hubungan keduanya menjadi empat yaitu konflik, independen, dialog dan integrasi.
a. Konflik
Konflik berarti agama dan ilmu pada posisi yang bertentangan. Abad pertengahan memberikan gambaran tentang hal ini, yaitu penemuan ilmiah
bertentang dengan pendapat gereja pada saat itu, sehingga seseorang harus memilih untuk menjadi orang yang beriman dengan menolak kebenaran
ilmiah atau menerima pendapat ilmiah dengan konsekuensi dianggap kafir.
b. Independen
Independen, agama dan ilmu adalah dua domain yang dapat hidup
bersama sepanjang mempertahankan “jarak aman” satu sama lain. Dinyatakan
bahwa ilmu dan agama mempunyai bahasa sendiri karena melayani fungsi yang berbeda dalam kehidupan manusia. Ilmu menelusuri cara kerja benda-
benda dan berurusan dengan fakta objektif, sedangkan agama berurusan dengan nilai dan makna tertinggi. Versi yang lain adalah bahwa dua jenis
penyelidikan ini menawarkan dua perspektif yang saling melengkapi dan bukan saling meruntuhkan. Keduanya dapat ditempatkan secara terpisah
dalam kehidupan manusia.
c. Dialog
Dialog, yaitu membandingkan metode kedua bidang ini yang dapat menunjukkan kemiripan dan perbedaan. Dialog dapat terjadi ketika ilmu
menyentuh persoalan di luar wilayahnya sendiri. Misal dengan menanyakan mengapa alam semesta serba teratur dan dapat dipahami. Dalam banyak hal
agama perlu meminjam berbagai metode yang dikembangkan ilmu untk lebih memantapkan keyakinan agama, demikian pula ilmu perlu nilai-nilai agama
agar perkembangan ilmu tidak justru menjatuhkan martabat manusia.
d. Integrasi
Dalam natural teologi telah dikenal tradisi panjang seputar bukti ilmiah keberadaan Tuhan. Belakangan ini para astronom berargumen bahwa
tetapan fisika di alam semesta ini tampak di rancang sedemikian cermat. Seandainya setelah big bang laju ekspansi alam semesta satu detik lebih
lambat maka alam semesta akan mengalami kehancuran sebelum unsur-unsur kimia yang dibutuhkan bagi kehidupan terbentuk, demikian pula sebaliknya
apabila laju ekspansi itu sedikit lebih cepat, maka evolusi kehidupan tidak akan terjadi Zamahsyari Dhofier: 2011.
Ini semua berarti bahwa meskipun teori evolusi paling tidak saat ini dalam pendekatan keilmuan adalah yang paling memadai untuk menjawab
persoalan misteri kehidupan makhluk hidup, namun ternyata ada hal yang harus diakui bahwa tidak mungkin itu semua terjadi sebagai suatu peristiwa
yang hanya kebetulan saja, ada “sesuatu” yang menjadikan itu semua terjadi,
itulah Tuhan. Problem-problem dunia modern era globalisasi inilah yang menjadi
tantangan besar bagi umat Islam untuk menjadi problem solver dan tidak justru menjadi bagian dari problem itu sendiri. Islam diturunkan ke muka
bumi adalah sebagai hudan li al-naas, petunjuk bagi umat manusia. Petunjuk ini akan hanya sebagai petunjuk kalau tidak dikaji dan diterjemahkan dalam
kehidupan konkrit sehari-hari. Sebagai petunjuk kehidupan tentunya Al-
Qur’an mengandung nilai
-nilai yang dapat dijabarkan dalam setiap bidang kehidupan. Kesempurnaan Islam sebagaimana disebutkan dalam surat Al-
Maidah ayat 3 yang artinya: “Pada hari ini telah Aku sempurnakan Islam sebagai agama kalian …”. Tidak dapat diartikan bahwa Al
-
Qur’an sudah
berhenti karena kesempurnaan Al-
Qur’an ini seluruh persoalan kehidupan
dapat dicari rujukannya dengan selalu menggali makna dan nilai-nilai yang ada di dalamnya secara terus-menerus.
4. Bidang Manajemen
Bagi pesantren yang sudah masuk kategori pesantren modern dalam arti pesantren yang sudah memiliki lembaga pendidikan formal dari tingkat
Madrasah Ibt
ida’iyah, Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah maupun
Perguruan Tinggi, mestinya manajemen pengelolaan dan pengembangan lembaga pendidikan pesantren sudah menggunakan manajemen yang modern.
Yakni setidaknya sebuah pesantren tersebut sudah memiliki visi
–
misi dan startegi tradisi yang dirumuskan secara jelas, dan memiliki aturan dasar