Analisis Persepsi Stakeholder. A nalisi
2006, mencatat bahwa suhu permukaan di perairan Raja Ampat berkisar antara 28.5ºC – 31.8ºC dengan rata-rata 29.8ºC. Pada perairan tertutup Teluk Mayalibit
suhu permukaan mencapai 31.8ºC. Tingginya suhu permukaan di Teluk Mayalibit diperkirakan karena pergantian massa air sangat lamban Pemda Kab. Raja
Ampat 2006. S
alinitas di lapisan permukaan perairan Raja Ampat berkisar antara 30‰ - 35‰, pada kedalaman 10 meter berkisar antara 32‰ - 35‰ dan di perairan
tertutup Teluk Mayalibit berkisar antara 27.5‰ - 33.8‰. Rendahnya kadar salinitas di Teluk Mayalibit ini disebabkan oleh pengaruh massa air tawar dari
darat yang mengalir melalui beberapa sungai yang masih aktif di teluk tersebut. Kecerahan di perairan Raja Ampat berkisar antara 4 - 23 m dengan rata-ata
kecerahan 12.91 m. Kecerahan minimum berada di Teluk Mayalibit yang hanya mencapai 4 - 5 m karena memiliki kekeruhan yang cukup tinggi akibat banyaknya
bahan tersuspensi. Sedangkan untuk kegiatan pengamatan kecerahan air laut baik dilakukan pada pagi dan siang hari kecuali mendung karena intensitas cahaya
matahari sangat mempengaruhi hasil pengukuran kecerahan air dan akan memberikan hasil yang berbeda Alaerts dan Santika 1984 in Pemda kab. Raja
Ampat 2006. Apabila mengacu pada baku mutu air laut menurut KEPMEN KLH. No.
021988, secara umum kecerahan Perairan Raja Ampat rata-rata 12.91 meter dan masih tergolong baik. Baik untuk taman lautkonservasi maupun untuk biota
lautbudidaya. Menurut KEPMEN tersebut kecerahan air laut yang diperbolehkan untuk taman lautkonservasi ≤ 10 meter dan yang diinginkan ≤ 30 meter,
sedangkan untuk biota lautbudidaya kecerahan air laut yang diperbolehkan ≥3 meter dan yang diinginkan 5 meter Wibisono 2005
Pola arus yang terbentuk di Raja Ampat lebih banyak dipengaruhi oleh massa air dari Samudera Pasifik Barat Western Pacific Ocean yang bergerak
dari arah timur menuju barat laut North West dan sejajar dengan daratan Papua bagian utara. Ketika arus ini tiba di Laut Halmahera atau bagian utara
Kepulauan Raja Ampat arus tersebut sebagian bergerak ke selatan dan sebagian berbalik menuju Samudera Pasifik. Diduga sebagian arus ini memasuki perairan
Kepulauan Raja Ampat Anonim 2005.
Untuk wilayah teluk dan pulau-pulau kecil yang berdekatan pola arus lebih dipengaruhi oleh pasang surut. Kecepatan rata-rata arus di perairan Raja Ampat
adalah 0.11 mdet pada saat air laut duduk surut atau duduk pasang, sedangkan arus diperkirakan kencang pada saat duduk tengah pasang atau duduk tengah
surut. Daerah-daerah yang diperkirakan mempunyai arus pasang surut yang deras antara lain Selat Mansuar, Selat Kabui, dan Selat Sagawin Pemda Kab.
Raja Ampat 2006.