42 Beberapa lokus menunjukkan bahwa perkiraan jumlah alel lokus
-1
tidak sesuai dengan rasio segregasi model frekuensi alel berdasarkan genetika Mendel Tabel
4 .
4.3.2 Kebenaran Tetua
Untuk memvalidasi terjadinya ilegitimasi dalam suatu populasi, data genotipe dianalisis menggunakan software COLONY. Berdasarkan hasil analisis
COLONY, diketahui bahwa populasi yang dianalisis B57 dan C22 tidak teridentifikasi adanya illegitimasi dalam persilangannya Gambar 10. Namun
pada populasi Dura, perpasangan antar tetua terlihat acak. Diduga hal tersebut disebabkan oleh jarak genetik yang terlalu dekat satu sama lain pada populasi
Dura sebagaimana yang diutarakan Cochard et al. 2009; Thongthawee et al. 2010a; Ting et al. 2010 dan Wafiqah et al., 2014.
Gambar 10. Kontruksi pedigree dari COLONY. Identitas ID tetua pad bagian atas dan ID keturunannya pada bagian bwah. Garis merah menunjukkan tetua
jantan dan garis kuning menunjukkan tetua betina
4.3.3 Keragaman Alel dan Nilai Polimorfisme Lokus
Enam belas marka SSR yang dievaluasi menunjukkan 100 bersifat polimorfik terhadap populasi A125, A140, B57 dan C22. . Untuk populasi A125
dan C22, persentase lokus polimorfik sebesar 94. Sedangkan untuk populasi B57, persentase lokus yang polimorfik sebesar 88.. Rata-rata nilai persentasi
lokus polimorfik untuk seluruh populasi sebesar 94. Pada seluruh populasi, nilai rata-rata polymophic information content PIC tertinggi terdapat pada lokus
B57 C22
A140 A125
43 mCnCIR0038 LG 13 yaitu sebesar 0.774. Sedangkan nilai PIC terendah pada
seluruh populasi terdapat pada lokus mEgCIR0353 LG 16 dan mEgCIR0173 LG 3 yaitu sebesar 0.049 dan 0.149 secara berurutan. Pada populasi Dura, nilai
PIC tertinggi terdapat pada lokus mEgCIR0886 LG yaitu sebesar 0.71. Sedangkan nilai PIC terendah terdapat pada mEgCIR0353 LG16 yaitu sebesar
0.107. Pada populasi B57, nilai PIC tertinggi hanya 0.57 dan terendah 0.25. Dan pada populasi C22, nilai PIC tertinggi sebesar 0.696 dan nilai terendah 0.116.
Berdasarkan Okoye et al.2016, nilai PIC lebih dari 0.7 menunjukkan bila marka yang digunakan sangat informatif. Sedangkan PIC 0.4 menunjukkan kalau
marka informatif moderat. Hal tersebut juga sejalan dengan yang dinyatakan oleh Sajib et al. 2012, yang menyatakan bahwa semakin tinggi nilai PIC yang
diperoleh akan semakin informatif primer tersebut didalam membedakan individu didalam populasi maupun antar populasi. Berdasarkan nilai PIC yang diperoleh
pada setiap populasi yang dianalisis, terlihat bahwa nilai rataan PIC yang diperoleh terhadap masing-masing populasi masih sangat rendah. Namun nilai
PIC pada seluruh populasi masih cukup informatif terlihat dari nilai rataan PIC untuk seluruh populasi yang masih cukup tinggi yaitu 0.62. Hanya marka
mEgCIR0173dan mEgCIR0353 yang memiliki nilai PIC dibawah 0.5 yaitu secara berurutan 0.149 dan 0.049. Nilai PIC pada 14 marka SSR lainnya diatas 0.5 yaitu
pada kisaran 0.546 - 0.774 Tabel 14. Berdasarkan hal tersebut, 14 marka SSR yang digunakan dalam penelitian ini cukup informatif di dalam membedakan
individu dalam populasi yang diuji.
4.3.4 Frekuensi Alel antar populasi
Berdasarkan tabel 15, pada seluruh populasi hanya 1 sampai alel 3 1.45 sampai 4.62 yang digrupkan dalam frekuensi alel tinggi dan 0 sampai 1 alel 0
sampai 1.54 masuk dalam grup langka. Mayoritas alel berada pada grup frekuensi alel rendah 39.58 sampai 62.16 maupun grup frekuensi alel menengah
33.85 sampai 56.25. Populasi C22 merupakan populasi dengan frekuensi alel menengah yang tertinggi 56.25, sedangkan populasi A127 merupakan
populasi pada grup frekuensi alel rendah dengan persentase tertinggi 62.16.
Alel langka banyak terjadi di populasi B01, yaitu 16 alel 24.62 pada P0.05. Sedangkan populasi C22 memiliki alel langka paling sedikit , yaitu 5 alel
10.42. Alel langka dilaporkan memiliki hubungan dengan kemampuan tanaman dalam beradaptasi terhadap kondisi stress akibat abiotik maupun biotik
Rajora et al. 2000. Alel langka ini diduga lebih dipengaruhi oleh seleksi alam dibandingkan terjadinya hanyutan genetik genetic drift Arias et al. 2012.
