Periode ADIA Akademi Dinas Ilmu Agama
Peresmiaan pembagian wilayah koordinasi tersebut dilaksanakan pada tanggal 18 Maret 1963 dalam suatu upacara yang di hadiri oleh
Menteri Agama Republik Indonesia bertempat di Aula IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta dan di lakukan serah terima jabatan dari Rektor IAIN
Sunan Kalijaga Yogyakarta, Prof. R. H. A. Sunarjo, SH kepada Rektor IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Prof. Drs. H. Sunardjo.
Pada saat dilakukan serah terima jabatan tersebut, IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta telah memiliki empat fakultas, yaitu Fakultas
Tarbiyah, Fakultas Adab dan Fakultas Ushuluddin di Jakarta dan Fakultas Syari’ah di Serang. Di samping itu, IAIN Jakarta juga mengkoordinasikan
Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Syari’ah di Banda Aceh dan Palembang.
Kemudian dalam masa dua tahun sampai tahun 1965, dibuka fakultas- fakultas baru, yaitu Fakultas Tarbiyah di Serang, Cirebon Padang daan
Pekanbaru, serta Fakultas Syari’ah Jambi. Selanjutnya, berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia
Nomor 11 tahun 1997 tentang Perubahan Status Fakultas Daerah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri STAIN, maka Fakultas Tarbiyah
Pontianak berdiri sendiri sebagai STAIN Pontianak. Pada masa Kepemimpinan Prof. Dr. Harun Nasution 1973-1984,
IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta di kenal luas sebagai “Kampus Pembaharu”. Hal ini disebabkan karena Harun Nasution banyak
mengadakan pembaharuan-pembaharuan dalam pemikiran Islam dengan menekankan Islam Rasional. Untuk itu, Prof. Dr. Harun Nasution
mengadakan perubahan kurikulum IAIN yang salah satunya dengan memasukkan mata kuliah filsafat dan menyelenggarakan Program
Pascasarjana PPs. PPs IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta merupakan PPs pertama di lingkungan IAIN di seluruh Indonesia. PPs ini mengawali
kuliah perdananya pada tanggal 1 September 1982. Sejak saat itu secara
bertahap dosen-dosen PAI melanjutkan pendidikannya ke jenjang S2 dan S3.