Discussions Analisis Kebenaran Tetua Dan Keragaman Genetik Populasi Kelapa Sawit (Elaeis Guineensis Jacq) Asal Kamerun Menggunakan Marka Ssr (Simple Sequence Repeat)
35 T crosses of oil palm populations were clustered into three different distinct
groups. On the other hand, D self populations were clustered into four groups and each group comprised of a mixture of individual members of at least two different
populations. Excluding the possibilities of some illegitimate individual existences, all of the three T x T could potentially be used as male parents for producing
future oil palm hybrid varieties since they have a wide genetic distance than that of the D Self populations. Moreover, as the selected female parents, the Dura
types of oil palms should not be grouped based on the family names but rather be based on results of the clustering analysis using SSR marker data. Results of this
study would be helpful for designing crosses among T x T and Dura Self parents for future oil palm breeding and selection programs in Indonesia.
36
4 ANALISIS KERAGAMAN GENETIK DAN KEBENARAN
TETUA POPULASI DURAD x D A125 DAN A140, POPULASI TENERA TX T B57 DAN PERSILANGAN
DURADELI X LA ME X SP 540T
Abstrak
Penelitian untuk melihat keragamanan genetik antar populasi dan kebenaran tetua dari 4 populasi Dura D x D, tenera T x T, dan hasil persilangan D x T
telah dilakukan . Penelitian ini penting dilakukan karena keberhasilan dari suatu program pemuliaan sangat tergantung pada seberapa besar keragaman genetik
yang dimilikinya. Selain itu, dibutuhkan tetua-tetua yang secara genetik legitim. Penggunaan tetua-tetua yang secara genetik ilegitim akan menyebabkan
kegagalan dalam program pemuliaan.
Genotyping telah dilakukan menggunakan 16 marka SSR. Isolasi DNA dan amplifikasi PCR untuk semua lokus dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi,
PT. Astra Agro Lestari Tbk. Data genotipe dianalisis menggunakan beberapa software untuk menganalisis genetik populasi dan menganalisis keragaman
genetiknya. Berdasarkan hasil analisis tersebut diketahui bahwa dari 16 marka SSR yang digunakan, 14 marka SSR bersifat sangat polimorfis dan informatif.
Hanya dua marka SSR yaitu mEgCIR0173dan mEgCIR0353 yang memiliki nilai PIC yang rendah. Disarankan, kedua marka SSR tersebut tidak digunakan lagi
dalam analisis genetik berikutnya. Hasil Cluster analisis dan juga PCoA menunjukkan bila dari 4 populasi yang diuji, terbentuk 3 grup berdasarkan
kedekatan genetiknya. Populasi dura A125 dan A140 membentuk satu grup tersendiri, sedangkan populasi tenera B 57 T x T dan populasi C22 D xT
membentuk grup yang terpisah. Hal tersebut menunjukkan bila populasi dura memiliki kedekatan genetik yang tinggi satu sama lain. Namun populasi dura
memiliki jarak genetik yang cukup jauh terhadap populasi B57 T x T maupun populasi C 22 D x T. Hasil analisis Structure mengelompokkan 4 populasi yang
diuji menjadi dua grup. Grup 1 terdiri dari populasi dura A125 dan A140 sedangkan grup kedua terdiri dari populasi B57 T x T dan C 22 D x T. Dari
ketiga analisis ini juga diperoleh informasi tingkat kemurnian yang tinggi pada setiap populasi. Tidak ditemukan adanya ilegitimasi dalam tiap populasi yang
diuji. Kata kunci
: keragaman genetik, polimorfik, jarak genetik, populasi, ilegitimasi