomat yang dapat dikonsumsi dalam bentuk buah segar ataupun olahan
ini dibutuhkan dalam kehidupan sehari-hari. Masih rendahnya tingkat produksi dalam negeri mendorong dilakukannya budidaya tomat di dataran rendah.
Penanaman tomat di dataran rendah memiliki prospek cerah, namun tidak terlepas dari beberapa masalah. Salah satu pembatas budidaya tomat di dataran rendah
adalah serangan penyakit layu bakteri yang disebabkan oleh bakteri tular tanah Ralstonia solanacearum
. Bakteri gram negatif ini sangat merugikan dan susah untuk dikendalikan. Dewasa ini telah banyak pendekatan yang dilakukan untuk
dapat menekan kerusakan yang ditimbulkan penyakit layu bakteri, namun tidak sesuai dengan harapan. Pemanfaatan agen hayati, rotasi tanaman, dan bakterisida
belum mampu mengendalikan serangan penyakit ini sehingga penggunaan varietas tahan diyakini merupakan solusi awal yang paling tepat untuk dilakukan.
Indonesia sebagai negara agraris memiliki banyak plasma nutfah. Berbagai genotipe tomat lokal diduga memiliki beberapa sifat unggul yang berbeda antar
genotipe. Melalui koleksi dan seleksi sebagai langkah awal dari kegiatan pemuliaan tanaman tomat diharapkan dapat memberikan kontribusi dalam usaha
pengendalian penyakit layu bakteri. Kegiatan seleksi memungkinkan pemulia untuk mendapatkan genotipe yang tahan sehingga dapat digunakan dalam
kegiatan pemuliaan selanjutnya.
Hingga saat ini perakitan varietas tomat yang tahan penyakit layu bakteri masih terkendala oleh studi pewarisan yang masih belum konsisten. Beberapa
penelitian memberikan informasi pewarisan yang berbeda-beda. Berdasarkan fakta tersebut maka mempelajari pola pewarisan sifat ketahanan terhadap penyakit
layu bakteri perlu dilakukan.
Sejalan dengan kegiatan pemuliaan tanaman secara konvensional, pemulia dapat memanfaatkan penanda molekuler. Penanda molekuler telah banyak
dilakukan untuk mengefisiensikan waktu dan tenaga dalam kegiatan pemuliaan tanaman. Teknik molekuler berbasis PCR Polymerase Chain Reaction seperti
SSR Simple Sequence Repeats terbukti dapat dimanfaatkan dalam deteksi penyakit.
Keragaman pada genotipe tomat lokal koleksi terhadap ketahanan penyakit layu bakteri memberikan modal awal dalam kegiatan studi pewarisan. Dari
penelitian yang dilakukan, genotipe Kudamati 1 bersifat sangat tahan dan Lombok 4 sangat rentan. Memanfaatkan kedua genotipe ini dalam studi pewarisan
memberikan informasi bahwa karakter ketahanan terhadap penyakit layu bakteri bersifat dominan. Hal ini diketahui dari pengujian yang dilakukan pada populasi
F
1
. Berdasarkan pengamatan pada populasi F
1R
dapat diketahui bahwa tidak ada pengaruh tetua betina dalam pewarisan ketahanan ini. Pendugaan derajat
dominansi yang mengarah pada dominan tidak sempurna diperkuat oleh hasil uji χ
2
pada populasi F
2
yang mengarah pada rasio 9:7 hidup : mati. Rasio ini menandakan bahwa sifat ini merupakan karakter kualitatif yang dikendalikan oleh
dua pasang gen mayor dengan aksi gen duplikat resesif epistasis. Melalui pengembangan marka SSR diperoleh satu primer yang diduga
penanda ketahanan terhadap penyakit layu bakteri, yaitu primer TOM-144. Sebelumnya primer ini telah dilaporkan oleh Parmar et al. 2013 sebagai penanda
pada penyakit layu Fusarium pada tomat. Berbeda dengan
penelitian Parmar et al. 2013 yang
menggunakan agarose sebagai media elektroforesis, penelitian ini menggunakan PAGE Polyacrilamide Gel Electrophoresis. Pengamatan pada
pita hasil elektroforesis menunjukkan bahwa genotipe tahan dan rentan hanya terpisah beberapa basa saja. Hal tersebut akan sangat beresiko apabila
dielektroforesis
dengan menggunakan
agarose .
Penggunaan PAGE
memungkinkan tampilan separasi dan resolusi yang detail walaupun perbedaan basanya tergolong kecil.
Sejauh kegiatan penelitian yang telah dilakukan dapat dilihat bahwa seleksi ketahanan terhadap penyakit layu bakteri pada tomat memberikan hasil yang
sama, baik seleksi secara konvensional maupun molekuler.
Prospek pemanfaatan hasil penelitian dalam kegiatan pemuliaan tanaman tomat
Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat membantu kegiatan pemuliaan tanaman tomat. Dari beberapa genotipe tomat lokal yang dikoleksi ternyata ada
yang memiliki ketahanan terhadap penyakit layu bakteri yang dapat dibudidayakan secara komersial. Informasi pewarisan yang telah diketahui juga
dapat dimanfaatkan sebagai dasar perakitan varietas tahan. Berdasarkan informasi pewarisan yang didapat, maka pemulia dapat merakit varietas tahan berupa galur
murni dengan memanfaatkan seleksi silang balik. Selain itu setelah didapat penanda SSR terhadap ketahanan penyakit layu bakteri, maka kegiatan seleksi
akan lebih mudah dilakukan.