UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
- Berat molekul kurang dari 500,
- Memiliki tidak lebih dari 5 gugus hidrogen donor,
- Memiliki tidak lebih dari 10 gugus hidrogen akseptor,
- Nilai logP tidak lebih dari 5.
- Molar refractivity sebaiknya diantara 40-130 Lipinski, 2001
Lipinski et al, 2004.
2.11 MarvinSketch
MarvinSketch adalah komponen editing query, struktur, dan reaksi dari Java teknologi perangkat lunak ChemAxon.Pengguna MarvinSketch
dapat dengan cepat digunakan untuk membuat dan mengedit struktur, reaksi atau pertanyaan dan menghitung struktur terkait data
chemaxon.com. MarvinSketch
tersedia sebagai standalone aplication untuk pengguna akhir, Java Applet untuk aplikasi berbasis web dan JawaBean
untuk pengembang alat kimia. Seperti semua perangkat lunak ChemAxon, MarvinSketch portabel dan dapat dijalankan dalam semua sistem operasi
utama dan termasuk Java dan .NET integration chemaxon.com.
MarvinSketch memiliki sistem pengerjaan intuitif dan banyak
pilihan pengeditan. Struktur file dari berbagai format file yang didukung dan template memungkinkan pengguna untuk menambahkan struktur
sendiri, atau menggunakan perpustakaan template yang disediakan untuk menyederhanakan struktur, reaksi dan permintaan menggambar
chemaxon.com.
2.12 Protein Data Bank
Protein Data Bank PDB; http:www.rcsb.orgpdb adalah sebuah
dokumen atau kumpulan data eksperimental struktur tiga dimensi dari makromolekul biologis, yang sekarang berjumlah lebih dari 32.500
Berman, et al., 2000, termasuk protein dan asam nukleat. Molekul –
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
molekul tersebut adalah molekul yang ditemukan di semua organisme termasuk bakteri, ragi, tanaman, lalat, hewan lain, dan manusia. Informasi
ini dapat digunakan untuk membantu menyimpulkan peran struktur dalam kesehatan manusia dan penyakit, dan dalam pengembangan obat. Struktur
yang terdapat dalam arsip ini mulai dari protein kecil dan potongan- potongan DNA sampai molekul kompleks seperti ribosom RCSB, 2014.
2.13 PubChem
PubChem http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov adalah gudang
informasi molekuler untuk umum, sebuah karya ilmiah dari Institut Kesehatan Nasional Amerika US National Institutes of Health NIH.
Basis data PubChem memiliki lebih dari 27 juta catatan struktur kimia khusus dari senyawa yang berasal dari hampir 70 juta senyawa endapan,
dan berisi lebih dari 449.000 catatan bioassay dengan lebih dari ribuan biokimia in vitro dan skrining berbasis sel, dengan menargetkan lebih dari
7000 protein dan gen yang terhubung dengan lebih dari 1,8 juta senyawa Xie, 2010. Pada situs PubChem ini dapat diunduh struktur kimia dari
suatu senyawa secara gratis yang dibutuhkan dalam studi penambatan molekul.
2.14 Discovery Studio 3.5 Visualizer
Discovery Studio Visualizer adalah penampil gratis yang dapat
digunakan untuk membuka, mengedit data serta alat untuk melakukan analisis data yang dihasilkan oleh perangkat lunak lain. Perangkat ini
dirancang untuk memberikan gambaran yang interaktif untuk melihat dan mengedit struktur molekul, urutan, data refleksi X-ray, script, dan data
lainnya. Aplikasi ini dapat digunakan pada Windows dan Linux dan terintegrasi dengan desktop yang menyediakan akses ke fitur sistem
operasi standar seperti sistem berkas, clipboard, dan percetakan Accelrys Enterprise Platform, 2005.
