Kesimpulan Seleksi Dan Studi Pewarisan Serta Pengembangan Marka Ssr Penanda Ketahanan Terhadap Penyakit Layu Bakteri (Ralstonia Solanacearum) Pada Tomat

5.3 Hasil dan Pembahasan 5.3.1 Seleksi Primer Identifikasi ketahanan tomat terhadap penyakit layu bakteri berdasarkan marka SSR dimulai dengan melakukan seleksi primer. Sepuluh primer SSR yang dipilih berdasarkan Parmar et al. 2013 dan Areshchenkova 2000 diuji dengan menggunakan enam genotipe terpilih yang mewakili tetua tahan, tetua rentan, dan generasi F 1 masing-masing dua genotipe. Produk PCR dielektroforesis dengan menggunakan agarose dan PAGE. Hasil elektroforesis menggunakan agarose ditunjukkan pada Gambar 14. Produk PCR teramplifikasi dengan bagus dan menunjukkan pita yang jelas, namun tidak mampu menunjukkan perbedaan di tiap genotipenya. Setelah memastikan produk PCR bagus, maka selanjutnya dilakukan analisis dengan menggunakan PAGE. Gambar 15 dan 16 merupakan hasil PAGE kesepuluh primer yang digunakan. TMS 1 memiliki letak pita target pada ukuran 134 bp Tabel 9. Keempat genotipe yang digunakan menunjukkan tidak adanya perbedaan antara genotipe tahan dan genotipe rentan. Ini menandakan bahwa primer TMS 1 tidak dapat menjadi penanda ketahanan penyakit layu bakteri pada tomat. Hal serupa juga terjadi pada primer TMS 2, TMS 8, TMS 17, dan SSR 67. Pada primer TMS 4 semua genotipe tidak memberikan hasil amplifikasi. Primer TMS 6 menunjukkan bahwa genotipe Situbondo Gelombang tidak memberikan hasil pita amplifikasi pada ukuran 335 bp, namun Kudamati 1, Meranti 2, dan Lombok 4 memberikan hasil pita amplifikasi. Primer TMS 7 dan TMS 9 pada ketiga genotipe Kudamati 1, Situbondo Gelombang, dan Meranti 2 memberikan hasil pita target pada ukuran 170 bp dan 360 Tabel 9, namun Lombok 4 tidak memberikan hasil pita amplifikasi primer TMS 7 dan ukuran pita yang berbeda dari ketiga genotipe lainnya primer TMS 9. Diduga primer TMS 7 dan TMS 9 merupakan penanda karakter lain. Menurut Parmer et al. 2013 primer SSR 67 dan TOM 144 terkait ketahanan terhadap penyakit layu Fusarium pada tomat. Primer SSR 67 yang memberikan hasil pita amplifikasi pada ukuran 900 bp Tabel 9 menunjukkan tidak ada perbedaan antara genotipe tahan dan rentan. Berbeda dengan primer TOM 144, hasil pita amplifikasi menunjukkan perbedaan yang jelas antara genotipe tahan dan rentan.