Penanda Genetik Mikrosatelit TINJAUAN PUSTAKA

Permasalahan juga dapat terjadi ketika pendataan dan dikenal dengan homoplasi. Homoplasi didefinisikan ketika dua alel dalam keadaan sama, tetapi tidak sama secara keturunan. Homoplasi dapat menyebabkan masalah dalam menganalisis genetika populasi, yaitu dapat mempengaruhi pengukuran keragaman genetika, aliran gen, jarak genetika, ukuran pohon tetangga, metode penetapan dan analisis filogenetika Estoup et al. 2002. Karena kemampuannya dala menghasilkan pita polymorfik, mikrosatelit sangat cocok digunakan dalam mengidentifikasi secara individual, menilai keragaman genetik dan aliran gen serta mengindentifikasi provenan mimba India dan mimba Thailand Boontong et al. 2008. Mikrosatelit bersama dengan AFLP juga digunakan dalam mengembangkan pemetaan gen yang baru Gailing Wuehlisch 2004. Teknik mikrosatelit telah banyak digunakan pada tanaman kehutanan seperti Azadirachta indica Boontong et al. 2008, mahoni Swietenia macrophylla Lemes et al. 2003, Lemes et al. 2010, Cabralea canjerana Meliaceae Pereira et al. 2011, Phitocelebium elegans Dayanandan et al. 1997. 2.5 Perbenihan Tanaman Mindi 2.5.1 Sumber Benih Benih yang baik selayaknya diperoleh dari sumber benih yang sudah diidentifikasi sejarah genetis, sebaran asal mapun kesesuaian tempat tumbuhnya. Hasil penelitian Pramono et al. 2008 menyatakan bahwa di Jawa Barat masih sedikit ditemukan tegakan mindi yang memiliki potensi untuk dijadikan sumber benih yang layak untuk disertifikasi. Namun demikian, berdasarkan zonasi ketinggian tempat, beberapa daerah dapat direkomendasikan sebagai berpotensi untuk dikembangkan menjadi areal sumber benih hutan rakyat. Daerah tersebut diantaranya Kecamatan Cigugur – Kab. Ciamis, Kec. Wanayasa – Kab. Purwakarta, Kec. Megamendung dan Sukaraja – Kab. Bogor, Kec. Cimalaka – Kab. Sumedang, Kec. Babakan Rema - Kab. Kuningan, Kec. Ciwidey – Kab. Bandung. Secara genetis, keragaman populasi tanaman mindi di hutan rakyat tersebut dikatagorikan sedang yaitu antara 0,16-0,19 Yulianti 2011, dengan penampakan fenotipe batang dan tajuk yang memperlihatkan pertumbuhan tegakan yang baik.

2.5.2 Produksi Benih

Produksi buahbenih mindi berkisar antara 15 -20 kg pohon Nurhasybi dan Danu 1997 dengan ratio bunga menjadi buah hanya berkisar 16,33 Aminah et al. 2008. Sementara itu hasil pengukuran potensi produksi buah mindi pada bulan Februari dan April 2009 di beberapa lokasi di Jawa Barat menghasilkan rata-rata dari 20 pohon yang diunduh setiap lokasi 5 lokasi adalah berkisar antara 1,58 kg sampai 5,83 kgpohon Syamsuwida 2009, tidak dipublikasi. Produksi ini menunjukkan nilai yang lebih rendah dibandingkan dengan produksi buah yang diukur pada tahun 1997 Nurhasybi dan Danu 1997. Penurunan produksi buah dapat disebabkan banyak faktor diantaranya faktor lingkungan. Jumlah buah per kg rata-rata sebanyak 2.624 buah data pengukuran April 2009 di tiga lokasi. Di Jawa Barat masa pembungaan serentak umumnya terjadi bulan Juli – September dan buah masak pada bulan Januari – Maret. Tanaman mindi mengalami masa pembuangan pertama ketika berumur 3 – 4 tahun pada kondisi tapak yang subur dengan drainase yang baik. Periode pembungaan dan pembuahan sekitar 6 – 7 bulan Aminah et al. 2008, namun waktu terjadinya inisiasi pembungaan belum diketahui dengan tepat. Diduga inisiasi bunga terjadi pada periode yang cukup panjang setiap tahunnya 2 bulan, karena sering dijumpai dalam satu musim yang sama pada satu populasi, beberapa pohon mengalami pembungaan, pembuahan dan tunas muda secara bersamaan. Tanaman mindi telah diketahui sebagai tanaman berbunga hermaprodit dengan posisi antera dan stigma yang berdekatan, sehingga memungkinkan terjadinya penyerbukan sendiri. Namun belum diketahui apakah terjadi inkompatibilitas antara polen dengan stigma dari bunga yang sama yang menyebabkan penyerbukan sendiri tidak terjadi. Hasil pengamatan pendahuluan yang dilakukan secara sampling terhadap beberapa pohon mindi di Wanayasa – Purwakarta, menunjukkan bahwa keberhasilan reproduksi KR mencapai 11,5 Syamsuwida, tidak dipublikasi. Nilai ini mengisyaratkan cukup rendahnya potensi reproduksi hasil perkawinan yang terjadi pada saat musim panen bulan Februari 2009. Hasil pengukuran potensi produksi buah memperlihatkan nilai yang sangat rendah pula yaitu berkisar antar 1,58 – 5,83 kgpohon, karena menurut laporan Nurhasybi dan Danu 1997 rata-rata produksi buah mindi di Bogor per pohon adalah 15 – 20