kemudian dimasukkan kedalam mesin PCR. Tahapan serta suhu PCR seperti disajikan dalam Tabel 5.
Tabel 5 Tahapan dalam proses PCR
Metode Tahapan
Suhu C
Waktu menit Jumlah
siklus Mikrosatelit
Pre- Denaturation Denaturation
Annealing Extention
Final Extention 95
95 53
72 72
2 1
2 2
5 1
35 1
Pengujian polimorfisme dilakukan dengan melihat pita hasil PCR yang divisualisasi berdasarkan hasil elektroforesis. Hasil pengujian ini dikatakan
polimorfisme jika pola pita yang dihasilkan mempunyai sekurang-kurangnya lebih dari satu variasi, sedang hasil pengujian dikatakan monomorfik jika tidak
memperlihatkan adanya variasi pada pola pita hasil elektroforesis.
5. Analisis Data
Hasil PCR yang telah dielektroforesis difoto dan dianalisis dengan melakukan skoring pita yang muncul. Pada metode RAPD pola pita yang muncul
diterjemahkan kedalam data biner berdasarkan ada atau tidak adanya pita, sedangkan untuk data mikrosatelit dihitung berdasarkan banyaknya alel yang
ditemukan sesuai panjang basa. Hasil perhitungan pita-pita DNA tersebut kemudian dianalisis untuk
mengetahui keragaman dalam populasi maupun antar populasi. Parameter keragaman genetik yang dihitung dalam penelitian ini adalah Finkelday 2005 :
a. Persentase Lokus Polimorfik PLP Suatu lokus gen dikatakan polimorfik jika sekurang-kurangnya ada dua varian
yang berbeda alel. Sedang untuk monomorfik tidak memperlihatkan variasi genetik. Persentase lokus polimorfik dihitung dengan rumus;
Persentase Lokus Polimorfik PLP =
LM
LP LP
X 100 dimana
Σ LP ; jumlah lokus polimorfik ΣLM ; jumlah lokus monomorfik
b. Jumlah alel yang teramati na =
Lokus Alel
c. Jumlah alel yang efektif ne =
i
pi
2
1
dimana, pi2 ; frekuensi genetik tipe ke i d. Heterozigositas harapan He = 1
–
i
pi
2
dimana ; pi2 = frekuensi genetik tipe ke i e. Diferensiasi genetik Gst =
HT HS
HT
dimana; HT = keragaman populasi total, HS = keragaman populasi tunggal Parameter keragaman genetik yang diukur seperti jumlah alel yang diamati
na, jumlah alel yang efektif ne, jumlah lokus polimorfik, persen lokus polimorfik PLP dan heterozigitas harapan H
e
, diolah dengan software Pop Gene 1.32. Jarak genetika antara populasi dihitung menggunakan koefisien Dice
dan pembuatan dendogram menggunakan unweighted pair-group method arithmetic UPGMA berdasarkan jarak genetik Nei dengan perangkat lunak
numerikcal taxonomy and multivariate system NTSYS versi 1.80.
Sub-topik Penelitian 3: Analisis Kandungan Biomassa Karbon Tegakan Alam
P. merkusii strain Tapanuli pada Sebaran Alaminya di Tapanuli
–Sumatera Utara Bahan dan Alat
Bahan utama yang diperlukan untuk penelitian ini adalah tegakan populasi alam P. merkusii strain Tapanuli yang tumbuh di dalam kawasan hutan lindung
Dolok Tusam – Tapanuli Utara – Sumatera Utara. Bahan lain yang dibutuhkan
untuk penelitian ini adalah tally sheet, tali plastik, dan bahan-bahan yang dibutuhkan untuk kegiatan survey vegetasi di lapangan.
Adapun alat-alat yang diperlukan untuk penelitian pada ini meliputi peralatan survey GPS, kompas, meteran, haga hypsometer, phy band, kamera
digital, bor kayu, peralatan untuk pencatatan data pensil, pulpen, alas tulis, penghapus, dan peralatan untuk analisis data komputer, kalkulator, beberapa
software.
