Medium Penyangga Faktor – Faktor Yang Mempengaruhi Elektroforesis

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Gambar 7. Skema Alur Elektroforesis Sumber: Bintang, 2010 Sodium Dodecyl Sulfate SDS adalah deterjen yang mampu menghambat interaksi hidrofobik antar molekul serta melarutkan molekul yang hidrofobik tersebut. Sodium Dodecyl Sulfate SDS berfungsi untuk mendenaturasi protein dalam bentuk protein kompleks kuarterner, tersier, dan sekunder menjadi bentuk yang lebih sederhana primer atau linear. Sodium Dodecyl Sulfate SDS juga mengubah seluruh muatan protein menjadi negatif Seidman Moore, 2002: 583. Hal ini seperti terlihat pada Gambar 8. Gambar 8. Konformasi protein sebelum dan setelah penambahan SDS Sumber: Davidson, 2001 Menurut Dunn 1989, protein yang terdenaturasi sempurna akan mengikat SDS dalam jumlah yang setara dengan berat molekul protein tersebut. Elektroforesis gel SDS dilakukan pada pH sekitar netral dengan adanya β-merkaptoetanol untuk mereduksi semua ikatan disulfida dalam rantai yang ada pada protein menjadi gugus sulfihidril. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Gambar 9. Efek penambahan SDS dan merkaptoetanol pada protein Sumber: Davidson, 2001 Elektroforesis dapat digunakan untuk keperluan preparatif, selain bersifat analitik, bentuknya ada yang bersifat kolom, ada pula yang lempengan. Pada elektroforesis gel, molekul dipisahkan di dalam larutan buffer melalui suatu polimer matriks gel. Berbagai jenis gel telah dimanfaatkan oleh teknik ini. Diantaranya oleh gel pati, agarosa dan sekarang ini para ilmuwan cenderung mempergunakan jenis poliakrilamida. Akrilamida sebagai senyawa utama yang menyusun gel adalah merupakan senyawa karsinogenik Bintang, 2010. Polimer ini disusun oleh akrilamida dan N- N’-metil-en-bis- akrilamida yang berpolimerisasi dengan bantuan suatu katalisatorsistem radikal bebas, seperti ammonium persulfat APS dan katalisator N,N,N’,N’, tetrametilen diamin TEMED. Ammonium persulfat berfungsi sebagai inisiator yang mengaktifkan akrilamida agar bereaksi dengan molekul akrilamida yang lainnya membentuk rantai polimer yang panjang. Apabila APS dilarutkan ke dalam air maka akan membentuk radikal bebas: