Pengambilan  contoh  substrat  dasar untuk analisis tekstur, diambil sebanyak  100 gr contoh sedimen. Pengambilan hanya dilakukan pada
kuadrat pertama, kuadrat kelima  dan  kuadrat ke sepuluh  pada masing- masing garis transek. Sampel sedimen selanjutnya dibawa ke laboratorium,
dibilas dengan air tawar untuk mengeluarkan serasah maupun kotoran yang dapat membuat bias data yang diperoleh.
3.4   Analisis Data 3.4.1   Tekstur Substrat
Sampel substrat yang telah dicuci selanjutnya dikeringkan di bawah terik matahari selama ± 3-4 hari sinar matahari penuh sampai kering dan
beratnya konstan. Cara lain, sampel  dapat dikeringkan dalam oven pada suhu 105
o
3.4.2  Frekuensi, Kerapatan, Penutupan Spesies  dan Indeks Nilai Penting Lamun
C selama 24 jam sampai beratnya konstan. Selanjutnya sedimen diayak berdasarkan ukuran mesh size ayakan. Pengolahan contoh sedimen
ini menggunakan metode kering Holme    McIntyre  1984. Hasil penyaringan berdasarkan mesh size ayakan  ayakan bertingkat, kemudian
ditimbang dan dicatat hasilnya dalam tabel dan selanjutnya dihitung persen kumulatif dari setiap mesh size ayakan. Hasil perhitungan persen kumulatif
ini selanjutnya disesuaikan  dengan nilai phi Ø  menurut skala Wenworth. Sebaran butiran  tekstur  substrat   dapat diketahui berdasarkan  hasil
analisis ini Holme  McIntyre 1984.
Frekuensi Spesies Lamun
Frekuensi  spesies  lamun  yaitu peluang ditemukannya lamun  spesies ke-i dalam suatu petak contoh yang dibatasi dan dibandingkan dengan jumlah
petak contoh yang diamati. Perhitungan spesies lamun dihitung menggunakan rumus sebagai berikut Brower et al. 1990:
Keterangan: Fi  = frekuensi spesies ke-i
P
ij
P  = jumlah total kuadrat contoh = jumlah kuadrat contoh ke-j ditemukan spesies ke-i
Frekuensi Relatif Lamun
Frekuensi  relatif  lamun  FRi,  yaitu perbandingan antara frekuensi spesies-i F
i
dengan  jumlah  total  frekuensi seluruh spesies.  Perhitungan frekuensi relatif lamun dihitung menggunakan rumus  sebagai berikut
Brower et al. 1990:
Keterangan: FRi  = frekuensi relatif spesies ke-i
F
i
= frekuensi spesies ke-i F
= jumlah frekuensi untuk seluruh spesies i=1
Kerapatan Mutlak Lamun
Kerapatan mutlak lamun adalah jumlah total individu lamun  dalam suatu unit area yang diukur. Kerapatan mutlak lamun dihitung menggunakan
rumus sebagai berikut Brower et al. 1990:
Keterangan: K
i
n = kerapatan mutlak spesies ke-i
ij
A = luas total area pengambilan contoh m
= jumlah total individu dari spesies ke-i di unit area ke-j
2
Kerapatan Relatif  Lamun
Kerapatan  relatif  lamun merupakan  perbandingan antara  jumlah individu spesies lamun  dan jumlah total individu seluruh spesies  lamun.
Kerapatan relatif  lamun dihitung menggunakan rumus  sebagai berikut Brower et al. 1990 :
Keterangan: KR
i
n = kerapatan relatif spesies ke-i
i
n = jumlah individu tiap spesies
ij
Penutupan Spesies Lamun
= jumlah total individu seluruh spesies
Penutupan  spesies lamun  yaitu luas area yang di  tutupi oleh lamun dalam setiap kuadrat Saito  Atobe 1990 in English et al. 1997.
Perse n tutupan  spesies lamun tertentu  dihitung dengan menggunakan rumus sebagai berikut
:
Keterangan: P
i
M =  penutupan spesies lamun ke-i
i
f =   frekuensi jumlah sub kuadrat yang memiliki nilai tengah yang sama
=  nilai tengah persen dari kelas ke-i
Penutupan Relatif Lamun
Penutupan relatif lamun yaitu perbandingan antar tutupan individu spesies ke-i dengan  total  jumlah tutupan seluruh  spesies.  Perhitungan
penutupan relatif lamun dihitung dengan menggunakan rumus Brower et al.
1990 , sebagai beriku:
Keterangan: PR
i
P = penutupan relatif spesies lamun ke-i
i
P = penutupan spesies ke-i
ij
= total jumlah penutupan seluruh spesies
Indeks Nilai Penting
Indeks nilai penting INP, dlgunakan untuk menghitung dan menduga keseluruhan dari peranan satu spesies di dalam satu komunitas. Semakin tinggi
nilai  INP suatu spesies,  relatif terhadap spesies lainnva maka semakin tinggi peranan spesies tersebut dalam  komunitas. Rumus yang digunakan  untuk
menghitung INP Brower et al. 1990, sebagai berikut:
INP
i
= KR
i
+ FRi + PR Keterangan:
i
INP
i
KR = indeks nilai penting spesies ke-i
i
FR = kerapatan Relatif spesies ke-i
i
PR = frekuensi Relatif spesies ke-i
i
= penutupan Relatif spesies ke-i
3.4.3   Pola Penyebaran Lamun