UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
adalah PPAR- pada manusia yang didapat dari metode kristalografi X-
ray dengan resolusi 2,30 Å yang tertambat dengan rosiglitazon. Identitas makromolekul tersebut adalah 2PRG berformat .pdb, data makromolekul
diunduh dalam format format text gz.
3.3.2 Struktur Tiga Dimensi Ligan
Struktur tiga dimensi ligan yang digunakan adalah rosiglitazon diunduh dari
http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov dengan format .sdf dan
senyawa-senyawa modifikasi secara amidasi dari etil p-metoksisinamat yang dibuat dengan Marvin Sketch 5.5.1.0
http:www.chemaxon.com dengan format .pdb.
3.4 Prosedur Kerja
3.4.1 Penyiapan Struktur Molekul Reseptor PPAR-γ
1. Pengunduhan makromolekul
Pengunduhan makromolekul PPAR- dari Bank Data Protein dengan
situs http:www.rcsb.orgpdb. Identitas molekul tersebut yaitu 2PRG. Data makromolekul diunduh dalam format text gz.
2. Pemisahan Makromolekul Air dan Ligan
Makromolekul protein dipisahkan dari pelarut dan ligan atau residu non standar. Pemisahan makromolekul dari molekul yang tidak
diperlukan dilakukan dengan menggunakan program Discovery Studio 3.5 Visualizer
. Hasil pemisahan tersebut akan digunakan untuk penambatan. Hasil pemisahan disimpan dalam format .pdb.
3. Optimasi Molekul
Optimasi makromolekul dilakukan dengan menggunakan Autodock Tool dan buka makromolekul yang disimpan dalam format .pdb file
→ read molecule → .pdb. Optimasi tersebut meliputi : penambahan atom hidrogen dan pengaturan grid box parameter. Pengaturan grid
box grid → grid box yang meliputi ukuran size x, y, z, kordinat
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
center x, y, z dan, besarnya ukuran amstrong dan simpan file →
close saving current . Hasil ini disimpan dalam format .pdbqt.
3.4.2 Penyiapan Struktur Ligan
1. Pengunduhan dan pembuatan ligan
Ligan yang digunakan adalah rosiglitazon sebagai pembanding dan ligan
uji dibuat
dengan Marvin
Sketch 5.5.1.0
http:www.chemaxon.com dengan format .pdb, dan ligan
Rosiglitazon diunduh dari situs http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov
sebagai pembanding senyawa amidasi dengan format .sdf. Format ligan rosiglitazon tersebut diubah menjadi .pdb menggunakan Marvin
Sketch 5.5.1.0 http:www.chemaxon.com
.
2. Optimasi Ligan
Struktur ligan yang telah dibuat, kemudian dioptimasi dengan menggunakan Autodock Tools. Kemudian, buka ligan yang telah dibuat
ligand → input → open, setelah itu simpan dalam bentuk .pdbqt ligand
→ output → save as pdbqt →save.
3.4.3 Penambatan Molekul dengan Autodock Vina
Ligan dan protein yang telah tersimpan dalam format .pdbqt dicopy ke dalam folder Vina. Kemudian konfigurasi file vina diketik pada
notepad, disimpan dengan nama ‘conf.txt’. Vina dijalankan melalui Command prompt.
3.4.4 Analisa dan Visualisasi Penambatan Molekul
1. Hasil docking
Hasil kalkulasi docking dilihat pada output dalam format notepad. Hasil docking dilakukan dengan memilih ligan yang memiliki energi
ikatan yang paling rendah, nilai ikatan dapat dilihat di ‘log.txt’.
