UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
center x, y, z dan, besarnya ukuran amstrong dan simpan file →
close saving current . Hasil ini disimpan dalam format .pdbqt.
3.4.2 Penyiapan Struktur Ligan
1. Pengunduhan dan pembuatan ligan
Ligan yang digunakan adalah rosiglitazon sebagai pembanding dan ligan
uji dibuat
dengan Marvin
Sketch 5.5.1.0
http:www.chemaxon.com dengan format .pdb, dan ligan
Rosiglitazon diunduh dari situs http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov
sebagai pembanding senyawa amidasi dengan format .sdf. Format ligan rosiglitazon tersebut diubah menjadi .pdb menggunakan Marvin
Sketch 5.5.1.0 http:www.chemaxon.com
.
2. Optimasi Ligan
Struktur ligan yang telah dibuat, kemudian dioptimasi dengan menggunakan Autodock Tools. Kemudian, buka ligan yang telah dibuat
ligand → input → open, setelah itu simpan dalam bentuk .pdbqt ligand
→ output → save as pdbqt →save.
3.4.3 Penambatan Molekul dengan Autodock Vina
Ligan dan protein yang telah tersimpan dalam format .pdbqt dicopy ke dalam folder Vina. Kemudian konfigurasi file vina diketik pada
notepad, disimpan dengan nama ‘conf.txt’. Vina dijalankan melalui Command prompt.
3.4.4 Analisa dan Visualisasi Penambatan Molekul
1. Hasil docking
Hasil kalkulasi docking dilihat pada output dalam format notepad. Hasil docking dilakukan dengan memilih ligan yang memiliki energi
ikatan yang paling rendah, nilai ikatan dapat dilihat di ‘log.txt’.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
2. Visualisasi interaksi makromolekul dan ligan dengan menggunakan:
a. Ligplus
Makromolekul dan output dalam bentuk .pdbqt dibuka dengan menggunakan wordpad. Kopi isi dalam output.pdbqt dan
tambahkan ke dalam makromolekul dan simpan dalam format .pdbqt. masukan file tersebut output makromolekul dan ligan
kemudian dibuka menggunakan ligplus. Visualisi interaksi makromolekul dan ligan dengan menggunakan LigPlus untuk
melihat interaksi dan ikatan ligan pada asam amino dalam bentuk dua dimensi.
b. Autodock Tools
Hasil docking ligan berupa out.pdbqt dan makromolekul dibuka menggunakan Autodock Tools, kemudian dilihat interaksi
makromolekul dengan ligan secara tiga dimensi. c.
PyMOL Makromolekul dan output dalam bentuk .pdbqt dibuka secera
bersamaan menggunakan PyMOL. PyMOL digunakan untuk melihat kecocokan bentuk dan volume antara ligan dan situs
tambatnya.
3.4.5 Analisa Lipinski’s Rule of Five
Lipinski’s Rule of Five ditentukan dalam merancang obat yang aktif secara oral. Kriteria
Lipinski’s Rule of Five terdiri dari berat molekul kurang dari 500, log P tidak lebih dari 5 gugus hidrogen donor tidak
lebih dari 5 gugus hidrogen donor, jumlah hidrogen donor tidak lebih dari 5 gugus hidrogen donor, jumlah akseptor donor, berat molekul, dan
molar refarctivity sebaiknya diantara 40-130. Aturan tersebut dilihat pada ligan dengan menggunakan MarvinSketch dan Advanced Chemistry
Development ACDLabs.
