10 akan berikatan dengan nitrocellulose dan menghasilkan suatu reaksi enzim dalam
bentuk tak terlarut Hibi dan Saito 1985. Prinsip kerja ELISA adalah antigen patogen pada sampel pengujian akan terperangkap secara khusus dan terkunci
oleh fase padat dari spesifik antibodi. Antibodi spesifik kemudian akan bereaksi dengan antigen yang telah terkunci, sedangkan antibodi yang tidak bereaksi
selanjutnya akan dibersihkan atau dikeluarkan. Antibodi yang telah berikatan kemudian diuji dengan pemberian substrat yang sesuai dan akan memberikan warna
yang menunjukkan ada atau tidaknya antigen pada sampel yang diujikan sebagai bentuk pengujian secara kualitatif Clark 1981.
2.8 Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction RT-PCR
PCR merupakan metode deteksi yang menggunakan spesifik primer dan lebih sensitif dibandingkan dengan metode serologi dan metode ini umum digunakan dalam
pendeteksian virus. Pada virus RNA, PCR dilakukan dengan transkripsi RNA menjadi cDNA yang disebut juga dengan reverse transcription PCR atau RT-PCR. RNA virus
bisa didapatkan dengan cara mengekstrak bagian tanaman yang telah terinfeksi virus. Asam nukleat yang terdapat pada virus dapat dikeluarkan melalui proses pemanasan
dan dilanjutkan dengan reverse transcription, sehingga cDNA yang didapat nantinya bisa diamplifikasi dan menghasilkan dsDNA Mahy dan van Regenmortel 2010.
Hal yang dianggap penting pada aplikasi metode RT-PCR adalah ketelitian dalam interpretasi suatu hasil dan positif, internal, dan negatif kontrol yang digunakan
sangat penting dalam analisis PCR. Selain itu, sampel yang digunakan juga dapat terkontaminasi selama pengerjaan Mahy dan van Regenmortel 2010. Pemilihan
primer sangat bergantung pada sekuens yang ingin dianalisis dan primer yang mengandung nukleotida dengan posisi yang spesifik dapat digunakan untuk
membedakan strain suatu virus Hull 2002. Primer menjadi hal yang penting karena terkait keakuratan selama proses PCR dan berpengaruh terhadap efisiensi kerja
Salomon 2002.
Pada tanaman Allium aplikasi RT-PCR telah banyak digunakan untuk deteksi keberadaan virus. Arya et al. 2006 mendeteksi adanya OYDV pada tanaman bawang
putih dan bawang bombay, primer spesifik yang digunakan didisain berdasarkan gen RNA-dependent RNA polimerase. Mahmoud et al. 2007 mendeteksi OYDV pada
tanaman bawang putih menggunakan dua primer spesifik oligonukleotida untuk mengamplifikasi daerah pusat gen CP dengan panjang sekitar 601 bp, sedangkan
kontrol yang merupakan tanaman sehat hasilnya negatif. Selanjutya Kurniawan 2012 menggunakan primer ini untuk mendeteksi OYDV pada bawang merah dengan
memodifikasi siklus PCR, akan tetapi hasil yang didapat negatif dan tidak ada pita yang teramplikasi, yang menunjukkan bahwa sampel yang dianalisis tidak terinfeksi virus
tersebut.
11
3 KULTUR MERISTEM TIP UNTUK ELIMINASI VIRUS
OYDV PADA BAWANG MERAH
Abstract
The purposes of this study were to determine the best media with PGR for meristem tip growth and to evaluate meristem tip culture potential for OYDV
elimination in shallot. This study used combination of PGRs 0.25 mg L
-1
GA
3
, 0.25 mg L
-1
2-ip, BAP
,
kinetin with or without 0.1 mg L
-1
IAA and media without PGR. This research was conducted saparately in two shallot cultivars Bima Brebes and
Tiron. The research was arranged in completely randomized block design with 8 combination of media levels and 3 replications. The result showed that media
without PGR was the most efficient for meristem tip growth. Primary shoot was growing without callusing. RT-PCR analysis showed that all the tested samples
were still infected by OYDV. It indicated that meristem tip culture method did not eliminate OYDV. It is suggested that this method must be combined with other
methods in order to eliminate virus effectively.
Keywords: in vitro, PGR, RT-PCR.
Abstrak
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan media dengan kandungan ZPT yang paling baik untuk pertumbuhan meristem tip dan untuk mengevaluasi potensi
kultur meristem tip dalam mengeliminasi virus OYDV pada tanaman bawang merah. Penelitian ini menggunakan 0.25 mg L
-1
GA
3,
0.25 mg L
-1
2-ip, BAP, kinetin dengan penambahan atau tanpa 0.1 mg L
-1
IAA serta media tanpa ZPT. Percobaan dilakukan secara terpisah pada cv. Bima Brebes dan Tiron yang disusun
menggunakan rancangan kelompok lengkap teracak dengan 8 komposisi media dan 3 ulangan. Hasil yang didapat menunjukkan bahwa media tanpa penambahan ZPT
paling efisien untuk pertumbuhan meristem tip. Tunas utama yang tumbuh tanpa diikuti pembentukan kalus. Analisis RT-PCR menunjukkan bahwa seluruh sampel
yang dianalisis masih terinfeksi OYDV. Hal ini menunjukkan bahwa kultur meristem tip masih belum dapat mengeliminasi virus OYDV, sehingga metode ini
perlu dikombinasikan dengan metode lainnya agar dapat mengeliminasi virus secara efektif.
Katakunci: in vitro, RT-PCR, ZPT.
