proses  pengikatan  oksigen  di  dalam  darah.  Kadar  amonia  di  perairan  alami biasanya kurang dari 0,1 mgliter Effendi, 2003.
2.7.5. Nitrat
Keberadaan  nitrogen  di  perairan  dapat  berupa  nitrogen  anorganik  dan organik.  Nitrogen  anorganik  salah  satunya  ilalah  nitrat  atau  ion  nitrat  NO
3-
sedangkan  nitrogen  organik  berupa  protein,  asam  amino  dan  urea  akan mengendap  dalam  air.  Effendi  2003  menyatakan  bahwa  bentuk-bentuk
nitrogen tersebut   ngalami transformasi ada yang melibatkan mikrobiologi dan ada yang tidak sebagai bagian dari siklus nitrogen.
Nitrifikasi  yaitu  oksidasi  ammonia  menjadi  nitrit  dan  nitrat  dapat dilakukan oleh bakteri aerob. Nitrifikasi berjalan secara optimum pada pH 8 dan
berkurang secara nyata pada pH 7.  Hasil oksidasi ini sangat reaktif dan mudah sekali  larut,  sehingga  dapat  langsung  digunakan  dalam  proses  biologis.
Denitrifikasi  yaitu  reduksi  nitrat  menjadi  nitrit  NO
2-
,  dinitrogen  oksida N
2
O dan  molekul  nitrogen  N
2
.  Proses  reduksi  nitrat  berjalan  optimal pada  kondisi anoksik tak ada oksigen.
2.7.6. pH
pH adalah banyaknya ion hidrogen yang terkandung di dalam air. Tinggi rendahnya  pH  air  sangat  ditentukan  oleh  konsentrasi  H
+
yang  terdapat  dalam perairan. Setiap organisme mempunyai  pH optimum untuk kehidupannya. Nilai
pH  perairan  merupakan salah  satu faktor lingkungan  yang  berhubungan  dengan
susunan  spesies  dari  ikan.  Kisaran  pH  yang ideal  untuk  kehidupan  ikan  adalah antara 6,5 - 8,5 Jubaedah, 2006.
Beberapa  mikroorganisme  yang  bersifat  heterotrofik  juga mampu pengoksidasi  amonia  atau  nitrogen  organik  menjadi  nitrit  atau  nitrat.
Mikroorganisme  yang  termasuk  dalam  golongan  tersebut  diatas  antara  lain adalah bakteri  Alcaligenes,  Arthrobacter  spp.,  dan  Actinomycetes.  Bakteri
Arthrobacter  mampu  menghasilkan  nitrat  dalam  media  yang  mengandung amonia sebagai sumber nitrogen Alexander, 1977.
Bakteri autotrofik menggunakan CO
2
sebagai sumber karbon, sedangkan bakteri heterotrofik menggunakan senyawa organik, seperti asetat,   piruvat, dan
oksaloasetat sebagai sumber karbon. pH merupakan salah satu faktor lingkungan yang  berpengaruh  terhadap  pertumbuhan  dan  aktivitas  bakteri  pengoksidasi
amonia  Esoy  et  al.,  1998. pH optimum  untuk  pertumbuhan  bakteri pengoksidasi amonia  yang  bersifat  autotrofik  berkisar  dari  7,5  sampai  8,5
Ratledge, 1994, sedangkan bakteri yang bersifat heterotrofik lebih toleran pada lingkungan  asam,  dan  tumbuh  lebih  cepat  dengan  hasil  yang  lebih  tinggi  pada
kondisi dengan konsentrasi kadar oksigen rendah Zhao et al., 1999. pH  adalah cerminan  dari  derajat  keasaman  yang diukur  dari  jumlah  ion
hidrogen.  Air  murni  terdiri  dari  ion  H
+
dah  ion  OH
-
dalam  jumlah  berimbang hingga  pH  air  murni  biasa  7  atau  netral.  Air  yang bersifat  alkalis  umumnya
dengan pH lebih dari 7 karena banyak mengandung garam yang bersifat alkalis. pH air yang banyak mengandung CO
2
biasanya lebih rendah dari 7 dan bersifat asam Ahmad, 1991.