pelepasan partikel virus. NS2B membentuk kompleks dengan NS3 berperan sebagai kofaktor bagi serin protease dari NS3. Protein NS3 mengkodekan RNA
helikase yang berperan dalam replikasi virus. NS5A merupakan daerah yang sensitif terhadap interferon, sedangkan NS5B berperan di dalam RNA-dependent
RNA polimerase RdRp Tellinghuisen et al. 2007. Peta genomik dari HCV dapat dilihat pada Gambar 4.
Gambar 4 Peta genomik HCV Anzola dan Burgos 2003.
2.5 Ribonucleid Acid RNA Helikase
Helikase berasal dari kata “helix” yang berarti struktur pasangan DNA “double helix” dan “ase” yang berarti enzim, sehingga helikase berarti enzim yang
memisahkan pasangan rantai DNA DNA helikase atau RNA RNA helikase. Helikase pertama kali ditemukan dalam proses replikasi DNA bakteri
Eschericia coli. RNA helikase ditemukan pada bakteri, khamir, dan virus. Pada virus hepatitis C, enzim ini dikodekan oleh protein NS3 RNA helikase
Kadare Haenni 1997. Mekanisme kerja RNA helikase HCV secara umum adalah pertama-tama
helikase akan berikatan pada ujung 3’ RNA utas ganda. Tahap kedua, ATP akan berikatan pada sisi aktif RNA helikase dan dihidrolisis pada gugus fosfat terluar
menghasilkan ADP dan fosfat anorganik Pi. Pada proses hidrolisis ATP ini mengeluarkan energi yang cukup besar dan digunakan untuk memisahkan RNA
utas ganda menjadi utas tunggal. Pemisahan RNA utas ganda dilakukan dengan pemutusan
ikatan hidrogen
yang mengikat
kedua utas
tersebut
Utama et al. 2005. Mekanisme kerja RNA helikase HCV dapat dilihat pada Gambar 5.
Gambar 5 Mekanisme kerja RNA helikase HCV Hairany 2010. Berdasarkan mekanisme kerja tersebut, selain memiliki aktivitas untuk
memisahkan utas ganda RNA, RNA helikase juga memiliki aktivitas untuk menghidrolisis ATP ATPase dan aktivitas pengikatan RNA RNA-binding.
Ketiga aktivitas ini saling berpengaruh satu dengan lainnya. Oleh karena itu, helikase menjadi target yang potensial untuk penemuan obat antivirus. Obat
antivirus ini dapat dikembangkan dengan suatu senyawa yang dapat menghambat inhibitor aktivitas helikase.
2.6 Polisakarida
Polisakarida, atau bisa disebut “glikan”, terdiri dari monosakarida dan
turunannya. Polisakarida
terbagi menjadi
homopolisakarida dan
heteropolisakarida. Homopolisakarida atau homoglikan merupakan polisakarida yang penyusunnya hanya terdiri dari satu jenis monosakarida, sedangkan
penyusun heteropolisakarida lebih dari satu jenis monosakarida. Komponen umum polisakarida adalah glukosa, fruktosa, galaktosa, mannosa, arabinosa dan
xylosa. Beberapa turunan monosakarida yang terdapat pada polisakarida adalah gula amino glukosamin dan galaktosamin dan asam gula sederhana glukuronat
dan asam iduronat. Penyebutan homopolisakarida dapat berdasarkan unit gula
penyusunnya, sehingga glukosa homopolisakarida dapat disebut “glukan”, sama halnya dengan mannos
a homopolisakarida yang dapat disebut “mannan” d’Ayala et al. 2008.
Polisakarida telah digunakan sebagai pengental, flokulan dan minyak pelumas. Beberapa polisakarida dari mikroalga berpotensi sebagai antivirus
Huleihel et al. 2001. Salah satu jenis mikroalga merah, Porphyridium cruentum merupakan salah satu penghasil polisakarida ekstraseluler dalam jumlah besar.
Sel-sel mikroalga dibungkus oleh polisakarida sulfat dalam bentuk gel. Selama pertumbuhan dalam media cair, viskositas medium meningkat karena pengeluaran
polisakarida dari permukaan sel ke dalam media polisakarida larut air. Kapsul polisakarida paling tipis selama fase pertumbuhan dan tebal selama fase stasioner
Arad Richmond 2004. Menurut Laurienzo 2010 bahwa mikroalga diketahui memanfaatkan polisakarida yang disintesisnya untuk bertahan hidup pada kondisi
lingkungan yang ekstrim. Letak polisakarida pada sel mikroalga dapat dilihat pada Gambar 6.
Gambar 6 Polisakarida Porphyridium cruentum Arad Richmond 2004. Prosedur isolasi polisakarida dari mikroorganisme tergantung pada letak
polisakarida terikat pada dinding sel atau diekskresikan oleh sel sebagai pelindung atau pengotor. Isolasi dapat dilakukan dengan ekstraksi dari biomassa sel. Namun,
pada masa ini isolasi polisakarida dilakukan dengan sentrifugasi maupun filtrasi untuk memisahkan produk dari sel Giavasis Bilianderis 2006.
2.7 Kromatografi
