Hipotesis Penelitian Seleksi Dan Studi Pewarisan Serta Pengembangan Marka Ssr Penanda Ketahanan Terhadap Penyakit Layu Bakteri (Ralstonia Solanacearum) Pada Tomat

Penanda molekuler memiliki peran penting dalam bidang bioteknologi dan studi genetik. Ada berbagai tipe penanda molekuler, yaitu yang tidak berbasis PCR RFLP dan yang berbasis PCR RAPD, AFLP, SSR, SNP, dan lain sebagainya Kumar et al. 2009. Berbeda dengan pernyataan Jehan dan Lakhanpaul 2006 yang mengemukakan penanda molekuler dapat diklasifikasi menjadi 3 kelas, yaitu: penanda berbasis hibridisasi RFLP, penanda berbasis PCR RAPD dan modifikasinya, dan penanda yang menggabungkan prinsip hibridisasi dan PCR SSR, AFLP, dan modifikasi lainnya. Dewasa ini penanda molekuler menjadi pilihan terdepan untuk studi keragaman genetik tanaman. Penanda molekuler hingga kini merupakan teknik yang menjanjikan, cepat, dan tergolong murah. Penanda molekuler yang ideal harus mampu memenuhi beberapa kriteria, yaitu: tingkat polimorfik yang tinggi, bersifat kodominan, selektif, reprodusibilitas tinggi, murah,dan mudah dilakukan Kumar et al. 2009. PCR Polymerase Chain Reaction sebagai teknik dasar dalam kegiatan molekuler sangat membantu penggunaan penanda molekuler. PCR adalah teknik untuk memperbanyak untai DNA secara banyak dengan waktu yang relatif cepat Innis et al. 1990. Teknik identifikasi berbasis PCR dapat digunakan untuk mendeteksi keragaman pada tanaman Jones et al. 1997. Salah satu teknik penanda molekuler yang berbasis PCR adalah Simple Sequence Repeats SSR. Menurut Powell et al. 1996 SSR adalah kelompok urutan DNA berulang yang merupakan bagian yang signifikan dari genom eukariot. Bagian tersebut dapat menyajikan informasi penanda genetik yang sangat penting. SSR telah menjadi penanda yang sangat berguna dalam berbagai aspek studi genetika molekuler dalam dekade terakhir, di antaranya pada bidang: studi keanekaragaman genetik Ashley et al. 2003, fingerprinting Rongwen et al. 1995, studi ekologi-genetik Li et al. 2000, dan marker-assisted selection Fazio et al. 2003. Penggunaan SSR semakin meluas dikarenakan penanda ini bersifat kodominan, reproducible, banyak terdapat pada individu eukariot dan memiliki keanekaragaman alel yang tinggi Mohan et al. 1997. 3 SELEKSI TIGA PULUH GENOTIPE TOMAT LOKAL TERHADAP KARAKTER KETAHANAN PENYAKIT LAYU BAKTERI Ralstonia solanacearum Selection of thirty local tomato genotypes to bacterial wilt R. solanacearum disease resistance Abstrak Penyakit layu bakteri yang disebabkan oleh bakteri Ralstonia solanacearum merupakan penyakit penting pada tomat yang dapat menurunkan hasil hingga 35. Budidaya menggunakan varietas tahan adalah langkah awal yang penting dalam pengendalian penyakit ini. Tujuan penelitian adalah untuk menyeleksi ketahanan genotipe tomat lokal koleksi terhadap penyakit layu bakteri. Bahan tanam yang digunakan meliputi tiga puluh genotipe tomat lokal yang dikoleksi dari berbagai daerah di Indonesia. Tanaman diinokulasi dengan menggunakan isolat lapang pada saat bibit berusia empat minggu setelah semai. Pengamatan selama tiga puluh hari pada karakter periode inkubasi, kejadian penyakit, area under the disease curve , dan persentase tanaman hidup menunjukkan bahwa setiap genotipe memiliki respon ketahanan yang berbeda. Genotipe yang bersifat sangat tahan adalah Kudamati 1 dan yang bersifat sangat rentan adalah Lombok 4. Kata kunci: tomat, Ralstonia solanacearum, inokulasi Abstract Bacterial wilt disease caused by Ralstonia solanacearum is an important disease on tomato that could reduce productivity by up to 35. Cultivate the resistant variety is an important early step in controlling this disease. This research aimed to select collected local tomato genotypes resistance to bacterial wilt. The materials were thirty local genotipes that collected from various regions in Indonesia. Plants were inoculated by field isolated inoculum at four weeks after seeding. A thirty days observation on the characteristics of incubation period, disease incident, area under the disease curve, and living plants percentage revealed that each genotype has different resistance responses. The results showed that the highly resistant and susceptible were Kudamati 1 and Lombok 4, respectively. Keywords: tomato, Ralstonia solanacearum, inoculation

3.1 Pendahuluan

Budidaya tomat hingga saat ini masih memiliki banyak kendala di lapangan, baik gangguan biotik maupun abiotik. Terutama penanaman tomat di dataran rendah yang memiliki permasalahan berupa serangan penyakit layu bakteri yang dapat menyebabkan kerugian yang besar hingga gagal panen Álvarez et al. 2010. Penyakit ini disebabkan oleh Ralstonia solanacearum. Menurut Agrios 2005 dan Yamada et al. 2007, R. solanacearum menyerang areal pertanaman yang memiliki suhu tinggi dan keberadaannya terbatas di daerah yang berhawa panas, sehingga menjadi patogen penting di daerah tropis dan subtropis. Patogen mudah menyebar melalui irigasi dan peralatan pertanian yang telah terkontaminasi Yamada et al. 2007. Tingginya tingkat kerusakan akibat patogen ini menjadikannya sebagai patogen paling berbahaya nomor dua di dunia Mansfield et al. 2012. Patogen juga memiliki daya tahan hidup yang lama di tanah dan air Mansfield et al. 2012, serta memiliki kisaran inang lebih dari 200 spesies yang mencakup 50 famili Aliye et al. 2008. Beberapa inang lain dari patogen ini adalah bunga cendrawasih Rodrigues et al. 2011, bunga geranium Ozaki Watabe 2009, terong Bi-hao et al. 2009, kentang Zuluaga et al. 2015, cabai Kumar et al. 2013 dan suku Solanaceae lainnya. Menurut Ayana et al. 2011 dan Xue et al. 2011, sejauh ini tidak ada pengendalian penyakit yang efektif secara umum. Beberapa pendekatan untuk mengendalikan serangan R. solanacearum telah dilakukan, seperti penggunaan agens hayati Xue et al. 2009 dan bakterisida. Penggunaan agen hayati yang dapat mengendalikan jumlah populasi patogen ternyata belum mampu bekerja secara optimal menekan populasi patogen hingga akhir masa pertumbuhan Maharina et al. 2014. Pengendalian dengan menggunakan bakterisida dalam jangka waktu panjang akan menimbulkan dampak yang tidak diinginkan, seperti timbulnya resistensi patogen. Selain itu, pengendalian secara kimiawi pun juga sebenarnya belum efektif dalam menanggulangi serangan R. solanacearum ataupun menyembuhkan tanaman yang telah terserang Young et al. 2012. Sejauh ini resistensi secara genetik sangat diharapkan demi pengendalian penyakit yang efektif dan ramah lingkungan dibandingkan penggunaan bahan kimia Mejri et al. 2012. Tujuan penelitian ini adalah untuk menyeleksi genotipe tomat lokal yang tahan terhadap penyakit layu bakteri. 3.2 Bahan dan Metode 3.2.1 Waktu dan Tempat Penelitian bertempat di Kebun Percobaan Leuwikopo pada Februari-April 2015. Pembibitan, penanaman, dan pemberian inokulum dilakukan di rumah plastik yang berada di ketinggian 250 m dpl.

3.2.2 Bahan Tanam

Bahan tanam yang digunakan merupakan 30 genotipe tomat lokal Aceh 1, Aceh 2, Aceh 3, Aceh 5, Bajawa, Cherry NTT, Gelombang 2, Kali Acai, Kefamenanu 3, Kefamenanu 6, Kefamenanu7, Kefamenanu 9, Kefamenanu 12, Kefamenanu 14, Kemir, Kudamati 1, Kudamati 3, Lombok 1, Lombok 2, Lombok