UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Penyiapan Struktur Molekul Reseptor PPAR-γ
Pada tahap ini, struktur makromolekul yang digunakan diunduh dari Protein Data Bank dengan situs http:www.rcsb.org. Identitas protein
yang dipilih adalah 2PRG yang merupakan struktur Peroxisome Proliferator-Activeted Receptor-Gamma
PPAR- pada manusia Homo
sapiens yang diperoleh dari difraksi sinar-X dengan resolusi 2,3 Å. Struktur
ini diunduh dengan memilih tipe file yaitu PDB File text dengan format .pdb.
Struktur makromolekul PPAR- yang diperoleh tersebut telah
terikat dengan ligan Rosiglitazon dan molekul air. Bentuk ini merupakan sisa hasil pengkristalan sebelumnya. Ligan dan molekul air dapat
mengganggu proses penambatan. Pada dasarnya dengan adanya molekul air akan memediasi interaksi ligan dengan reseptor, sehingga hasil docking
yang didapat semakin baik. Tetapi proses penambatan akan berlangsung lebih kompleks karena variabel persamaan-persamaan matematika docking
yang perlu diselesaikan menjadi lebih banyak yang menyebabkan waktu penambatan semakin lama Cole, Nissink, Taylor, 2005. Selain itu, ligan
yang terikat pada sisi aktif dapat menghalangi ligan lain untuk berikatan, sedangkan adanya molekul air dapat mengganggu ikatan proses penambatan
yaitu kemungkinan terikatnya ligan dengan molekul air melalui ikatan hidrogen Aditya, 2012. Struktur ini kemudian dipisahkan dari residu non
standar tersebut dengan cara menghilangkannya dengan menggunakan perangkat lunak Discovery Studio, sehingga dihasilkan struktur molekul
yang siap melalui tahap selanjutnya. Struktur hasil pemisahan ini disimpan dengan format .pdb.
Tahap optimasi pada Autodock Tools dilakukan untuk
memperbaiki kekurangan yang ada dari data protein yang diunduh dan agar
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
makromolekul tersebut dapat menyesuaikan dengan lingkungan komputasi sehingga dapat di-docking. Pengoptimasian yang dilakukan yaitu
penambahan atom hidrogen protonasi yang bertujuan untuk menyesuaikan suasana docking agar mendekati suasana pada pH sitoplasma sel pH~7
Drie, 2005, karena PPAR- termasuk reseptor inti nuclear receptor
Habor, 2010. Penambahan atom hidrogen yang dimaksud adalah memunculkan atom hidrogen yang ada pada struktur sehingga terlihat secara
tiga dimensi yang berperan dalam interaksi dengan ligan. Atom hidrogen yang diperhitungkan adalah yang bersifat polar, karena atom ini terlibat
dalam ikatan hidrogen Yanuar, 2012. Atom hidrogen non polar tidak disertakan dalam perhitungan interaksi ligan reseptor pada penambatan
molekuler sehingga perlu digabung dengan atom pengikatnya Yanuar, β01β. Oleh karena itu dipilih pengaturan ‘Merge Non-Polar’. Pada
makromolekul juga dilakukan perbaikan muatan dengan menambahankan
muatan gasteiger untuk menyesuaikan dengan lingkungan docking sehingga dapat dilakukan perhitungan dengan benar Huey, Morris, Forli, 2012.
Selain itu diperlukan pengaturan grid box untuk menentukan ruang tambat ligan yang akan di-docking. Ruang tambat ligan ditentukan dengan merujuk
kepada penelitian terdahulu berdasarkan ligan yang sudah tertambat dengan makromolekul protein pada saat diunduh, yaitu dalam hal ini rosiglitazon.
Pengaturan pada grid box yang digunakan meliputi center_x = 52.734, center_y = -3.774, center_z = 34.258, size_x = 28, size_y = 28, size_z = 28,
dan spacing angstrom = 1 Lampiran 2 Fikry, 2014. File makromolekul maka disimpan dalam format .pdbqt.
Gambar 4.1. Struktur 2PRG
www.rcsb.org
Kategori