UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Tabel 4.1.
Daftar ligan yang ditambatkan Ligan
Nama Ligan Senyawa pembanding
Rosiglitazon
Senyawa turunan asam sinamat lain Caffeamide
Senyawa etil p-metoksisinamat dan senyawa amidasi etil p-metoksisinamat Ethyl p-methoxycinnamate
P-methoxycinnamoylamine
P-methoxycinnamoyl methylamine
P-methoxycinnamoyl ethylamine
P-methoxycinnamoyl diaminomethanal
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
P-methoxycinnamoyl N-ethanolamine
P-methoxycinnamoyl N,N-ethanolamine
P-methoxycinnamoyl piperidine
P-methoxycinnamoyl cyclohexylamine
P-methoxycinnamoyl phenylamine
P-methoxycinnamoyl dopamine
P-methoxycinnamoyl phenylethylamine
P-methoxycinnamoyl Tryptamine
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Senyawa modifikasi pada cincin aromatik p-methoxycinnamoyl triptamine Cinnamoyl tryptamine
P-hydroxycinnamoyl Tryptamine
4.3 Penambatan Molekul dengan Autodock Vina
Setelah penyiapan protein dan ligan yang akan di-docking selesai, maka dapat dilakukan penambatan molekul dengan Autodock Vina. Hal
pertama kali dilakukan pada tahap ini adalah menyalin file protein dan ligan berformat .pdbqt ke dalam folder vina pada Local Disk C:. Kemudian
dibuat konfigurasi vina yang diketik pada notepad Lampiran 2 dan disimpan dengan nama ‘conf.txt’ dalam folder vina. Konfigurasi vina terdiri
dari penulisan nama reseptor dan ligan, output, dan gribox. Penulisn nama
reseptor dan ligan pada notepad harus sama dengan nama file pada folder vina. Output
‘out’ merupakan hasil dari proses docking tersebut dibuat dengan nama ‘out.pdbqt.’ Sedangkan center_x, center_y, center_z, size_x,
size_y, dan size_z adalah grid box parameter yang sudah diatur sebelumnya
pada protein reseptor. Setelah pengaturan file konfigurasi notepad selesai, maka proses docking dengan vina dapat dijalankan. Vina dijalankan melalui
perintah Command prompt. Dalam Command prompt, masuk ke dalam Local Disk
C: dengan perintah ‘cd..’ , dilanjutkan dengan perintah ‘cd vina’ untuk masuk ke dalam folder vina. Kemudiann proses docking dapat
dijalankan perintah sebagai berikut:
Vina - -config conf.txt - -log log.txt
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Waktu yang digunakan selama proses docking ini dipengaruhi oleh spesifikasi komputer yang digunakan dan juga ligan yang ditambatkan.
Tetapi hal ini tidak terlalu mempengaruhi keakuratan hasil yang diperoleh. Proses penambatan molekul dengan Autodock Vina dapat meningkatkan
akurasi dari prediksi mode ikatan bila dibandingkan dengan Autodock 4. Selain itu, vina dapat mengambil keuntungan dari multiple CPU atau CPU
core dalam sistem komputer untuk memperpendek waktu running secara
signifikan Trott Olson, 2010. Untuk input dan output-nya, vina menggunakan format file struktur
molekul yang sama dengan Autodock yaitu pdbqt. File pdbqt. Setelah proses docking
selesai, maka muncul 2 file baru dalam folder vina, yaitu ‘log.txt’
dan ‘out.pdbqt’. ‘log.txt’ berisikan nilai afinitas ikatan dan root mean square deviation
RMSD dari hasil docking. Sedangkan ‘out.pdbqt’
merupakan konformasi dari ligan-ligan yang di-docking-kan. Hasil ini dibuka dengan Autodocktools, LigPlus dan Pymol untuk melihat posisi dan
orientasi dari ligan pada protein dan juga asam amino-asam amino yang terikat pada ligan serta jarak ikatan ligan dengan asam amino.
4.4 Analisa dan Visualisai Hasil
Hasil penambatan molekul pada penelitian ini meliputi nilai energi bebas
ΔGbind dan Root Mean Square Deviation RMSD, serta interaksi ligan dengan residu pada makromolekul protein. Konformasi masing-
masing ligan hasil docking diperingkatkan berdasarkan nilai ΔGbind dari
yang terkecil sampai yang terbesar. ΔGbind merupakan energi yang
dibutuhkan ligan untuk berinteraksi ikatan dengan reseptor pada binding site
. Semakin kecil harga ΔGbind maka semakin stabil ikatan ligan dengan
reseptor. Setiap ligan yang ditambatkan pada makromolekul protein, maka menghasilkan konformasi ligan berdasarkan peringkat
nilai ΔGbind dari terendah dengan hasil yang paling baik.
Dasar yang digunakan untuk memberikan penilaian adalah nilai RMSD. Dari ke-9 peringkat konformasi yang dihasilkan, maka dipilihlah
