Kemoterapi Meristem Tip Dan Kemoterapi Untuk Eliminasi Virus Onion Yellow Dwarf Virus (Oydv) Pada Bawang Merah

8 mengandung konsentrasi virus yang tinggi atau telah terinfeksi oleh berbagai jenis virus. Ribavirin dapat memberikan pengaruh yang berbeda terhadap tanaman, bergantung pada konsentrasi dan genotipe tanaman Oana et al. 2009. Neelamathi et al. 2014 menyatakan meristem tip tebu yang dikulturkan pada konsentrasi ribavirin yang rendah 2.5, 5.0, dan 7.5 mgL -1 tidak mengakibatkan penghambatan pertumbuhan dan multiplikasi eksplan, akan tetapi konsentrasi tersebut tidak mampu mengeliminasi virus. Ribavirin dengan konsentrasi yang tinggi dapat menimbulkan efek fitotoksik terhadap pertumbuhan eksplan berupa penghambatan pertumbuhan dan multiplikasi. Andriani et al. 2013 berhasil memperoleh tebu yang telah bebas dari virus Sugarcane mosaic virus SCMV melalui kultur meristem tip yang dikombinasikan dengan ribavirin 30 mg L -1 dan 40 mg L -1 selama 6 minggu.

2.4 Virus pada Bawang Merah

Virus pada tanaman Allium dapat tersebar dari satu tanaman ke tanaman lainnya melalui kutu daun, thrip, dan tungau. Virus yang menginfeksi Allium biasanya memiliki kisaran inang yang sempit, terutama sekali terbatas pada tanaman bawang-bawangan. Penyebaran virus juga dapat terjadi akibat proses perbanyakan tanaman yang dilakukan secara vegetatif, dan bahkan bawang merah biasanya dapat terinfeksi oleh lebih dari satu jenis virus Brewster 2008. Gunaeni et al. 2011 melaporkan bahwa persentase insiden gejala virus yang muncul antar varietas maupun pada varietas yang sama dapat bervariasi. Hal ini diduga akibat varietas yang dibudidayakan berbeda-beda, asal daerah dimana benih diperoleh, dan berapa generasi suatu varietas tersebut telah dibudidayakan. Kelompok virus yang ditemukan menginfeksi tanaman Allium merupakan kelompok Potyvirus yaitu Onion yellow dwarf virus OYDV dan Leek yellow stripe virus LYSV. Virus dari Kelompok Carlavirus diantaranya adalah Garlic common latent virus GarCLV dan Shallot latent virus SLV, sedangkan dari kelompok Allexivirus yaitu Garlic virus D GarV-D, Garlic virus B GarV-B dan Garlic virus C GarV-C Shahraeen et al. 2008. Virus yang telah dilaporkan menyerang tanaman bawang merah di Indonesia yaitu OYDV, Shallot yellow stripe virus SYSV Gunaeni et al. 2011 dan SLV Duriat dan Sukarna 1990.

2.5 Virus Onion yellow dwarf virus OYDV

OYDV merupakan virus yang tergolong dalam genus Potyvirus. Virus jenis ini menyerang berbagai jenis bawang, termasuk bawang merah. Infeksi dari virus ini dapat menyebabkan terjadinya penurunan rata-rata hasil per tanaman Elnagar et al. 2009, bahkan tercatat kehilangan hasil mencapai 60. Umbi yang tanamannya terinfeksi juga berukuran lebih kecil dan masa dormansinya lebih pendek bila dibandingkan dengan tanaman yang sehat Brewster 2008. Bibit yang terinfeksi selama masa pertumbuhan akan memperlihatkan gejala infeksi pada daun termuda Crête et al. 1981. Pada kebanyakan virus, infeksi tidak memperlihatkan adanya gejala dan penyakit yang jelas, akan tetapi OYDV 9 dapat menyebabkan penyakit yang serius pada tanaman Brewster 2008. Gejala yang ditimbulkan dari infeksi OYDV pada bawang merah berupa garis-garis kuning tak beraturan pada bagian daun dan bahkan hampir seluruhnya menguning. Daun melengkung ke bawah, memipih dan mengeriting. Gejala yang ditimbulkan juga akan semakin parah jika infeksi dari virus ini disertai dengan virus lainnya Diekmann 1997.

2.6 Deteksi Virus

Pendeteksian dan identifikasi suatu virus yang dilakukan hanya berdasarkan pada gejala yang ditimbulkan oleh penyakit merupakan suatu hal yang masih belum pasti, karena gejala penyakit akibat infeksi virus dapat dipengaruhi oleh berbagai faktor, dan gejala penyakit yang muncul dapat disebabkan oleh infeksi satu atau beberapa jenis virus. Pada penyakit yang disebabkan oleh infeksi campuran, hal ini dapat menyulitkan proses pengidentifikasian virus Hull 2002. Saat ini berbagai metode analisis untuk deteksi dan identifikasi virus telah dikembangkan, diantaranya yaitu menggunakan metode serologi dan molekuler Salomon 2002.

2.7 Serologi

Uji serologi merupakan metode yang memanfaatkan reaksi antara antigen dan antibodi molekul yang berikatan dengan antigen yang dikenal sehingga dapat menghasilkan antiserum. Antiserum terdiri atas dua jenis, yaitu poliklonal dan monoklonal. Antiserum monoklonal bekerja lebih spesifik dibandingkan jenis poliklonal karena antibodinya bekerja pada antigen tertentu dan dapat digunakan pada strain berbeda dari banyak patogen Hull 2002. Metode ini memiliki banyak kegunaan dan umum digunakan dalam pendeteksian virus, diantaranya yaitu untuk mengidentifikasi virus penyebab penyakit, mengukur virus yang terkandung dalam tanaman, identifikasi virus yang tidak memperlihatkan adanya gejala penyakit pada tanaman, dan dapat digunakan untuk memurnikan virus Agrios 2005. Dot-immunobinding assay DIBA merupakan salah satu pengembangan dari prosedur serologi yang telah digunakan untuk mendeteksi berbagai virus tanaman, seperti virus ChiVMV dan WSMV dari kelompok Potyvirus Mahmood et al. 1997; Asniwita 2013. DIBA mampu mendeteksi virus ChiVMV pada tanaman cabai sampai batas pengenceran 1 : 1 000 dengan waktu yang efisien dan penggunaan antiserum yang lebih sedikit Opriana 2009. DIBA juga digunakan untuk mendeteksi virus dengan antibodi spesifik untuk virus OYDV, SLV dan GCLV pada sampel umbi dan daun tanam bawang yang diperoleh dari growing on test Wulandari 2016. Kadwati 2013 menyatakan bahwa tingkat sensitivitas DIBA dalam mendeteksi Potyvirus cukup sensitif, yang mampu mendeteksi pengenceran antigen virus mencapai 10 -2 sedangkan pengenceran antibodi hingga 10 -1 dan 10 -2 . Mahmood et al. 1997 juga menambahkan metode ini juga cukup sensitif untuk diaplikasikan dan memiliki kesamaan sensitivitas dengan ELISA, akan tetapi lebih sulit dilakukan kuantifikasi. DIBA memiliki prinsip kerja yang hampir sama dengan ELISA, perbedaannya terletak pada antigen atau antibodi yang digunakan, yang nantinya 10 akan berikatan dengan nitrocellulose dan menghasilkan suatu reaksi enzim dalam bentuk tak terlarut Hibi dan Saito 1985. Prinsip kerja ELISA adalah antigen patogen pada sampel pengujian akan terperangkap secara khusus dan terkunci oleh fase padat dari spesifik antibodi. Antibodi spesifik kemudian akan bereaksi dengan antigen yang telah terkunci, sedangkan antibodi yang tidak bereaksi selanjutnya akan dibersihkan atau dikeluarkan. Antibodi yang telah berikatan kemudian diuji dengan pemberian substrat yang sesuai dan akan memberikan warna yang menunjukkan ada atau tidaknya antigen pada sampel yang diujikan sebagai bentuk pengujian secara kualitatif Clark 1981.

2.8 Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction RT-PCR

PCR merupakan metode deteksi yang menggunakan spesifik primer dan lebih sensitif dibandingkan dengan metode serologi dan metode ini umum digunakan dalam pendeteksian virus. Pada virus RNA, PCR dilakukan dengan transkripsi RNA menjadi cDNA yang disebut juga dengan reverse transcription PCR atau RT-PCR. RNA virus bisa didapatkan dengan cara mengekstrak bagian tanaman yang telah terinfeksi virus. Asam nukleat yang terdapat pada virus dapat dikeluarkan melalui proses pemanasan dan dilanjutkan dengan reverse transcription, sehingga cDNA yang didapat nantinya bisa diamplifikasi dan menghasilkan dsDNA Mahy dan van Regenmortel 2010. Hal yang dianggap penting pada aplikasi metode RT-PCR adalah ketelitian dalam interpretasi suatu hasil dan positif, internal, dan negatif kontrol yang digunakan sangat penting dalam analisis PCR. Selain itu, sampel yang digunakan juga dapat terkontaminasi selama pengerjaan Mahy dan van Regenmortel 2010. Pemilihan primer sangat bergantung pada sekuens yang ingin dianalisis dan primer yang mengandung nukleotida dengan posisi yang spesifik dapat digunakan untuk membedakan strain suatu virus Hull 2002. Primer menjadi hal yang penting karena terkait keakuratan selama proses PCR dan berpengaruh terhadap efisiensi kerja Salomon 2002. Pada tanaman Allium aplikasi RT-PCR telah banyak digunakan untuk deteksi keberadaan virus. Arya et al. 2006 mendeteksi adanya OYDV pada tanaman bawang putih dan bawang bombay, primer spesifik yang digunakan didisain berdasarkan gen RNA-dependent RNA polimerase. Mahmoud et al. 2007 mendeteksi OYDV pada tanaman bawang putih menggunakan dua primer spesifik oligonukleotida untuk mengamplifikasi daerah pusat gen CP dengan panjang sekitar 601 bp, sedangkan kontrol yang merupakan tanaman sehat hasilnya negatif. Selanjutya Kurniawan 2012 menggunakan primer ini untuk mendeteksi OYDV pada bawang merah dengan memodifikasi siklus PCR, akan tetapi hasil yang didapat negatif dan tidak ada pita yang teramplikasi, yang menunjukkan bahwa sampel yang dianalisis tidak terinfeksi virus tersebut.