Metode pengambilan contoh yang digunakan adalah metode rancagan acak berlapis, dengan garis transek sebagai ulangan. Metode ini digunakan
berdasarkan asumsi bahwa padang lamun yang diamati tergolong vegetasi campuran, yang terdiri atas lebih dari satu jenis lamun.
3.3.1 Pengambilan Contoh Lamun dan Gastropoda
Pengambilan contoh lamun dan gastropoda dilakukan pada tiap kuadrat dari setiap garis transek, sehingga jumlah kuadrat yang diamati sebanyak 30
kuadrat pada masing-masing lokasi Dennison 1990; English et al. 1997. Setelah meletakkan kuadrat, dilakukan pengamatan terlebih dahulu terhadap
gastropoda yang berada di daun lamun maupun di substrat. Jika ditemukan, gastropoda tersebut langsung dimasukkan ke dalam plastik sampel dan diberi
keterangan. Kemudian dihitung persen tutupan tiap spesies lamun. Selanjutnya dilakukan pengerukan substrat sedalam ± 5 cm dengan asumsi bahwa terdapat
spesies gastropoda yang membenamkan diri dalam substrat bersifat infauna untuk menghindari kekeringan, mengingat pengambilan sampel dilakukan saat
surut terendah. Kemudian lamun dan gastropoda dipisahkan dari substrat, dimasukkan ke dalam plastik sampel dan diberi keterangan.
Contoh lamun dan gastropoda selanjutnya dibawa ke laboratorium untuk diidentifikasi. Lamun diidentifikasi berdasarkan acuan dari Phillips
Menez 1998, McKenzie et al. 2003 dan Lanyon 1986. Gastropoda diidentifikasi berdasarkan buku karangan Habe 1964; Dharma 1988;
1992; 2005; Lindner 2000; Oliver 2004 dan Kusnaedi et al. 2008.
3.3.2 Pengukuran Parameter Fisika-Kimia Air dan Pengambilan Tekstur Substrat
Parameter fisika-kimia air diambil dengan alat dan metode seperti yang tertera dalam Tabel 1. Pengukuran parameter fisika-kimia air menurut
Fonseca 1990, meliputi: suhu, kecepatan arus, pH air, salinitas dan oksigen terlarut DO, yang dilakukan secara in situ. Sedangkan kekeruhan,
ammonia, nitrat, fosfat, biochemical oxygen demand 5 BOD
5
, total organic matter
TOM dan tekstur substrat analisisnya dilakukan di Laboratorium.
Pengambilan contoh substrat dasar untuk analisis tekstur, diambil sebanyak 100 gr contoh sedimen. Pengambilan hanya dilakukan pada
kuadrat pertama, kuadrat kelima dan kuadrat ke sepuluh pada masing- masing garis transek. Sampel sedimen selanjutnya dibawa ke laboratorium,
dibilas dengan air tawar untuk mengeluarkan serasah maupun kotoran yang dapat membuat bias data yang diperoleh.
3.4 Analisis Data 3.4.1 Tekstur Substrat
