Menurut  Welch  1952  ekosistem  mengalir  dicirikan  dengan  badan  air  yang bergerak atau mengalir secara berkesinambungan dengan arah terntentu. Sedangkan
menurut  Dodds  2002  sungai  memiliki  karakteristik  yang  bagus  dalam  hidrologi, karena  ketertarikaan  saat  banjir,  erosi,  dan  supply    air.    Sungai  yang  alami  pada
dasarnya  merupakan  refleksi  dari  proses  vulkanik  yang  bersangkutan  dengan transpor  air  dan  material  Reid  1961.  Kecepatan  arus,  erosi,  dan  sedimentasi
merupakan  fenomena  umum  yang  terjadi  di  sungai  sehingga  kehidupan  flora  dan fauna pada sungai sangat dipengaruhi ketiga variabel tersebut Effendi 2003.
Menurut Reid 1961 berdasarkan faktor ekologi sungai dapat dibagi menjadi 3 bagian, yaitu :
- Hulu  sungai.  Bagian  dasar  sungai  yang  memiliki  kemiringan  yang  cukup
besar  sehingga  dicirikan  dengan  arus  yang  cepat.  Substrat  dasar  biasanya terdiri  dari  batu  dan  kerikil,  namun  pada  arus  yang  lambat  pools
ditemukan juga substrat detritus organik yang sedikit dan pasir. -
Tengah sungai. Bagian dasar sungai yang memiliki kemiringan yang tidak terlalu  besar  sehingga  dicirikan  dengan  arus  yang  lebih  lambat
dibandingkan  daerah  hulu.  Substrat  dasarnya  terdiri  dari  material  kasar seperti pasir, namun pada bagian sungai yang sedikit tergenang pools dan
pinggiran sungai ditemukan lumpur. -
Hilir sungai.  Bagian sungai  yang terletak di  mulut  sungai  dengan substrat dasarnya  terdiri  dari  lumpur  dan  detritus  organik.  Pada  bagian  ini  ditandai
dengan adanya semak-semak dan rawa.
2.3. Parameter Fisika
2.3.1. Padatan tersuspensi total Total Suspended Solid- TSS dan kekeruhan
Padatan  total,  sebagian  besar  terdiri  dari  bikarbonat  yang  merupakan  anion utama  di  perairan  yang  telah  mengalami  transformasi  menjadi  karbondioksida,
sehingga  karbondioksida  dan  gas-gas  laiin  tidak  termasuk  dalam  padatan  total  saat pemanasan  Boyd  1988.  Menurut  APHA  2005  padatan  total  adalah  bahan  yang
tersisa setelah air sampel mengalami evaporasi dan pengeringan pada suhu tertentu. Sedangkan  padatan  tersuspensi  total  Total  Suspended  Solid  merupakan  bahan-
bahan  partikel  renik  yang  melayang  atau  tercampur  dalam  air  dan  jika  disaring
dengan kertas saring yang mempunyai pori- pori berdiameter 0.45 μm akan tertahan
Effendi 2003. Tinggi rendahnya nilai padatan tersuspensi tidak selalu diikuti oleh tinggi  rendahnya  nilai  kekeruhan  secara  linier,  karena  pengukuran  kekeruhan
didasarkan  pada  banyaknya  cahaya  yang  tersisa  setelah  diserap  oleh  bahan-bahan yang  terkandung  dalam  air,  sedangkan  padatan  tersuspensi  didasarkan  atas  bobot
residu dari bahan-bahan yang terkandung dalam air sebagai suspensi Widigdo 2001 in  Feriningtyas 2005.
Alabaster  dan  Lloyd  1982  in  Effendi  2003  mengkategorikan  kesesuaian perairan  untuk  kepentingan  perikanan  berdasarkan  nilai  padatan  tersuspensi  total
menjadi 4 kelompok dalam Tabel 1.
Tabel 1.  Kesesuaian perairan untuk kepentingan perikanan berdasarkan nilai padatan tersuspensi .
Sumber : Alabaster dan Lloyd 1982 in Effendi 2003
Berdasarkan  Peraturan  Pemerintah  Nomor  82  tahun  2001  dengan  kriteria baku mutu air kelas I, yaitu perairan tawar yang diperuntukkan sebagai air baku air
minum  dan  kelas  III,  yaitu  perairan  tawar  yang  diperuntukkan  bagi  kepentingan perikanan,  peternakan,  dan  pertanaman  harus  memiliki  nilai  padatan  tersuspensi
Total Suspended Solid dibawah 50 mgl dan 400 mgl. Kekeruhan  menggambarkan  sifat  optik  air  yang  ditentukan  berdasarkan
banyaknya  cahaya  yang  diserap  dan  dipancarkan  oleh  bahan-bahan  yang  terdapat didalam  air  Effendi  2003.  Kekeruhan  adalah  kondisi  yang  dihasilkan  air  dari
adanya bahan tersuspensi di perairan. Secara umum kekeruhan air akan terjadi jika beban  dari  padatan  tersuspensi  banyak.  Kekeruhan  sungai  yang  berada  didaerah
pegunungan  hulu  memiliki  nilai  yang  sangat  rendah  dibandingkan  sungai  yang berada  di  hilir  Welch  1952.  Sedangkan  menurut  Reid  1961  di  sungai  yang
rendah,  kekeruhan  menjadi  lebih  dominan  dan  menjadi  fitur  karakteristik  pada sebagian  besar  sungai.  Bergantung  pada  sifat  kimia  alami  dari  material  tersuspensi
Nilai TSS mgliter Pengaruh terhadap kepentingan perikanan
25 Tidak berpengaruh
25 – 80
Sedikit berpengaruh 81
– 400 Kurang baik bagi perikanan
400 Tidak baik bagi perikanan
dan ukuran partikel, warna sungai dapat berkisar mendekati putih, merah dan coklat. Di sungai yang kekeruhannya tidak terlalu banyak, plankton dapat berkembang dan
membuat warna sungai menjadi kehijauan. Menurut Mason 1981 nilai kekeruhan dapat menunjukan kandungan bahan
tersuspensi  dan  koloid  yang  terdapat  pada  perairan  sungai.  Kekeruhan  di  sungai terutama disebabkan oleh adanya erosi dari daratan yang terbawa masuk ke sungai.
Kekeruhan dapat menghalangi penetrasi cahaya matahari kedalam perairan sehingga dapat mengganggu proses fotosintesis. Menurut Effendi 2003, padatan tersuspensi
berkolerasi positif dengan kekeruhan. Semakin tinggi  nilai padatan tersuspensi, nilai kekeruhan  juga  semakin  tinggi.  Akan  tetapi,  tingginya  nilai  kekeruhan  tidak  selalu
diikuti dengan tingginya padatan terlarut.
2.3.2. Padatan terlarut total Total Dissolved Solid - TDS