Tingkat trofik Interaksi Trofik
Idealnya ikan peseng peseng, peperek blochii, dan belanak Troph
i
= 2,06–2,09 mempunyai jumlah populasi yang banyak di perairan karena hanya membutuhkan energi
yang sedikit dalam memperoleh makanannya dan dapat tumbuh lebih banyak. Namun karena populasi tersebut kurang mampu memanfaatkan makanan yang bervariasi di
perairan, ditunjukkan oleh rendahnya luas relung Tabel 8, maka jumlah populasi ikan tersebut lebih rendah dibandingkan populasi ikan tembang dan siro yang mempunyai luas
relung lebih besar. Dominasi ikan fitoplanktivora di perairan ini berkaitan dengan kemampuan ikan
tersebut dalam mengambil makanan di perairan. Ikan planktivora mengambil makanannya dengan cara penyaringan. Walaupun perairan keruh, namun kekeruhan 5–10
NTU tidak membatasi ikan tersebut dalam mencari makanannya, seperti yang dilaporkan pada ikan planktivora Oncorhynchus keta dan Theragra chalcogramma de Robertis et
al ., 2003. Gerking 1994 menyatakan bahwa ikan planktivora umumnya mengambil
makanannya dengan cara menyaring. Partikel makanan yang masuk akan terperangkap dalam tapis insang sedangkan partikel kecil yang tidak dimanfaatkan akan dikeluarkan
melalui operkulum yang terbuka saat melakukan penyaringan. Engraulidae, Clupeidae, dan Scombridae merupakan contoh famili yang mengambil makanannya melalui cara
penyaringan Vandewalle et al., 2000 dan Salman et al., 2005. Kondisi tersebut dapat menjelaskan penyebab dominasi ikan herbivora fitoplanktivora di perairan Teluk Kendari.
Selain itu, dominasi ikan planktivora yang berada pada tingkat trofik rendah juga disebabkan oleh kurangnya populasi ikan pemangsa di perairan ini Tabel 10. Frank et
al. 2005 dan Myers et al. 2007 melaporkan bahwa berkurangnya kelimpahan
karnivora yang diindikasikan dengan penurunan rata-rata panjang dan bobot individu dalam populasi akan merubah struktur trofik dalam ekosistem. Rendahnya kelimpahan
populasi tersebut akan menghasilkan peningkatan tingkat trofik rendah karena mangsa terhindar dari pemangsaan. Kondisi tersebut menyebabkan sumber daya ikan secara
bertahap berubah dari spesies yang berada di tingkat trofik atas menjadi spesies yang berada pada tingkat trofik bawah dalam jejaring makanan Jaureguizar Milessi, 2008
dan Freire Pauly, 2010. Berbeda dengan ikan fitoplanktivora, jumlah populasi ikan karnivora, detritivora,
bentivora, dan herbivora makrofita di perairan ini sangat rendah Lampiran 9. Hal ini berkaitan dengan tidak ditemukannya lagi daerah makanan seperti hamparan makroalga
dan tumbuhan lamun akibat tingginya kekeruhan 0,42–10,25 NTU, total padatan
tersuspensi 255–418 mg L
-1
Irawati, 2011, dan tekanan sedimentasi Bappeda, 2000. Kondisi tersebut diduga membatasi keberadaan populasi ikan tersebut di perairan.
Tingginya kekeruhan dapat mengurangi jangkauan penglihatan pada ikan karnivora piscivora dalam mencari makanannya seperti ukuran, bentuk, dan warna
makanan sehingga membatasi keberadaan ikan tersebut di perairan ini Kneib, 1987; Barrett et al., 1992; Blaber et al., 1995; dan Carter et al., 2010. Di perairan lain, tingkat
pemangsaan ikan piscivora, Anoplopoma fimbria, lebih rendah tiga kali lipat pada kekeruhan 5 NTU daripada di air yang jernih, dan mangsa tidak ada yang dikonsumsi
pada kekeruhan 10 NTU de Robertis et al., 2003. Pada ikan cod Atlantik, Godus morhua
, walaupun peredaman cahaya pada 28 m
-1
tidak banyak berpengaruh terhadap aktivitas mencari makanan karena adanya chemoreceptor, namun kekeruhan yang tinggi
peredaman cahaya sampai 17 m
-1
menyebabkan ikan tersebut membutuhkan energi yang lebih besar dalam mencari makanannya di perairan Meager Batty, 2007.
Tingginya kekeruhan dan padatan tersuspensi juga menyebabkan ikan bentivora membutuhkan energi yang lebih besar dalam mencari makanannya dalam perairan.
Kondisi tersebut kurang menguntungkan dalam pembelanjaan energi karena kekeruhan menghambat visual lokasi mangsa seperti yang dilaporkan oleh Staudinger Juanes
2010 pada ikan flounder, Paralichthys dentatus. Konsekuensinya, jarak untuk mendeteksi mangsa yang dekat akan berkurang, aktivitas pengejaran akan lebih tinggi dan
peluang gagal cukup besar. Torres-Navarro Lyons 1999 juga melaporkan bahwa ikan detritivora, Agonostomus monticola Pisces: Mugilidae, di perairan Mexico berkurang
jumlah konsumsinya terhadap alga saat kekeruhan tinggi di musim hujan dibandingkan saat musim kemarau. Selain membatasi dalam hal makanan, kekeruhan dan sedimentasi
juga menyebabkan tertutupnya habitat dan daerah pemijahan yang cocok bagi ikan di perairan Teluk Kendari, seperti yang juga terjadi di perairan lain Henley et al., 2000 dan
Bunt et al., 2004.