UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
standar marker protein standar dari BioRad. Perhitungan dilakukan dengan mengukur jarak tracking dari stacking gel sampai separating gel a dan
mengukur jarak tracking dari stacking gel ke masing-masing pita protein yang terbentuk b, kemudian ditentukkan nilai retardation factor Rf
dengan cara membagi jarak masing-masing pita dengan jarak tracking total ba
selanjutnya dihitung nilai log BM dari masing-masing BM pita marker protein. BM pita sampel dan dimulasi dihotung menggunakan persamaan
linear {Y = a + bX} dimana nila Rf sebagai sumbu X dan log BM sebagai sumbu Y. Kemudian nilai Rf dimasukkan dalam persamaan regresi linear
dengan rumus y = a + bx Mahasri, 2010.
45 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB IV HASIL DAN PEMAHASAN
4.1 Analisa Profil Protein dengan SDS PAGE
Protein dibentuk dari susunan asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida.
Gambar 12. Pembentukan ikatan peptida
Ikatan peptida terbentuk oleh asam amino yang berikatan dengan asam amino lainnya. Atom H dari gugus amina berikatan dengan atom OH dari
gugus hidroksil menghasilkan air. Enzim pepsin sebagai biokatalisator akan mengkatalis pemotongan
ikatan peptida tersebut. Pepsin akan memecah molekul protein menjadi polipeptida yang lebih kecil dengan memutus ikatan peptida yang ada pada
sisi NH
2
bebas dari asam-asam amino aromatik fenilalanin, tirosin dan triptofan, hidrofobik Leusin, isoleusin dan metionin, atau dikarboksilat
glutamat dan aspartat. Kondisi lingkungan kerja enzim dibuat sedemikian dengan tujuan mendapatkan kinerja optimal dari enzim
tersebut. Analisa profil protein dilakukan menggunakan SDS-PAGE
Sodium Dodecyl Sulphate Poly Acrylamide Gel Electrophoresis berdasarkan pemisahan protein yang telah dihidrolisis pada kondisi pH 4,5
dan temperatur 60°C selama 1 jam. Metode ini akan memisahkan protein sesuai
dengan berat
molekulnya. Metode
elektroforesis tidak
