Discussions Analisis Kebenaran Tetua Dan Keragaman Genetik Populasi Kelapa Sawit (Elaeis Guineensis Jacq) Asal Kamerun Menggunakan Marka Ssr (Simple Sequence Repeat)

35 T crosses of oil palm populations were clustered into three different distinct groups. On the other hand, D self populations were clustered into four groups and each group comprised of a mixture of individual members of at least two different populations. Excluding the possibilities of some illegitimate individual existences, all of the three T x T could potentially be used as male parents for producing future oil palm hybrid varieties since they have a wide genetic distance than that of the D Self populations. Moreover, as the selected female parents, the Dura types of oil palms should not be grouped based on the family names but rather be based on results of the clustering analysis using SSR marker data. Results of this study would be helpful for designing crosses among T x T and Dura Self parents for future oil palm breeding and selection programs in Indonesia. 36 4 ANALISIS KERAGAMAN GENETIK DAN KEBENARAN TETUA POPULASI DURAD x D A125 DAN A140, POPULASI TENERA TX T B57 DAN PERSILANGAN DURADELI X LA ME X SP 540T Abstrak Penelitian untuk melihat keragamanan genetik antar populasi dan kebenaran tetua dari 4 populasi Dura D x D, tenera T x T, dan hasil persilangan D x T telah dilakukan . Penelitian ini penting dilakukan karena keberhasilan dari suatu program pemuliaan sangat tergantung pada seberapa besar keragaman genetik yang dimilikinya. Selain itu, dibutuhkan tetua-tetua yang secara genetik legitim. Penggunaan tetua-tetua yang secara genetik ilegitim akan menyebabkan kegagalan dalam program pemuliaan. Genotyping telah dilakukan menggunakan 16 marka SSR. Isolasi DNA dan amplifikasi PCR untuk semua lokus dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi, PT. Astra Agro Lestari Tbk. Data genotipe dianalisis menggunakan beberapa software untuk menganalisis genetik populasi dan menganalisis keragaman genetiknya. Berdasarkan hasil analisis tersebut diketahui bahwa dari 16 marka SSR yang digunakan, 14 marka SSR bersifat sangat polimorfis dan informatif. Hanya dua marka SSR yaitu mEgCIR0173dan mEgCIR0353 yang memiliki nilai PIC yang rendah. Disarankan, kedua marka SSR tersebut tidak digunakan lagi dalam analisis genetik berikutnya. Hasil Cluster analisis dan juga PCoA menunjukkan bila dari 4 populasi yang diuji, terbentuk 3 grup berdasarkan kedekatan genetiknya. Populasi dura A125 dan A140 membentuk satu grup tersendiri, sedangkan populasi tenera B 57 T x T dan populasi C22 D xT membentuk grup yang terpisah. Hal tersebut menunjukkan bila populasi dura memiliki kedekatan genetik yang tinggi satu sama lain. Namun populasi dura memiliki jarak genetik yang cukup jauh terhadap populasi B57 T x T maupun populasi C 22 D x T. Hasil analisis Structure mengelompokkan 4 populasi yang diuji menjadi dua grup. Grup 1 terdiri dari populasi dura A125 dan A140 sedangkan grup kedua terdiri dari populasi B57 T x T dan C 22 D x T. Dari ketiga analisis ini juga diperoleh informasi tingkat kemurnian yang tinggi pada setiap populasi. Tidak ditemukan adanya ilegitimasi dalam tiap populasi yang diuji. Kata kunci : keragaman genetik, polimorfik, jarak genetik, populasi, ilegitimasi

4.1 Pendahuluan

Keberhasilan program pemuliaan kelapa sawit ditentukan oleh beberapa faktor antara lain yaitu adanya keberadaan plasma nutfah yang memadai, keragaman genetik yang tinggi, serta tingkat kemurnian dari plasma nutfah yang digunakan Putri et al., 2010. Keberadaan plasma nutfah dan keragaman genetik yang tinggi akan membantu pemulia tanaman di dalam melakukan perbaikan genetik melalui program pemuliaan yang terarah dan berkelanjutan. Namun demikian, dalam program pemuliaan tanaman khususnya tanaman kelapa sawit, seringkali terjadi kesalahan didalam proses persilangannya yang 37 berakibat pada terjadinya illegitimasi benih yang dihasilkan.Illegitimasi merupakan faktor tersembunyi yang memiliki dampak buruk bagi keberhasilan program pemulian tanaman. Illegitimasi pada tanaman kelapa sawit dapat mungkin terjadi pada setiap fase persilangan terkontrol mulai dari isolasi bunga, pelabelan, pemanenan hingga proses penanaman dilapanganHama-Ali et al., 2015. Banyak faktor penyebab terjadinya illegitimasi benih baik secara biologis tanaman, kesalahan manusia, hingga kerusakan penutup sungkup bunga baik disebabkan oleh hewan maupun lingkungan. Akibat terjadinya illegitimasi benih atau kontaminasi benih, bagi program pemuliaan tanaman yaitu akan menyebabkan ketidaktepatan didalam menentukan tetua terbaik bahkan dapat menyebabkan dianulirnya hasil persilangan akibat kontaminasi yang terjadi. Sedangkan untuk produksi benih komersial, tanaman hasil persilangan yang mengalami kontaminasi, akan menyebabkan terjadinya penurunan produksi yang cukup signifikan. Hal tersebut diakibatkan adanya tipe dura didalam pertanaman, yang memiliki karakter produksi rendah karena ketebalan cangkangnya yang tinggi. Identifikasi illegitimasi maupun analisis keragaman genetik secara konvensional membutuhkan waktu yang cukup lama. Identifikasi baru dapat dilakukan pada umur tanaman 3 tahun setelah tanam yaitu pada saat tanaman sudah mengalami fase generatif. Marka molekuler dapat menjadi solusi untuk mempercepat analisis ilegitimasi pada tanaman kelapa sawit selain juga dapat digunakan untuk analisis keragaman genetik dan pemetaan QTL Quantitative Trait LocusHama-Ali et al., 2015. Penggunaaan marka molekular dalam melakukan analisis genetik pada tanaman tahunan seperti coklat, kelapa dan kelapa sawit telah banyak dilakukan. Moose Mumm, 2008; Tornincasa et al., 2010; Zulhermana et al., 2010; Ajambang et al., 2012; Solin et al., 2014; Ajijah et al., 2015; Maskromo et al., 2015. Salah satu metoda marka molekuler yang sangat efektif didalam melakukan analisis genetik adalah marka SSR Simple Sequence Repeat. Billotte et al 2001 telah sukses menggunakan marka SSR di dalam melakukan karakterisasi plasma nutfah dan melakukan penelitian genomik tanaman kelapa sawit. Hal tersebut disebabkan karena marka SSR memiliki tingkat keragaman alel yang tinggi, selain juga marka SSR sangat efektif didalam melakukan studi genetik pada tanaman kelapa sawit, identifikasi plasma nutfah dan pemetaan genetik intra maupun interspesifik. Beberapa alasan mengapa marka SSR cocok untuk studi genetik adalah 1 jumlahnya yang tidak terbatas, dan tersebar merata didalam genome, 2 Memiliki tingkat polimorfisme yang tinggi dan bersifat co-dominant, 3 Metoda yang digunakan relatif mudah dan cepat didalam perbanyakannya menggunakan teknik PCR dan juga relatif mudah dan cepat didalam mengintepretasikan konfigurasi alel, dan 4. Metoda ini relatif mudah diakses oleh laboratorium lainSaghai-Maroof et al., 1994. Marka SSR adalah marka co- dominant. Marka ini dapat membedakan antara tanaman yang memiliki genotipe heterozigot dengan individu tanaman yang bergenotipe homozigot Akkaya et al., 1992; Jones et al., 2010. Penelitian ini bertujuan untuk melihat sejauh mana keragaman genetik yang dimiliki antar tetua dan keturunannya, serta melihat tingkat kemurnian dari persilangan yang dihasilkan berdasarkan kebenaran persilangan antar tetua.