Suhu Lingkungan perairan yang mempengaruhi chironomida
27 bentuk detritus maupun bahan organik hidup seperti alga atau hewan air termasuk
larva chironomida. Nilai COD digunakan untuk mendapatkan gambaran kandungan bahan
organik yang dapat didegradasi oleh oksidator kuat. Dalam hal ini diharapkan seluruh bahan organik di substrat dapat terukur dengan menggunakan analisis
COD. Nilai AFDM digunakan untuk mendapatkan gambaran seluruh bahan organik yang berasal dari organisme hidup. Sedangkan nilai klorofil- diharapkan
memberi gambaran mengenai komposisi bahan organik yang berasal dari organisme autotrof.
Pengambilan sampel dilakukan dengan selang waktu 6 hari selama 30 hari. Sampel diambil dengan cara mengerik lapisan yang terkumpul di atas substrat
buatan untuk dianalisis kandungan klorofil, COD, serta berat kering bebas abu ash free dry massAFDM. Analisis kandungan klorofil dilakukan di
Laboratorium Fisika-Kimia Perairan Bagian Produktivitas dan Lingkungan Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan
Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Analisis AFDM dilakukan di Laboratorium Terpadu Pusat Antar Universitas, Institut Pertanian Bogor. Selain
kandungan klorofil dan berat kering bebas abu, juga dilakukan pengukuran perkembangan koloni bakteri dan COD yang ada pada substrat buatan.
Pengukuran kondisi kualitas air di dekat posisi substrat, seperti suhu, TSS, pH, dan DO, juga diukur yang dilakukan berturut-turut pada hari ke-1, 8, 15, 22, dan
29 setelah substrat diletakkan di air.