Berdasar pada Surat Peringatan I PD. Pasar Niaga Kerta Raharja tertanggal 26 Agustus 2010 yang ditujukan kepada PT. Betania Multi Sarana
selaku Developer Pembangunan Pusat Perbelanjaan dan Peremajaan Pasar serta Pasar Ciputat, kerugian retribusi untuk Pasar dan Parkir yang dialami
Pemda Kabupaten Tangerang selama 12 tahun 1997-2009 adalah sebesar Rp. 6.480.432.000.
Konflik antara Pemerintah Daerah Kabupaten Tangerang dengan PT. Betania Multi Sarana muncul karena adanya perbedaan penafsiran antara
kedua belah pihak terutama terhadap hak pengelolaan pasar dan penerimaan retribusi parkir. Hingga saat ini masalah tersebut belum terselesaikan.
b. Permasalahan Sosial Ekonomi
Permasalahan sosial ekonomi pasar ciputat mencakup: b.1 Persaingan yang ketat dengan pusat perbelanjaan modern. Pasar
Ciputat mengalami persaingan ketat dengan sejumlah pusat perbelanjaan modern yang semakin menjamur seiring dengan
pertumbuhan Kota Tangerang Selatan. Di wilayah Ciputat dan sekitarnya, setidaknya telah berdiri sejumlah pusat perbelanjaan
modern seperti Giant, Carrefour, Ramayana, dan beberapa retail modern lainnya. Keberadaan pusat perbelanjaan modern ini cenderung
menyebabkan menurunnya omset penjualan Pedagang Pasar Ciputat.
b.2. Pergeseran pola hidup masyarakat ke-arah selera dan tuntutan yang lebih modern yang umumnya disediakan oleh pusat perbelanjaan
modern. b.3. Tuntutan konsumen terhadap kebutuhan keamanan dan ketertiban.
b.4. Pemahaman masyarakat konsumen pada pedagang pasar terhadap tata tertib pasar dan aturan-aturan lainnya parkir, sampah, wilayah
belanja dan dagang reltif masih rendah. b.5. Hubungan yang kurang harmonis antara pengelola pasar dengan
pedagang akibat intervensi pihak-pihak lain.
c. Permasalahan Sosial Lingkungan
Keberadaan Pasar Ciputat menimbulkan persoalan lingkungan tersendiri, antara lain seperti tumpukan sampah di area sekitar pasar.
Menumpuknya sampah ini disebabkan karena belum tersedianya fasilitas Tempat Pembuangan Sampah TPS di Pasar Ciputat. Selain berdampak pada
menurunnya kualitas sanitasi lingkungan, menumpuknya sampah juga menyebabkan menurunnya omset penjualan para pedagang. Meskipun telah
dioperasikan mesin pengahancur sampah melalui Sistem Pengolahan Sampah Terpadu, tetapi masalah penumpukan sampah masih terjadi.
Selain persoalan menumpuknya sampah, keberadaan Pasar Ciputat juga menjadi salah satu titik rawan kemacetan di Kota Tangerang Selatan.
Menjamurnya para pedagang kaki lima PKL di sekitar area pasar semakin
menjadikan kawasan pasar tersebut tidak tertata dengan baik. Arus lalu lintas menjadi semakin macet karena belum tersedianya terminal sebagai tempat
transit bus dan angkutan umum.
d. Manajemen