45
4.3.5 Keragaman genetik dan perbedaan antar populasi
Total jumlah allel SSR yang diperoleh sebanyak 105 alel dari total 16 lokus yang digunakan Tabel 16. Jumlah allel per lokus bervariasi mulai dari 3
mEgCIR0802 hingga 9 mEgCIR2813. Rata-rata jumlah allel per lokus cukup tinggi yaitu sebanyak 6.56 allel.
Hasil observed heterozygosity Hobs berada pada kisaran 0.051-
0.952
, sedangkan expectedheterozigosityHexp pada kisaran 0.05- 0.805 Tabel 16.
Nilai Hobs yang lebih besar daripada Hexp menunjukkan bahwa lokus tersebut memiliki tingkat heterozigositas yang tinggi. Sebaliknya, jika Hexp lebih besar
dari Hobs, maka lokus tersebut memiliki tingkat heterozigositas yang rendah Govindaraj et al. 2015. Berdasarkan hal tersebut, 12 marka SSR memiliki
tingkat heterozigositas alel yang tinggi. Enam belas Marka Mikrosatelit yang digunakan menghasilkan nilai rata-rata Polymorphic Information Content PIC
sebesar 0.616 Tabel 3. Nilai PIC terendah terdapat pada lokus mEgCIR0353dan mEgCIR0173, yaitu masing-masing sebesar 0.049 dan 0.149 secara berurutan.
Sedangkan PIC tertinggi terdapat pada lokus mEgCIR0038 sebesar 0.774. Namun demikian, dari 16 lokus yang digunakan, 14 lokus memiliki PIC diatas 0.5.
Berdasarkan Okoye et al.2016, nilai PIC lebih dari 0.7 menunjukkan bila marka yang digunakan sangat informatif. Sedangkan PIC 0.4 menunjukkan kalau marka
informatif moderat. Hal tersebut juga sejalan dengan yang dinyatakan oleh Sajib et al. 2012, yang menyatakan bahwa semakin tinggi nilai PIC yang diperoleh
akan semakin informatif primer tersebut didalam membedakan individu didalam populasi maupun antar populasi. Berdasarkan hal tersebut, maka 14lokus yang
digunakan dalam penelitian ini sangat informatif didalam mendeteksi polimorfisme DNA terhadap populasi yang diuji. Pada penelitian ini, sebagian
besar nilai F Null pada seluruh lokus bersifat negatif kecuali pada lokus mEgCIR3886 0.2246 dan mEgCIR3292 0.013. Nilai F Null negatif
mengidentifikasikan tidak munculnya alel nol Nei dan Chesser, 1983.
Untuk melihat tingkat perbedaan genetik yang dimiliki antar populasi, kita dapat melihat dari hasil analisis AMOVA Analisis ragam molekular. Beberapa
indikator keragaman antara lain Fstyaitu proposi total keragaman genetik dalam suatu sub populasi relatif terhadap total ragam genetik. Nilai Fst diklasifikasikan
menjadi 3 yaitu 1. Perbedaan rendah 0.00-0.05; 2. Perbedaan moderat 0.05 – 0.15; 3. Level perbedaan genetik tinggi Fst 0.15 Sethuraman, 2013.
Berdasarkan hal tersebut, dapat diketahui bahwa 4 populasi yang diuji memiliki perbedaan genetik yang cukup tinggi FST=0.239. Selain itu juga diidentifikasi
jumlah migran yang rendah yaitu Nm=0.604 Table 17.
46 Tabel 16. Tingkat heterozigositas dan nilai Polymorphic Information Content
PIC pada setiap Lokus yang melibatkan induk Dura menunjukkan primer yang digunakan memiliki tingkat PIC yang cukup tinggi rerata 0.616
Locus k
N HObs
HExp PIC
FNull
mEgCIR0353 3
99 0.051
0.05 0.049
-0.0051 mEgCIR3362
8 103
0.893 0.799
0.767 -0.0695
mEgCIR3886 6
103 0.456
0.732 0.689
0.2246 mEgCIR3543
8 102
0.794 0.71
0.666 -0.0762
mEgCIR0038 9
144 0.875
0.805 0.774
-0.0483 mEgCIR0886
7 146
0.87 0.761
0.719 -0.0821
mEgCIR2414 6
145 0.91
0.756 0.711
-0.1017 mEgCIR3282
7 147
0.864 0.737
0.691 -0.099
mEgCIR0173 4
144 0.167
0.156 0.149
-0.0349 mEgCIR3292
8 141
0.766 0.791
0.756 0.013
mEgCIR3785 8
126 0.96
0.769 0.732
-0.1275 mEgCIR2813
5 141
0.837 0.633
0.563 -0.1486
mEgCIR3533 5
142 0.521
0.62 0.546
0.0623 mCnCIR9894
8 146
0.952 0.748
0.702 -0.1269
mEgCIR0802 8
144 0.813
0.746 0.705
-0.0568 mEgCIR3546
5 145
0.924 0.695
0.643 -0.1638
Total
105
Rataan 0.728
0.657 0.616
k : Jumlah allel per lokus, Hobs: Nilai observasi heterozigositas, Hexp: Nilai ekspektasi
heterozigositas, PIC : Polymorphic Information Content, HW : tingkat deviasi equilibrium Hardy- Weinberg : NS = Tidak signifikan, = Signifikan pada level 5, = Signifikan pada level 1,
= signifikan pada 0.1, F Null: Estimasi frekuensi allel nol
Tabel 17. Tabel AMOVA Analisis Ragam Molekular
Source df
SS MS
Est. Var. Among Pops
3 269.035
89.678 1.346
19
Among Indiv 143
412.899 2.887
0.000
Within Indiv 147
838.532 5.704
5.704 81
Total 293
1520.466 7.051
100
F-Statistics Value
Prand = data Fst
0.239 0.010
Fis -0.328
1.000
Fit -0.011
0.660
Nm 0.604
Kategori