hubungan  keduanya  menjadi  empat  yaitu  konflik,  independen,  dialog  dan integrasi.
a. Konflik
Konflik berarti agama dan ilmu pada posisi yang bertentangan. Abad pertengahan  memberikan  gambaran  tentang  hal  ini,  yaitu  penemuan  ilmiah
bertentang dengan  pendapat  gereja  pada  saat  itu,  sehingga  seseorang  harus memilih  untuk  menjadi  orang  yang  beriman  dengan  menolak  kebenaran
ilmiah atau menerima pendapat ilmiah dengan konsekuensi dianggap kafir.
b. Independen
Independen,  agama  dan  ilmu  adalah  dua  domain  yang  dapat  hidup
bersama sepanjang mempertahankan “jarak aman” satu sama lain. Dinyatakan
bahwa  ilmu  dan  agama    mempunyai  bahasa  sendiri  karena  melayani  fungsi yang  berbeda  dalam  kehidupan  manusia.  Ilmu  menelusuri  cara  kerja  benda-
benda  dan  berurusan  dengan  fakta  objektif,  sedangkan  agama  berurusan dengan  nilai  dan  makna  tertinggi.  Versi  yang  lain  adalah  bahwa  dua  jenis
penyelidikan  ini  menawarkan  dua  perspektif  yang  saling  melengkapi  dan bukan  saling  meruntuhkan.  Keduanya dapat  ditempatkan  secara  terpisah
dalam kehidupan manusia.
c. Dialog
Dialog,  yaitu  membandingkan  metode  kedua  bidang  ini  yang  dapat menunjukkan  kemiripan  dan  perbedaan.  Dialog  dapat  terjadi  ketika  ilmu
menyentuh  persoalan  di  luar  wilayahnya  sendiri.  Misal dengan  menanyakan mengapa  alam  semesta  serba  teratur  dan  dapat  dipahami.  Dalam  banyak  hal
agama perlu meminjam berbagai metode yang dikembangkan ilmu untk lebih memantapkan  keyakinan  agama,  demikian  pula  ilmu  perlu  nilai-nilai  agama
agar perkembangan ilmu tidak justru menjatuhkan martabat manusia.
d. Integrasi
Dalam  natural  teologi  telah  dikenal  tradisi  panjang  seputar  bukti ilmiah  keberadaan  Tuhan.  Belakangan  ini  para  astronom  berargumen  bahwa
tetapan  fisika  di  alam  semesta  ini  tampak  di  rancang sedemikian  cermat. Seandainya  setelah  big  bang  laju  ekspansi  alam  semesta  satu  detik  lebih
lambat maka alam semesta akan mengalami kehancuran sebelum unsur-unsur kimia  yang  dibutuhkan  bagi  kehidupan  terbentuk,  demikian  pula  sebaliknya
apabila  laju  ekspansi  itu  sedikit  lebih  cepat,  maka  evolusi  kehidupan  tidak akan terjadi Zamahsyari Dhofier: 2011.
Ini semua berarti bahwa meskipun teori evolusi paling tidak saat ini dalam  pendekatan  keilmuan  adalah  yang  paling  memadai  untuk  menjawab
persoalan  misteri  kehidupan  makhluk  hidup,  namun  ternyata  ada  hal  yang harus  diakui  bahwa  tidak  mungkin  itu  semua  terjadi  sebagai  suatu  peristiwa
yang hanya kebetulan saja, ada “sesuatu” yang menjadikan itu semua terjadi,
itulah Tuhan. Problem-problem dunia modern era globalisasi inilah yang menjadi
tantangan  besar  bagi  umat  Islam  untuk  menjadi  problem  solver  dan  tidak justru  menjadi  bagian  dari  problem  itu  sendiri.  Islam  diturunkan  ke  muka
bumi adalah sebagai hudan li al-naas, petunjuk bagi umat manusia. Petunjuk ini akan hanya sebagai petunjuk kalau tidak dikaji dan diterjemahkan dalam
kehidupan  konkrit  sehari-hari. Sebagai  petunjuk  kehidupan  tentunya  Al-
Qur’an  mengandung  nilai
-nilai  yang  dapat  dijabarkan  dalam  setiap  bidang kehidupan.  Kesempurnaan  Islam  sebagaimana  disebutkan dalam  surat  Al-
Maidah  ayat  3  yang  artinya:  “Pada  hari  ini  telah  Aku  sempurnakan  Islam sebagai  agama  kalian  …”.  Tidak  dapat  diartikan  bahwa  Al
-
Qur’an  sudah
berhenti  karena  kesempurnaan  Al-
Qur’an  ini  seluruh  persoalan  kehidupan
dapat  dicari  rujukannya  dengan  selalu  menggali  makna  dan  nilai-nilai  yang ada di dalamnya secara terus-menerus.
4. Bidang Manajemen
Bagi  pesantren  yang  sudah  masuk  kategori  pesantren  modern  dalam arti  pesantren  yang  sudah  memiliki  lembaga  pendidikan  formal  dari  tingkat
Madrasah  Ibt
ida’iyah,  Madrasah  Tsanawiyah,  Madrasah  Aliyah  maupun
Perguruan  Tinggi,  mestinya  manajemen  pengelolaan  dan  pengembangan lembaga pendidikan pesantren sudah menggunakan manajemen yang modern.
Yakni setidaknya sebuah  pesantren tersebut  sudah memiliki visi
–
misi dan startegi  tradisi  yang  dirumuskan  secara  jelas,  dan  memiliki  aturan  dasar