57 Pada tabel 20 juga dapat dilihat sejauh mana jumlah alel lokus
-1
dan frekuensi alel sesuai dengan yang diperkirakan. Sebagian besar jumlah alel lokus
-1
pada setiap populasi sesuai dengan yang diperkirakan. Demikian juga dengan rasio
frekuensi alel. Hanya pada populasi B01 jumlah rasio frekuensi alel lebih banyak pada rasio frekuensi alel tidak layak unfit terhadap jumlah yang diperkirakan.
5.3.2 Kebenaran Tetua
Untuk memvalidasi terjadinya ilegitimasi dalam suatu populasi, data genotipe dianalisis menggunakan software COLONY. Berdasarkan hasil analisis
COLONY, diketahui bahwa populasi yang dianalisis B01 terdapat satu individu yang diduga illegitim Gambar 15. Hal tersebut terlihat dari garis yang tidak
sesuai dengan perkiraan kontruksi tetua. Berdasarkan penelusuran lebih lanjut menggunakan software Pedigree viewer, diketahui individu yang diperkirakan
ilegitim adalah populasi B01 nomor palma 21-4. Untuk selanjutnya, individu tersebut dianulir dan tidak diikut sertakan dalam program pemuliaan berikutnya.
Gambar 15. Kontruksi pedigree dari COLONY. Identitas ID tetua pada bagian atas dan ID keturunannya pada bagian bawah. Garis merah menunjukkan
tetua jantan dan garis kuning menunjukkan tetua betina
5.3.3 Keragaman Alel dan Nilai Polimorfisme Lokus
Enam belas marka SSR yang dievaluasi menunjukkan 100 bersifat polimorfik terhadap populasi A125, A140, B01, B02 dan C72. . Untuk populasi
A125 dan C72, persentase lokus polimorfik sebesar 94. Rata-rata nilai persentasi lokus polimorfik untuk seluruh populasi sebesar 96.87. Pada seluruh
populasi, nilai rata-rata polymophic information content PIC tertinggi terdapat pada lokus mEgCIR3362 LG 11 yaitu sebesar 0.813. Sedangkan nilai PIC
terendah pada seluruh populasi terdapat pada lokus mEgCIR0353 LG 16 dan mEgCIR0173 LG 3 yaitu sebesar 0.407dan 0.458 secara berurutan. Pada
populasi Dura, nilai PIC tertinggi terdapat pada lokus mCnCIR0038 LG 13 yaitu sebesar 0.73. Sedangkan nilai PIC terendah terdapat pada mEgCIR0173 LG3
B01 B02
C72 A140
A125
