1. Home
  2. Lainnya

PubChem Discovery Studio 3.5 Visualizer

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

2.15 Autodock

Autodock merupakan program penambatan molekuler yang efektif yang secara cepat dan akurat dapat memprediksi konformasi dan energi dari suatu ikatan antara ligan dan target makromolekul. Autodock terdiri dari dua program utama, yaitu Autodock dan Autodock grid. Autodock untuk melakukan penambatan molekuler ligan dan protein target dengan set grid yang telah terdeskripsi. Pendeskripsian ini dilakukan sebelumnya dengan Autogrid. Untuk memungkinkan pencarian konformasi, Autodock membutuhkan ruang pencarian dalam sistem koordinat dimana posisi ligan dianggap akan terikat Morris, et al., 2009.

2.16 Autodock Vina

AutoDock Vina adalah salah satu perangkat lunak yang tepat dan dapat diandalkan yang tersedia untuk penemuan obat, penambatan molekul dan skrining virtual yang dirancang dan diterapkan oleh Dr. Oleg Trott. Vina menawarkan fungsi yang beragam, tingkat kinerja tinggi dan meningkatkan akurasi untuk mempermudah penggunaan. Perangkat lunak ini dapat dioperasikan dengan bantuan AutoDockTools ADT atau instruksi command line Sandeep et al, 2011.

2.17 PyMOL

PyMOL merupakan salah satu program visualisasi yang digunakan untuk memahami suatu struktur biologi dan dapat menampilkan gambar tiga dimensi yang berkualitas dan mampu menyajikan tampilan struktur dalam beberapa warna dari suatu molekul kecil maupun makromolekul seperti protein. Visualisasi sangatlah penting untuk lebih memahami dan mendalami struktur suatu molekul. Perangkat lunak ini dikomersilkan oleh DeLano Scientific LLC DeLano Bromberg, 2004. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

BAB 3 METODE PENELITIAN

3.1 Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian dilaksanakan di Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah bulan April sampai Juni 2015.

3.2 Alat

3.2.1 Perangkat Keras

Notebook Sony VAIO E series E Series SVE11125CVP dengan spesifikasi Processors AMD E2 1800 APU with Radeon ™ HD Graphic 1,7 Ghz 2 CPU , dan RAM Random Access Memory 2 gigabyte. Notebook , AC Adapter VGP-AC19V57 dan terkoneksi internet.

3.2.2 Perangkat Lunak

Sistem Operasi Windows 8.1 Enterprise 64 bit, Paket Autodock Tools

Dokumen yang terkait

Amidasi Senyawa Etil p-metoksisinamat Melalui Reaksi Langsung dengan Iradiasi Microwave Serta Uji Aktivitas Sebagai Antiinflamasi

4 31 104

Studi Penambatan Molekul Senyawa – Senyawa Flavonoid Dari Buah Mengkudu (Morinda Citrifolia L) Pada Peroxisome Proliferator-Activated Receptor - Gamma (PPARγ)

11 62 79

Studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas Anti-tuberkulosis Senyawa Amidasi Etil p-metoksisinamat dengan Pendekatan Hansch dan Penambatan Molekuler pada Enzim Inh A

6 36 101

Amidasi senyawa etil p-metoksisinamat melalui reaksi langsung dengan iradiasi microwave serta uji aktivitas sebagai antiinflamasi

2 16 104

Amidasi Senyawa Etil p-metoksisinamat yang Diisolasi dari Kencur (Kaempferia galanga L.) dan Uji Aktivitas Antiinflamasi Secara In-Vitro

1 18 82

Studi hubungan kuantitatif strukturaktivitas anti-tuberkulosis senyawa amidasi etil p-metoksisinamat dengan pendekatan hansch dan penambatan molekuler pada enzim inh a

0 6 101

Studi Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas Dari Amidasi Senyawa Etil-P-Metoksisinamat Sebagai Antiinflamasi Dengan Pendekatan Hansch dan Komputasi

38 208 108

Optimasi Daya dan Waktu Reaksi Amidasi Etil P-Metoksisinamat dengan Dimetil Formamida Menggunakan Irradiasi Microwave

1 14 78

Hubungan gen Peroxisome Proliferator-activated Receptor Alpha (PPARα) dengan daya tahan otot (Muscular Endurance) pada siswa sekolah sepak bola di kota Medan

2 3 13

Peroxisome Proliferator – Activated Receptors and The Metabolic Syndrome

0 0 28