50
Gambar 14. Sebaran sampel berdasarkan Principal Coordinat Analisis PCoA menunjukkan bahwa 4 populasi yang dianalisis mengelompok menjadi 4
grup. Grup 1 terdiri dari populasi Dura A140 dan A125 , sedangkan populasi B57TxTP dan C22 DxT membentuk grup yang berbeda.
Populasi C22 membentuk dua grup dengan jarak genetik yang berbeda
4.4 Simpulan
Dari 16 marka SSR yang digunakan, 14 marka SSR sangat informatif didalam membedakan gen dari tiap individu dalam 4 populasi yang diuji. Ke- 14
marka SSR tersebut memiliki nilai PIC yang tinggi sehingga bersifat polimorfis. Seluruh populasi yang diuji memiliki tingkat kemurnian yang tinggi. Hasil
analisis Structure, clustering dan PCoa yang menunjukkan tidak adanya pencampuran individu dalam suatu populasi. Tiap individu dalam setiap populasi
mengelompok berdasarkan populasinya kecuali individu-individu dari populasi dura yang bercampur secara acak. Hal tersebut disebabkan oleh kedekatan genetik
antar individu didalam populasi dura. Hasil analisis ragam molekular menunjukkan keragaman genetik yang dimiliki oleh tiap populasi yang diuji
cukup tinggi. Tingkat inbreeding depression dari tiap populasi juga masih sangat rendah. Sehingga, perbaikan genetik dalam populasi masih mungkin untuk
dilakukan.
51
5 ANALISIS KERAGAMAN GENETIK DAN KEBENARAN
TETUA POPULASI DURA A125 DAN A140 D X DPOPULASI TENERA B01, B02 TX T DAN POPULASI
C72 D X P
Abstrak
Penelitian untuk melihat keragamanan genetik antar populasi dan kebenaran tetua dari 5 populasi Dura D x D, tenera T x T, dan hasil persilangan D x P
telah dilakukan . Penelitian ini penting dilakukan karena keberhasilan dari suatu program pemuliaan sangat tergantung pada seberapa besar keragaman genetik
yang dimilikinya. Selain itu, dibutuhkan tetua-tetua yang secara genetik legitim. Penggunaan tetua-tetua yang secara genetik ilegitim akan menyebabkan
kegagalan dalam program pemuliaan.
Genotiping telah dilakukan menggunakan 16 marka SSR. Isolasi DNA dan amplifikasi PCR untuk semua lokus dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi,
PT. Astra Agro Lestari Tbk. Data genotipe dianalisis menggunakan beberapa software untuk menganalisis genetik populasi dan menganalisis keragaman
genetiknya. Berdasarkan hasil analisis tersebut diketahui bahwa seluruh 16 marka SSR yang digunakan bersifat sangat polimorfik dan informatif. Hal tersebut
terlihat dari nilai PIC dari seluruh marka SSR yang bersifat moderat informatif PIC=0.4 hingga sangat informatif PIC0.7. Hasil analisis Structure
mengelompokkan 4 populasi yang diuji menjadi dua grup. Grup 1 terdiri dari populasi dura A125 dan A140, populasi B01 dan juga populasi C72 yang
dibedakan dengan warna hijau, sedangkan grup kedua terdiri dari populasi B02 yang dibedakan dengan warna merah. Hasil Cluster analisis dan juga PCoA
menunjukkan kecendrungan yang sama dengan hasil analisis Structure. Terlihat bahwa populasi B02 terpisah jauh dengan 4 populasi lainnya. Sedangkan populasi
B01, C72 dan populasi dura A125, A140 memiliki jarak genetik yang dekat. Namun demikian, analisis PCoA tetap mengelompokkan 5 populasi menjadi 4
grup yang berbeda. Populasi dura A125 dan A140 membentuk satu grup yang sama. Sedangkan analisis filogenetik membentuk 3 grup yang berbeda. Populasi
dura A125 dan A 140 dan populasi B01 T x T membentuk satu grup yang sama. Sedangkan populasi C72 dan B02 membentuk 2 grup yang berbeda. Hasil
analisis Structure, PCoA dan filogenetik memperlihatkan tingkat kemurnian genetik yang tinggi dari tiap populasi yang diuji.
Kata kunci :
keragaman genetik, polimorfik, jarak genetik, populasi, kemurnian genetik
5.1 Pendahuluan
Keberhasilan program pemuliaan kelapa sawit ditentukan oleh beberapa faktor antara lain yaitu adanya keberadaan plasma nutfah yang memadai,
keragaman genetik yang tinggi, serta tingkat kemurnian dari plasma nutfah yang digunakan Putri et al., 2010. Keberadaan plasma nutfah dan keragaman genetik
