10 akan berikatan dengan nitrocellulose dan menghasilkan suatu reaksi enzim dalam
bentuk tak terlarut Hibi dan Saito 1985. Prinsip kerja ELISA adalah antigen patogen pada sampel pengujian akan terperangkap secara khusus dan terkunci
oleh fase padat dari spesifik antibodi. Antibodi spesifik kemudian akan bereaksi dengan antigen yang telah terkunci, sedangkan antibodi yang tidak bereaksi
selanjutnya akan dibersihkan atau dikeluarkan. Antibodi yang telah berikatan kemudian diuji dengan pemberian substrat yang sesuai dan akan memberikan warna
yang menunjukkan ada atau tidaknya antigen pada sampel yang diujikan sebagai bentuk pengujian secara kualitatif Clark 1981.
2.8 Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction RT-PCR
PCR merupakan metode deteksi yang menggunakan spesifik primer dan lebih sensitif dibandingkan dengan metode serologi dan metode ini umum digunakan dalam
pendeteksian virus. Pada virus RNA, PCR dilakukan dengan transkripsi RNA menjadi cDNA yang disebut juga dengan reverse transcription PCR atau RT-PCR. RNA virus
bisa didapatkan dengan cara mengekstrak bagian tanaman yang telah terinfeksi virus. Asam nukleat yang terdapat pada virus dapat dikeluarkan melalui proses pemanasan
dan dilanjutkan dengan reverse transcription, sehingga cDNA yang didapat nantinya bisa diamplifikasi dan menghasilkan dsDNA Mahy dan van Regenmortel 2010.
Hal yang dianggap penting pada aplikasi metode RT-PCR adalah ketelitian dalam interpretasi suatu hasil dan positif, internal, dan negatif kontrol yang digunakan
sangat penting dalam analisis PCR. Selain itu, sampel yang digunakan juga dapat terkontaminasi selama pengerjaan Mahy dan van Regenmortel 2010. Pemilihan
primer sangat bergantung pada sekuens yang ingin dianalisis dan primer yang mengandung nukleotida dengan posisi yang spesifik dapat digunakan untuk
membedakan strain suatu virus Hull 2002. Primer menjadi hal yang penting karena terkait keakuratan selama proses PCR dan berpengaruh terhadap efisiensi kerja
Salomon 2002.
Pada tanaman Allium aplikasi RT-PCR telah banyak digunakan untuk deteksi keberadaan virus. Arya et al. 2006 mendeteksi adanya OYDV pada tanaman bawang
putih dan bawang bombay, primer spesifik yang digunakan didisain berdasarkan gen RNA-dependent RNA polimerase. Mahmoud et al. 2007 mendeteksi OYDV pada
tanaman bawang putih menggunakan dua primer spesifik oligonukleotida untuk mengamplifikasi daerah pusat gen CP dengan panjang sekitar 601 bp, sedangkan
kontrol yang merupakan tanaman sehat hasilnya negatif. Selanjutya Kurniawan 2012 menggunakan primer ini untuk mendeteksi OYDV pada bawang merah dengan
memodifikasi siklus PCR, akan tetapi hasil yang didapat negatif dan tidak ada pita yang teramplikasi, yang menunjukkan bahwa sampel yang dianalisis tidak terinfeksi virus
tersebut.
