PROTEIN MATERI 1. Ciri-ciri Asam Amino

19 Gambar 3.9Suatu peptide pendek yang menunjukkan jumlah dan arah. Residu ujung amino terminal, selalu digambarkan di sebelah kiri dimulai dengan nomor 1. Struktur pentapeptide ditulis Gly-Glu-Val-Ser-Lys. Panah menandai adanya ikatan peptide. Klasifikasi Protein  Berdasarkan komposisi Protein dibagi menjadi dua kelompok utama, yaitu: 1. Protein sederhana 2. Protein konjugasi Protein sederhana adalah protein yang pada hidrolisihanya menghasilkan asam-asam amino. Kelompok protein ini umumnya mengandung kurang lebih 50 karbon, 7 hidrogen, 23 oksigen, 16 nitrogen dan 0 - 3 sulfur. Kelompok protein konjugasi adalah protein yang pada hidrolisis tidak hanya menghasilkan asam-asam amino, tetapi juga komponen organik dan komponen anorganik lain, yang disebut gugus prostetik dari protein. Berdasarkan sifat kimiia gugus prostetiknya. protein konjugasi dapat dikelompokan menjadi nuleoprotein, lipoprotein. karena mengandung gugus prostetik asam nukleat dan lipid. Juga dikenal fosfoprotein, metalloprotein dan glucoprotein.  Berdasarkan konformasi Protein dibagi menjadi tiga kelompok utama, yaitu: 1. protein serat, 2. protein globular, 3. protein dengan konformasi antara protein serat dan protein globuar. Protein serat dibangun olen rantai-rantai polipeptida yang ditata sejajar sepanjang satu sumbu. Secara fisik protein serat sangat kaku, kuat dan tak larut dalam alr atau larutan garam encer. Protein serat ini merupakan elemen struktur dasar jarngan ikat hewan tingkat tinggi. Misalnya kolagen dari tendon dan matriks tulang, keratin, rambut, tanduk, kuku dan bulu serta elastin dari jaringan yang elastik. 20 Sebaliknya dalam protein globular, rantai-rantai polipeptida melipat ke dalam menjadi bentuk globular atau bola yang kompak. Kebanyakan protein globular larut dalam sistem air. Umumnya protein ini mempunyai fungsi yang mobil dan dinamik di dalam sei. Dari sebanyak 2.000 enzim-enzim yang dikenal, sejumlah hormon, serum, albumin dan hemoglobin, semuanya termasuk püten globular. Protein kelompok tiga, protein dengan konformasi antara protein serat dan protein globular, struktumya berbentuk seperti batang menyerupai protein serat tetapi menunjukkan sifat larut dalam larutan garam, seperti protein globular. Contoh myosin yang merupakan komponen dalam otot, fibrionogen merupakan prekursor fibrin yang berperan dalam pembekuan darah.  Berdasarkan strukturnya Protein dibagi menjadi 4 yaitu:

1. Struktur primer adalah struktur rantai polipeptida linier, yang terjadi karena ikatan

peptida antara residu asam amino dengan residu asam amino lainnya. Atau urutan asam amino dalam suatu molekul protein. Contoh : Lys-Asp-Gly-Ala-Ala-Glu-Ser-Gly. Struktur primer suatu protein terjadi karena penggabungan head to tail satu residu asam amino dengan asam amino berikutnya, melalui eliminasi molekul air dari gugus karboksilat residu asam amino dan gugus a-amino dari residu asam amino berikutnya. Gambar 3.10 Struktur primer protein 2. Struktur sekunder adaiah tatanan ruang struktur primer sepanjang satu dimensi. Ada dua jenis struktur sekunder, struktur heliks dan struktur pleat atau konformasi ß. L. Pauling dan R. B. Corney mempelajari pola difraksi sinar X dari kristal dipeptida dan tripeptida dan mendeduksi Struktur yang tepat dari ikatan peptidanya sebagai berikut: C-N pada ikatan peptida lebih pendek dari pada C-N dalam ikatan lainnya, sehingga mereka menyimpulkan bahwa C-N pada ikatan peptida menyerupai sifat tidak dapat berotasi bebas seperti yang ditunjukkan oleh ikatan rangkap. Selanjutnya direduksi 21 pula bahwa 4 atom dari gugus peptida dan 2 atom karbon a terletak dalam satu bidang, sedemikian mpa sehingga atom 0 dari gugus karbonil dan atom H dari gugus - NH- berada pada posisi trans. Penataan planar ini merupakan hasil stabilisasi resonansi ikatan peptida. Dari penemuan ini, tulang punggung rantai polipeptida dapat digambarkan sebagai serangkaian bidang-bidang yang relatif kaku, yang dipisahkan satu dengan lainnya oleh gugus metilen -CHR-. Dalam tulang punggung rantai polipeptida, satu pertiga dari semua ikatan-ikatan tunggal adalah ikatan-ikatan C-N yang tidak dapat berotasi karena sifat ikatan rangkapnya yang mempengaruhi kekakuan constrains sejumlah konformasi rantai-rantai polipeptida. Struktur sekunder suatu protein distabilkan oleh ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen dapat terjadi antara atom H dari gugus -NH- residu asam amino dengan atom O gugus karbonil residu asam amino berikutnya, atau atom O gugus karbonil asam amino ketiga dan seterusnya. Gambar 3.11 Struktur skunder protein 3. Struktur tersier adaiah Struktur sekunder yang membelok-belok dan melipat-lipat ke dalam tiga dimensi membeniuk protein globularyang kompak. Gambar 3.12Struktur tersier protein 4. Struktur kwartener adaiah Struktur gabungan antara Struktur-Struktur tersier melalui ikatan nonkovalen.