Bulk Segregant Analysis BSA

Quarrie SA Lazić-Jančić V Kovačević D Steed A Pecić S. 1 . Bulk segregant analysis with molecular markers and its use for improving drought resistance in maize. Journal of Experimental Botany. 50337:1299-1306. Tommasini L, Batley J, Arnold GM, Cooke RJ, Donini P, Lee D, Law JR, Lowe C, Moule C, Trick M, dan Edwards KJ. 2003. The development of multiplex simple sequence repear SSR markers to complement distinctness, uniformity and stability testing of rape Brassica napus L. Yang CY. 1979. Bacterial and fungal disease of tomatoes. Di dalam: First Intl. Symp. On Tropical Tomato. AVRDC, Shanhua, Taiwan. pp. 111-123. 6 PEMBAHASAN UMUM Tomat Lycopersicum esculentum Mill adalah salah satu sayuran pokok di Indonesia. Tomat yang dapat dikonsumsi dalam bentuk buah segar ataupun olahan ini dibutuhkan dalam kehidupan sehari-hari. Masih rendahnya tingkat produksi dalam negeri mendorong dilakukannya budidaya tomat di dataran rendah. Penanaman tomat di dataran rendah memiliki prospek cerah, namun tidak terlepas dari beberapa masalah. Salah satu pembatas budidaya tomat di dataran rendah adalah serangan penyakit layu bakteri yang disebabkan oleh bakteri tular tanah Ralstonia solanacearum . Bakteri gram negatif ini sangat merugikan dan susah untuk dikendalikan. Dewasa ini telah banyak pendekatan yang dilakukan untuk dapat menekan kerusakan yang ditimbulkan penyakit layu bakteri, namun tidak sesuai dengan harapan. Pemanfaatan agen hayati, rotasi tanaman, dan bakterisida belum mampu mengendalikan serangan penyakit ini sehingga penggunaan varietas tahan diyakini merupakan solusi awal yang paling tepat untuk dilakukan. Indonesia sebagai negara agraris memiliki banyak plasma nutfah. Berbagai genotipe tomat lokal diduga memiliki beberapa sifat unggul yang berbeda antar genotipe. Melalui koleksi dan seleksi sebagai langkah awal dari kegiatan pemuliaan tanaman tomat diharapkan dapat memberikan kontribusi dalam usaha pengendalian penyakit layu bakteri. Kegiatan seleksi memungkinkan pemulia untuk mendapatkan genotipe yang tahan sehingga dapat digunakan dalam kegiatan pemuliaan selanjutnya. Hingga saat ini perakitan varietas tomat yang tahan penyakit layu bakteri masih terkendala oleh studi pewarisan yang masih belum konsisten. Beberapa penelitian memberikan informasi pewarisan yang berbeda-beda. Berdasarkan fakta tersebut maka mempelajari pola pewarisan sifat ketahanan terhadap penyakit layu bakteri perlu dilakukan. Sejalan dengan kegiatan pemuliaan tanaman secara konvensional, pemulia dapat memanfaatkan penanda molekuler. Penanda molekuler telah banyak dilakukan untuk mengefisiensikan waktu dan tenaga dalam kegiatan pemuliaan tanaman. Teknik molekuler berbasis PCR Polymerase Chain Reaction seperti SSR Simple Sequence Repeats terbukti dapat dimanfaatkan dalam deteksi penyakit. Keragaman pada genotipe tomat lokal koleksi terhadap ketahanan penyakit layu bakteri memberikan modal awal dalam kegiatan studi pewarisan. Dari penelitian yang dilakukan, genotipe Kudamati 1 bersifat sangat tahan dan Lombok 4 sangat rentan. Memanfaatkan kedua genotipe ini dalam studi pewarisan memberikan informasi bahwa karakter ketahanan terhadap penyakit layu bakteri bersifat dominan. Hal ini diketahui dari pengujian yang dilakukan pada populasi F 1 . Berdasarkan pengamatan pada populasi F 1R dapat diketahui bahwa tidak ada pengaruh tetua betina dalam pewarisan ketahanan ini. Pendugaan derajat dominansi yang mengarah pada dominan tidak sempurna diperkuat oleh hasil uji χ 2 pada populasi F 2 yang mengarah pada rasio 9:7 hidup : mati. Rasio ini menandakan bahwa sifat ini merupakan karakter kualitatif yang dikendalikan oleh dua pasang gen mayor dengan aksi gen duplikat resesif epistasis. Melalui pengembangan marka SSR diperoleh satu primer yang diduga penanda ketahanan terhadap penyakit layu bakteri, yaitu primer TOM-144. Sebelumnya primer ini telah dilaporkan oleh Parmar et al. 2013 sebagai penanda