Setiap kluster plot terdiri atas 4 annular-plot dan 4 sub-plot. Annular-plot dan sub-plot nomor 1 berada di pusat, sedang annular-plot dan sub-plot lainnya
berada pada azimuth tertentu dari annular-plot dan sub-plot nomor 1. Posisi annular-plot dan sub-plot nomor 2 berada pada azimuth 360
o
dari posisi annular- plot dan sub-plot nomor 1. Posisi annular-plot dan sub-plot nomor 3 berada pada
azimuth 120
o
dari posisi annular-plot dan sub-plot nomor 1. Posisi annular-plot dan sub-plot nomor 4 berada pada azimuth 240
o
dari posisi annular-plot dan sub- plot nomor 1. Antara titik pusat annular plot 1 dengan titik pusat annular plot yang
lain berjarak 36.6 m. Setiap annular-plot memiliki luas 0.1 ha sehingga luas dalam 1 kluster plot adalah 0.4 m. Adapun total luas lingkaran kluster di dalam dan di
luar plot menjadi 1 ha. Di dalam setiap sub-plot terdapat mikroplot dengan radius 2.07 m pada jarak 3.66 m dan azimuth 90
o
dari titik pusat sub-plot.
Sub-topik Penelitian 2: Analisis Genetik Populasi Alam
P. merkusii strain Tapanuli pada Sebaran Alaminya di Tapanuli
– Sumatera Utara dengan Menggunakan Penanda Molekuler Mikrosatelit
Bahan dan alat
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah daun tanaman Pinus merkusii strain Tapanuli. Untuk proses ekstraksi, bahan kimia yang digunakan
adalah buffer ekstrak, PVP 2, Chloroform IAA, phenol, isopropanol dingin, NaCl, Etanol 95, buffer TE, aquabidest, H
2
O, primer mikrosatelit, Qiagen Taq polymerase, agarose, buffer TAE 1x, blue juice 10x, marker, Etidium bromida.
Acrilamide, APS, Temed, Formalin, NaOH, NH
4
OH, Asetat 1, Amonia, AgNO
3.
Sedangkan alat yang digunakan adalah sarung tangan karet, gunting, tube 1.5 ml, tube 0.2 ml spidol permanen, mortar, pestel, pipet mikro, tips, rak tube,
vortex, mesin sentrifugasi, waterbath, freezer, timbangan analitik, desikator, mesin PCR, bak elektroforesis, cetakan agar, microwave, gelas ukur, ultraviolet
transilluminator, alat foto DNA.
Metode 1.
Pengambilan Sampel
Unit sampel untuk analisis genetik ini adalah populasi. Di dalam penelitian ini ada 5 populasi alam P. merkusii strain Tapanuli yang menyebar pada lokasi
yang berbeda tetapi masih di dalam ekosistem hutan Tapanuli. Informasi kelima lokasi sebaran disajikan pada Tabel 1. Jumlah pohon yang dijadikan sampel
untuk setiap lokasi populasi alam diupayakan mencapai 24-30 individu pohon, sedangkan sampel yang diambil untuk analisis genetika ini berupa daun. Prosedur
pengambilan sampel di lapangan adalah sebagai berikut: a. Daun diambil dari setiap individu pohon sebanyak 2
– 5 pucuk daun. b. Daun tersebut selanjutnya dimasukkan ke dalam plastik klips yang berisi
silika gel. c. Dalam satu lokasi diharapkan dapat dijumpai 24 - 30
d. Setiap pohon yang daunnya diambil diukur tinggi, diameter dan letak geografisnya dengan menggunakan alat ukur
e. Jarak antar pohon sampel dalam satu populasi minimal 30 meter f. Data mengenai tinggi, diameter dan letak geografis, serta pemetaan pohon
induk maupun anakan dicatat kedalam lembar data datasheet.
2. Ekstraksi DNA
