Induksi Embrio Somatik Sekunder Coffea arabica L.

77 Gambar 26. Tahapan aklimatisasi kopi Arabika hasil embriogenesis somatik A Planlet disungkup untuk menjaga kelembaban B Setelah cukup kuat beradaptasi sungkup dibuka C Kopi Arabika siap untuk ditanam ke lapangan. D. Proses pengsungkupan E. Keragaan benih kopi Arabika 4 bulan setelah aklimatisasi. Pertambahan tinggi tanaman, jumlah daun dan buku pada 3 bulan setelah aklimatisasi belum menunjukkan perbedaan yang nyata dari ketiga varietas yang diuji Tabel 16, 17, dan 18. Perbedaan yang nyata terlihat hanya berasal dari perlakuan media tumbuh. Dari keempat perlakuan yang diuji, selain perlakuan TAS, tiga perlakuan yaitu TPAS, TPK dan TPS tidak menunjukan perbedaan nyata untuk parameter tinggi tanaman jumlah daun dan buku. Penggunaan tanah yang dikombinasikan dengan pasir, pupuk arang sekam dan pupuk kandang ternyata dapat mendukung pertumbuhan bibit kopi Arabika. Pupuk kandang juga dilaporkan mengandung beberapa senyawa penting sehingga sangat membantu dalam penyediaan unsur hara makro dan mikro yang dibutuhkan tanaman kopi. Keragaan aklimatisasi kopi Arabika dapat dilihat pada Gambar 26. 4. Deteksi Dini Variasi Somaklonal Coffea arabika L. Isolasi sampel daun kopi Arabika dalam menghasilkan DNA dengan kualitas cukup baik diperkirakan mempunyai kuantitas sekitar 100 ng. Kualitas dan kuantitas DNA yang tinggi diharapkan akan menjamin keberhasilan dalam hasil proses PCR. Pada tahap awal skrining primer, beberapa primer yang diruning di gel acrilamide tidak menghasilkan produk amplifikasi yang jelas. Dari hasil skrining dipilih 10 primer SSR dari sepuluh lokus dengan 9 kromosom berbeda. Pemilihan primer dilakukan hanya berdasarkan produk amplikon yang jelas, sehingga dapat digunakan untuk analisis pada tahap berikutnya. Primer yang digunakan dalam penelitian ini dapat dilihat pada Tabel 19. 78 Tabel 19. Daftar primer SSR dan lingkage group yang digunakan dalam mendeteksi variasi somaklonal kopi Arabika Primer Sekuen Lingkage group Produk bp ssrR105 F-CACCAATTCCACTGACAATG R-TCCCTGCCAACACACTTC E 187-222 ssrR209 F-CGGGGGTAAAAAGATTGTAA R-TTGGTGGGAGGGGAGTA D 161-173 ssrR268 F-GTATCCCACAATGAAATCAC R-AGTAGAATTTTCAACATATAAG G 131-147 ssrA8847 F-GCACACATGAAAAAGATGCT R-GATGGACAGGAGTTGATGG K 159-192 ssrCMA008 F-CATTCTGGTCCTGATGCTCT R-TCATTCACTTATTAACGTCCATC C 106-128 ssrCMA059 F-GATGGACAGGAGTTGATGGT R-TTTTAACACTCATTTTGCCAAT K 129-165 ssrCMA198 F-AGCAACTCCAGTCCTCAGGT R-TGGAAGCCCGCATATAGTTT L 195-236 SSR119699 F-GCCGTGGTGGAAGATGTACT R-CGAGTTCACCAAGAACGTCA A 89-110 SSR123557 F-ATCTCCTCGTTCTTCCCCAT R-GCTTGTAGCAGGCAGGAAAC B 206-270 ssrR175 F-GCAGTGACGCAGCAATG R-AAAAGGAGAGCCAAAGCAGT F 214-217 Keterangan. Referensi Primer yang digunakan Teressa et al. 2010 Hasil visualisasi sampel DNA yang diruning pada gel acrylamid memperlihatkan adanya pola pita yang cukup jelas. Pola pita tersebut merupakan hasil perpasangan antara nukleotida primer dengan nukleotida tanaman, dimana jumlah dan intensitasnya sangat tergantung pada kemampuan primer untuk mengenali urutan DNA komplementernya Karsinah 2002. Hasil karakterisasi molekuler dengan penanda SSR dari ke 500 sampel kopi Arabika varietas AS2K yang diuji dari perlakuan terbaik 2,4-D 4.52 dan 2-iP 19.72 µM menunjukkan tidak ditemukan polimorfisme dari pola pita DNA yang dihasilkan, baik terhadap sesama perlakuan maupun jika dibandingkan dengan tanaman bukan hasil kultur jaringan yang dalam hal ini dijadikan kontrol Gambar 27. Hasil ini mengindikasikan bahwa variasi somaklonal tidak terjadi pada perlakuan sampel yang diuji. Kekhawatiran adanya variasi somaklonal pada perlakuan yang diuji tidak terbukti, sehingga media induksi kalus dengan perlakuan 2,4-D 4.52 dan 2-iP 19.72 µM dapat digunakan dalam perbanyakan kopi Arabika. Hasil ini berbeda dengan penelitian terdahulu menyatakan bahwa frekwensi variasi somaklonal pada kopi bervariasi antara 2 hingga 10 Gatica-Arias et al. 2008. Perbedaan ini disebabkan karena frekwensi terjadinya somaklonal dipengaruhi oleh genotipe tanaman, sumber eksplan, umur kultur, jenis dan konsentrasi zat pengatur tumbuh yang digunakan, level ploidi dan jumlah kromosom tanaman yang digunakan Etienne Bertrand 2003. 79 Gambar 27. Hasil amplifikasi sebagian DNA kopi Arabika varietas AS2K hasil embriogenesis somatik pada 10 primer yang diuji. A. Primer ssrR105 dan ssrR209. B. Primer ssrCMA059 dan Primer ssrR175. C. Primer ssrCMA008 dan Primer ssrR268. D. Primer ssrA8847 dan Primer SSR119699. E. Primer ssrCMA198 dan Primer SSR119699. Keterangan : L= Lader 100 bp; angka = nomor sampel yang diuji; T1=dan T2 tanaman sumber eksplan per masing-masing primer yang digunakan. A= Hasil amplifikasi primer yang pertama dari masing- masing gambar. B= Hasil amplifikasi primer yang pertama dari masing-masing gambar. A B C D E