Perkembangan perifiton sebagai komponen biota autotrof, dipengaruhi oleh ketersediaan unsur-unsur hara di perairan. Unsur-unsur hara yang penting di
perairan adalah nitrat dan fosfat. Peningkatan kandungan nitrogen bersama-sama dengan fosfor akan meningkatkan pertumbuhan algae dan tumbuhan air Horner
dan Welch, 1981 dalam Erina, 2006. Menurut Hamid 1996 dalam Erina 2006 di daerah perairan tropis
khusunya Indonesia, perairannya sangat jernih dan penetrasi cahaya sampai ke dasar perairan sehingga pertumbuhan dan produksi lamun di perairan ini sangat
ditentukan oleh ketersediaan unsur N dan P, perkembangan lamun ditentukan oleh ketersediaan nitrogen. Phillips dan Menez 1988 menyatakan bahwa di air
nitrogen tersedia dari 3 sumber, yaitu nitrogen yang terdapat pada sedimen, nitrogen di kolom air, dan hasil fiksasi nitrogen.
Lamun sebagian besar memanfaatkan unsur N dan P di air antara, sebaliknya fitoplankton, epifit, mikro dan makro alga serta bakteri bentik hanya
memanfaatkan N dan P dalam kolom air, maka komponen produksi primer padang lamun tersebut bukan merupakan saingan bagi lamun dalam
memanfaatkan unsur hara N dan P.
2.4 . Gambaran Umum Pulau Pari
Gugus Pulau Pari merupakan salah satu bagian dari Kepulauan seribu dan tersusun dari lima buah pulau kecil, yaitu Pulau Pari, Pulau tengah, Pulau Kongsi,
Pulau Tikus, dan Pulau Burung masing-masing dipisahkan oleh beberapa buah Goba. Pulau Pari merupakan pulau terbesar dari ke lima pulau penyusun Gugus
pulau Pari. Panjangnya sekitar 2,5 km dan lebar bagian terpendek sekitar 60 m dan bagian terpanjangnya sekitar 400 m Kiswara, 1992. Secara geografis, Gugus
Pulau Pari terletak pada posisi 5⁰50’20” LS - 5⁰50’25” LS dan 106⁰34’30” BT - 106⁰38’20” BT.
Perairan gugus Pulau Pari memiliki tipe perairan dangkal pesisir dengan kedalaman berkisar antara 15-40 meter. Termasuk perairan pedalaman semi
terbuka yang sangat dipengaruhi oleh lingkungan pesisir di sepanjang Teluk Jakarta dan Utara Banten serta gerakan massa air dari Laut Cina selatan dan
Timur Indonesia. Tipe perairan ini sangat dipengaruhi oleh substrat dasar
perairan, kondisi lokal geologisnya dan pengaruh aktifitas pengembangan di daratan dan pulau-pulau kecil di sekitarnya.
Tipe perairan gugus Pulau Pari telah memberikan karakteristik pola oseanografi secara lokal antara lain pola arus, gelombang dan pasut serta kondisi
oseanografi lainnya. Pola arus secara umum menjadi bagian pola arus Perairan Indonesa yaitu sangat terpengaruh oleh Musim yaitu Musim Barat dan Musim
Timur dan peralihan di antaranya. Secara umum arus yang melewati perairan Pulau Pari memiliki kecepatan rata-rata 20-40 cm s¯¹ dan dipengaruhi oleh musim
baik kecepatan maupun arahnya. Pada Musim Barat kecepatan arus cenderung lebih tinggi sedangkan pada Musim Timur terjadi penurunan berkisar antara 12-64
cm s¯¹. Pasang surut merupakan gerakan massa air secara teratur yang disebabkan
oleh adanya gaya tarik bulan dan matahari. Tipe pasut di Pulau Pari adalah diurnal tipe harian tunggal dimana daerah ini mengalami satu kali pasang tinggi dan satu
kali surut rendah dalam satu hari Pariwono et al., 1996. Salinitas berkisar 30,2‰–36,7‰ dan temperatur berkisar 26,7⁰C–32,9⁰C, sehingga dari data
lingkungan di atas menunjukkan kualitas perairan di Pulau Pari termasuk ke dalam kisaran optimum bagi spesies lamun Azkab, 1994. Substrat dasar di
perairan Pulau Pari berupa pasir, pasir berlumpur dan pasir berkarang dan kedalaman yang dangkal di perairan Pulau Pari memungkinkan kecerahan
perairan dapat mencapai 100 Kiswara, 1992. Vegetasi lamun tersebar di wilayah Gugus Pulau pari dengan kedalaman
kurang dari 2 meter dengan kondisi arus yang tenang Kiswara, 1992. Perairan Pulau Pari dikelilingi oleh padang lamun dengan jenis yang bermacam-macam,
seperti : Cymodoceae rotundata, Enhalus acoroides, Halodule uninervis, Halophila ovalis, Syringodium isoetifolium, dan Thallassia hemprichi. Penelitian
dilakukan di ekosistem lamun Pulau Pari bagian utara dan selatan. Jenis lamun yang mendominasi di bagian utara adalah Enhalus acoroides yang tumbuh sampai
ke rataan terumbu Pulau Pari. Keadaan dasar dari daerah rataan terumbu umumnya berupa pasir lumpur. Sedangkan di bagian selatan ditemukan jenis
lamun Cymodoceae rotundata, Enhalus acoroides, Halophila ovalis, dan Thallassia hemprichi.
