Autodock Autodock Vina PyMOL

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

BAB 3 METODE PENELITIAN

3.1 Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian dilaksanakan di Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah bulan April sampai Juni 2015.

3.2 Alat

3.2.1 Perangkat Keras

Notebook Sony VAIO E series E Series SVE11125CVP dengan spesifikasi Processors AMD E2 1800 APU with Radeon ™ HD Graphic 1,7 Ghz 2 CPU , dan RAM Random Access Memory 2 gigabyte. Notebook , AC Adapter VGP-AC19V57 dan terkoneksi internet.

3.2.2 Perangkat Lunak

Sistem Operasi Windows 8.1 Enterprise 64 bit, Paket Autodock Tools yang terdiri dari Python 2.5.2 dan MGLTools 1.5.6 Scripps Research Institute , Discovery Studio 3.5 Visualizer Accelrys Enterprise Platform , Autodock Vina, PyMOL DeLano Scientific LLC., Protein Data Bank http:www.rcsb.orgpdb , Marvin Sketch 5.5.1.0 http:www.chemaxon.com , Advanced Chemistry Development ACDLabs dan LigPlus.

3.3 Bahan

3.3.1 Struktur Tiga Dimensi PPAR-γ

Struktur tiga dimensi PPAR- diunduh dari Bank Data Protein dengan situs http:www.rcsb.orgpdb. Makromolekul protein yang dipilih UIN Syarif Hidayatullah Jakarta adalah PPAR- pada manusia yang didapat dari metode kristalografi X- ray dengan resolusi 2,30 Å yang tertambat dengan rosiglitazon. Identitas makromolekul tersebut adalah 2PRG berformat .pdb, data makromolekul diunduh dalam format format text gz.

3.3.2 Struktur Tiga Dimensi Ligan

Struktur tiga dimensi ligan yang digunakan adalah rosiglitazon diunduh dari http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov dengan format .sdf dan senyawa-senyawa modifikasi secara amidasi dari etil p-metoksisinamat yang dibuat dengan Marvin Sketch 5.5.1.0 http:www.chemaxon.com dengan format .pdb.

3.4 Prosedur Kerja

3.4.1 Penyiapan Struktur Molekul Reseptor PPAR-γ

1. Pengunduhan makromolekul Pengunduhan makromolekul PPAR- dari Bank Data Protein dengan situs http:www.rcsb.orgpdb. Identitas molekul tersebut yaitu 2PRG. Data makromolekul diunduh dalam format text gz. 2. Pemisahan Makromolekul Air dan Ligan Makromolekul protein dipisahkan dari pelarut dan ligan atau residu non standar. Pemisahan makromolekul dari molekul yang tidak diperlukan dilakukan dengan menggunakan program Discovery Studio 3.5 Visualizer . Hasil pemisahan tersebut akan digunakan untuk penambatan. Hasil pemisahan disimpan dalam format .pdb. 3. Optimasi Molekul Optimasi makromolekul dilakukan dengan menggunakan Autodock Tool dan buka makromolekul yang disimpan dalam format .pdb file → read molecule → .pdb. Optimasi tersebut meliputi : penambahan atom hidrogen dan pengaturan grid box parameter. Pengaturan grid box grid → grid box yang meliputi ukuran size x, y, z, kordinat