UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
2. Visualisasi interaksi makromolekul dan ligan dengan menggunakan:
a. Ligplus
Makromolekul dan output dalam bentuk .pdbqt dibuka dengan menggunakan wordpad. Kopi isi dalam output.pdbqt dan
tambahkan ke dalam makromolekul dan simpan dalam format .pdbqt. masukan file tersebut output makromolekul dan ligan
kemudian dibuka menggunakan ligplus. Visualisi interaksi makromolekul dan ligan dengan menggunakan LigPlus untuk
melihat interaksi dan ikatan ligan pada asam amino dalam bentuk dua dimensi.
b. Autodock Tools
Hasil docking ligan berupa out.pdbqt dan makromolekul dibuka menggunakan Autodock Tools, kemudian dilihat interaksi
makromolekul dengan ligan secara tiga dimensi. c.
PyMOL Makromolekul dan output dalam bentuk .pdbqt dibuka secera
bersamaan menggunakan PyMOL. PyMOL digunakan untuk melihat kecocokan bentuk dan volume antara ligan dan situs
tambatnya.
3.4.5 Analisa Lipinski’s Rule of Five
Lipinski’s Rule of Five ditentukan dalam merancang obat yang aktif secara oral. Kriteria
Lipinski’s Rule of Five terdiri dari berat molekul kurang dari 500, log P tidak lebih dari 5 gugus hidrogen donor tidak
lebih dari 5 gugus hidrogen donor, jumlah hidrogen donor tidak lebih dari 5 gugus hidrogen donor, jumlah akseptor donor, berat molekul, dan
molar refarctivity sebaiknya diantara 40-130. Aturan tersebut dilihat pada ligan dengan menggunakan MarvinSketch dan Advanced Chemistry
Development ACDLabs.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Penyiapan Struktur Molekul Reseptor PPAR-γ
Pada tahap ini, struktur makromolekul yang digunakan diunduh dari Protein Data Bank dengan situs http:www.rcsb.org. Identitas protein
yang dipilih adalah 2PRG yang merupakan struktur Peroxisome Proliferator-Activeted Receptor-Gamma
PPAR- pada manusia Homo
sapiens yang diperoleh dari difraksi sinar-X dengan resolusi 2,3 Å. Struktur
ini diunduh dengan memilih tipe file yaitu PDB File text dengan format .pdb.
Struktur makromolekul PPAR- yang diperoleh tersebut telah
terikat dengan ligan Rosiglitazon dan molekul air. Bentuk ini merupakan sisa hasil pengkristalan sebelumnya. Ligan dan molekul air dapat
mengganggu proses penambatan. Pada dasarnya dengan adanya molekul air akan memediasi interaksi ligan dengan reseptor, sehingga hasil docking
yang didapat semakin baik. Tetapi proses penambatan akan berlangsung lebih kompleks karena variabel persamaan-persamaan matematika docking
yang perlu diselesaikan menjadi lebih banyak yang menyebabkan waktu penambatan semakin lama Cole, Nissink, Taylor, 2005. Selain itu, ligan
yang terikat pada sisi aktif dapat menghalangi ligan lain untuk berikatan, sedangkan adanya molekul air dapat mengganggu ikatan proses penambatan
yaitu kemungkinan terikatnya ligan dengan molekul air melalui ikatan hidrogen Aditya, 2012. Struktur ini kemudian dipisahkan dari residu non
standar tersebut dengan cara menghilangkannya dengan menggunakan perangkat lunak Discovery Studio, sehingga dihasilkan struktur molekul
yang siap melalui tahap selanjutnya. Struktur hasil pemisahan ini disimpan dengan format .pdb.
Tahap optimasi pada Autodock Tools dilakukan untuk
memperbaiki kekurangan yang ada dari data protein yang diunduh dan agar
