Dalam mengoptimalkan kegiatan pemuliaan, ada beberapa cabang ilmu yang berkaitan, di antaranya: genetika, botani, fisiologi tanaman, agronomi,
entomologi, patologi, biokimia, serta ilmu statistik dan komputer Chahal Gosal 2003. Kegiatan pemuliaan tanaman pada dasarnya diawali dengan kegiatan
koleksi berbagai genotipe. Setelah dilakukan koleksi, tanaman-tanaman tersebut diseleksi sesuai dengan karakter-karakter yang diinginkan. Demi meningkatkan
efektifitas seleksi kegiatan perluasan keragaman genetik perlu dilakukan, yang meliputi hibridisasi, mutasi, ataupun rekayasa genetika. Setelah perluasan genetik
dilakukan maka langkah selanjutnya adalah seleksi. Metode seleksi yang dipilih tergantung dari tipe penyerbukan. Hasil seleksi kemudian akan dievaluasi untuk
mengetahui kestabilan dari calon varietas tersebut Syukur et al. 2012.
Tujuan dari program pemuliaan tomat bervariasi tergantung pada lokasi, kebutuhan, dan sumber daya. Secara umum, tujuan pemuliaan dalam tomat telah
melalui empat tahap, yaitu pemuliaan untuk peningkatan hasil pada tahun 1970- an, masa simpan produk pada tahun 1980-an, kualitas rasa tahun 1990-an, dan
kualitas gizi pada saat ini. Dalam rangka mencapai keuntungan yang memuaskan, petani diharuskan memproduksi buah dalam skala tinggi dengan biaya produksi
serendah mungkin sehingga mayoritas tujuan pemuliaan fokus pada karakteristik yang mengurangi biaya produksi atau memastikan produksi dengan hasil dan
kualitas yang tinggi Bai Lindhout 2007.
Hingga saat ini salah satu bidang pemuliaan tanaman yang masih terus diteliti adalah peningkatan resistensi, baik terhadap cekaman biotik ataupun
abiotik. Menurut Bai dan Lindhout 2007 salah satu masalah yang paling menonjol dalam pemuliaan tomat adalah resistensi terhadap hama penyakit
dimana tomat memiliki lebih dari 200 spesies hama patogen yang dapat menyebabkan kerugian ekonomi yang signifikan.
2.5 Penanda Molekuler
Kegiatan pemuliaan tanaman tergantung pada identifikasi dan pemanfaatan variasi genetik. Penggunaan penanda molekuler untuk mengetahui ‘track loci’ dan
daerah genom tanaman sekarang merupakan kegiatan rutinitas pada kegiatan pemuliaan. Susunan penanda genetik seperti penanda berbasis morfologi,
biokimia dan DNA telah digunakan di berbagai bidang, termasuk di bagian pengembangan hasil tanaman. Perbaikan genetik pada tanaman memerlukan
informasi sifat ekonomi tanaman tersebut, seperti hasil produksi, ketahanan hama penyakit atau cekaman abiotik untuk menjadi target kegiatan pemuliaan tanaman
Langridge Chalmers 2004; Jehan Lakhanpaul 2006. Identifikasi genetik dengan pendekatan molekuler untuk mendapatkan informasi genetik terkait
karakter yang diinginkan sangat dibutuhkan dalam kegiatan pemuliaan agar mendapat hasil yang tepat Nuraida 2012. Selain itu menurut Prabakaran et al.
2010 penanda molekuler merupakan cara tepat untuk mengetahui variasi genetik dan identitas kultivar. Sehgal et al. 2012 menyatakan bahwa penanda molekuler
dapat meningkatkan karakterisasi sumber genetik dan identifikasi keragaman genetik. Karakterisasi molekuler pada genotipe memberikan informasi yang tepat
untuk keragaman genetik secara luas yang dapat membantu perkembangan program pemuliaan tanaman Sajib et al. 2012.
Penanda molekuler memiliki peran penting dalam bidang bioteknologi dan studi genetik. Ada berbagai tipe penanda molekuler, yaitu yang tidak berbasis
PCR RFLP dan yang berbasis PCR RAPD, AFLP, SSR, SNP, dan lain sebagainya Kumar et al. 2009. Berbeda dengan pernyataan Jehan dan
Lakhanpaul 2006 yang mengemukakan penanda molekuler dapat diklasifikasi menjadi 3 kelas, yaitu: penanda berbasis hibridisasi RFLP, penanda berbasis
PCR RAPD dan modifikasinya, dan penanda yang menggabungkan prinsip hibridisasi dan PCR SSR, AFLP, dan modifikasi lainnya.
Dewasa ini penanda molekuler menjadi pilihan terdepan untuk studi keragaman genetik tanaman. Penanda molekuler hingga kini merupakan teknik
yang menjanjikan, cepat, dan tergolong murah. Penanda molekuler yang ideal harus mampu memenuhi beberapa kriteria, yaitu: tingkat polimorfik yang tinggi,
bersifat kodominan, selektif, reprodusibilitas tinggi, murah,dan mudah dilakukan Kumar et al. 2009.
PCR Polymerase Chain Reaction sebagai teknik dasar dalam kegiatan molekuler sangat membantu penggunaan penanda molekuler. PCR adalah teknik
untuk memperbanyak untai DNA secara banyak dengan waktu yang relatif cepat Innis et al. 1990. Teknik identifikasi berbasis PCR dapat digunakan untuk
mendeteksi keragaman pada tanaman Jones et al. 1997.
Salah satu teknik penanda molekuler yang berbasis PCR adalah Simple Sequence Repeats
SSR. Menurut Powell et al. 1996 SSR adalah kelompok urutan DNA berulang yang merupakan bagian yang signifikan dari genom
eukariot. Bagian tersebut dapat menyajikan informasi penanda genetik yang sangat penting. SSR telah menjadi penanda yang sangat berguna dalam berbagai
aspek studi genetika molekuler dalam dekade terakhir, di antaranya pada bidang: studi keanekaragaman genetik Ashley et al. 2003, fingerprinting Rongwen et
al.
1995, studi ekologi-genetik Li et al. 2000, dan marker-assisted selection Fazio et al. 2003. Penggunaan SSR semakin meluas dikarenakan penanda ini
bersifat kodominan, reproducible, banyak terdapat pada individu eukariot dan memiliki keanekaragaman alel yang tinggi Mohan et al. 1997.
