linking agent. Ukuran pori gel ditentukan oleh jumlah akrilamid yang digunakan per unit volume medium reaksi dan derajat ikatan silangnya Boyer,
1986. Hal ini dapat dikontrol dengan memilih konsentrasi yang tepat dari akrilamid dan pereaksi penginduksi ikatan silang. Semakin besar konsentrasi
akrilamid yang digunakan, semakin kecil ukuran pori-pori gel. Sebagian besar protein yang telah dipisahkan melalui gel tidak dapat
langsung terlihat oleh mata, sehingga perlu dikembangkan metode untuk memvisualisasinya setelah elektroforesis selesai. Pewarna yang umum
digunakan untuk mewarnai protein ialah coomassie brilliant blue. Setelah dikeluarkan dari perangkat elektroforesis, gel berisi protein direndam dalam
larutan pewarna yang mengandung asam dan alkohol. Larutan ini mendenaturasi protein, menahannya di dalam gel sehingga tidak dapat tercuci,
dan memudahkan pewarna untuk mengikatnya. Kelebihan pewarna kemudian dicuci, sehingga terlihatlah protein sebagai pita biru. Sedikitnya 0.1-1.0 µg
protein di dalam gel dapat divisualisasi menggunakan coomassie brilliant blue. Pita protein yang telah divisualisasi kemudian diukur mobilitas
elektroforetiknya. Menurut Copeland 1994, mobilitas relatif protein Rf merupakan jarak migrasi pita dibagi jarak migrasi dye. Berat molekul sampel
yang dicari ditentukan dari mobilitas pada gel berdasarkan standar berat molekul yang digunakan Tampubolon, 2000.
1. SDS-PAGE
Menurut Smith 1984, modifikasi gel poliakrilamid yang paling banyak digunakan adalah sodium dodecyl sulphate polyacrilamide gel
electrophoresis SDS-PAGE. Dalam SDS-PAGE, sampel protein direaksikan dengan agen pereduksi seperti 2-merkaptoetanol atau
dithiothreitol untuk memutuskan ikatan disulfida. Kemudian protein didenaturasi dan dilapisi dengan muatan negatif oleh molekul SDS.
Detergen anionik kuat SDS akan menghancurkan hampir seluruh interaksi non kovalen di dalam protein, menyebabkan lipatan protein terurai. Rata-
rata setiap molekul SDS berikatan melalui rantai alkil hidrofobiknya dengan tulang punggung polipeptida untuk setiap 2 residu asam amino, sehingga
memberi protein terdenaturasi muatan negatif besar yang proporsional dengan massanya Boyer, 1986. Dengan cara ini, variasi bentuk dan rasio
muatanmassa polipeptida dapat dieliminasi. Sejumlah besar ion sulfat dalam micelle ikut mengatasi efek muatan dari polipeptida itu sendiri.
Karena protein telah memiliki rasio muatan per massa yang sama, mereka akan dipisahkan hanya atas dasar massanya. Protein berukuran kecil
bergerak paling jauh melalui gel, sementara protein yang berukuran lebih besar bergerak lebih lambat karena mereka dihambat oleh ikatan silang di
dalam gel sehingga tertahan di daerah atas gel. Di bawah kondisi ini, mobilitas sebagian besar rantai polipeptida secara linier proporsional dengan
logaritma dari massanya. Oleh karena itu, jika protein yang telah diketahui bobot molekulnya dielektroforesis bersama dengan sampel, bobot molekul
dari sampel yang belum diketahui dapat ditentukan. Protein dengan perbedaan massa sekitar 2 misalnya 40 dan 41 kDa atau berbeda sekitar
10 asam amino biasanya juga dapat dibedakan. SDS-PAGE adalah teknik yang cepat, sensitif, dan digunakan secara luas untuk menentukan derajat
kemurnian sampel protein, menentukan bobot molekul dari protein yang tidak dikenal, dan menentukan jumlah subunit polipeptida dalam sebuah
protein Boyer, 1986.
2. Native-PAGE
Metode native polyacrilamide gel electrophoresis native-PAGE diaplikasikan untuk mengetahui bobot molekul alami protein. Di dalam
metode ini, protein dihindarkan dari perlakuan yang bisa menimbulkan denaturasi, sehingga pemisahan subunit protein hanya dipengaruhi oleh
muatan bersih negatif dan ukurannya. Protein yang berukuran kecil atau bermuatan negatif bermigrasi lebih jauh daripada protein yang berukuran
lebih besar atau bermuatan kurang negatif. Oleh karena protein masih berada dalam struktur alaminya, dibutuhkan gel dengan ukuran pori-pori
yang lebih besar. Untuk mencapai hal tersebut, konsentrasi gel yang digunakan dalam native-PAGE lebih kecil daripada konsentrasi gel dalam
SDS-PAGE.
III. BAHAN DAN METODE A. BAHAN DAN ALAT
Bahan-bahan yang digunakan untuk pembuatan mie basah adalah tepung terigu merk Cakra Kembar dan Segitiga Biru, garam, CMC, obat mie
pasar, Na
2
CO
3
, STPP Sodium Tri Polifosfat, air, dan minyak goreng. Bahan pengawet yang digunakan adalah formalin formaldehid 37 dan boraks.
Bahan-bahan yang digunakan untuk analisis fisik, kimia, dan ekstraksi protein adalah NaCl jenuh Aw=0.750, K
2
SO
4
, HgO, H
2
SO
4
pekat, NaOH, Na
2
S
2
O
3
, H
3
BO
3
, akuades, indikator metil merah, indikator metil biru, alkohol, HCl pekat, kertas saring Whatman no. 1, heksan, NH
4
CH
3
COO, CH
3
COOH, asetil aseton, indikator universal, CaCO
3
, CaCl
2
, indikator fenolftalein, indikator metil oranye, manitol, tripsin, kimotripsin, peptidase, aseton, coomassie
brilliant blue, etanol, asam fosfat, BSA, dan amonium sulfat. Bahan-bahan yang digunakan untuk elektroforesis adalah membran dialisis 8 000 Da,
akuades, Tris base, bromphenol blue, sodium dodesil sulfat, gliserol, coomasie brilliant blue, metanol, asam asetat glasial, akrilamid, mikrofilter, amonium
persulfat, glisin, 2-merkaptoetanol, dan TEMED. Peralatan yang digunakan untuk pembuatan mie adalah timbangan,
mesin pembuat mie, dan peralatan masak. Peralatan yang digunakan untuk analisis fisik, kimia, dan ekstraksi protein adalah kromameter Minolta tipe CR
20, pengukur tekstur Rheoner RE-3305, Shibaura Aw-meter WA-360, cawan aluminium, oven, desikator, neraca analitik, cawan porselin, tanur, penangas
listrik, labu Kjedahl, alat destilasi, kondensor, peralatan gelas, botol semprot, loyang, blender, alat Soxhlet, penangas air, spektrofotometer UV-VIS, hot
plate, pH meter, saringan vakum, magnetic stirrer, alat sentrifus, freezer, dan refrigerator. Peralatan untuk elektroforesis adalah tabung vial, eppendorf,
peralatan pencetak gel, perangkat alat elektroforesis, mikropipet, power supply, dan agitator.
