Bahan Kimia Bahan dan Metode

41 Tabel 12. Jumlah alel yang diobservasi untuk tiap marka SSR pada populasi kelapa sawit yang diuji Jumlah alel lokus -1 pada populasi C22 dan B57 menunjukkan jumlah yang sesuai dengan yang diperkirakan Tabel13. Namun pada populasi dura A125, A127, dan A 140 terdapat jumlah alel per lokus yang lebih besar dari yang diperkirakan dengan rata-rata 7 alel lokus -1 . Tabel 13. Kesesuaian jumlah lokus alel -1 dan rasio frekuensi alel Population Total loci Loci having number of allelelocus Loci having ratio of allele frequency Fit to the expected Larger than expected Fit to expected Unfit to expected C22 16 16 11 5 B57 16 16 8 8 A140 16 9 7 5 4 A125 16 9 7 4 5 A127 16 9 7 3 6 Sama dengan hasil yang diperoleh pada Bab 3, Jumlah alel lokus -1 untuk beberapa lokus dari populasi yang dievaluasi lebih tinggi dari nilai yang diharapkan dalam model frekuensi alel berdasarkan genetika Mendel Tabel 4 . Locus LG Number of Alleles of each locus for Populations : A125 A140 B57 C22 DuraSelf TxT TxD All mEgCIR0802 1 3 5 3 3 8 3 3 8 mEgCIR3282 2 5 3 3 2 8 3 2 7 mEgCIR0173 3 2 1 1 3 3 1 3 4 mEgCIR3533 4 5 4 2 3 9 2 3 5 mEgCIR2813 5 4 2 2 2 6 2 2 5 mEgCIR3543 6 7 4 3 3 11 3 3 8 mEgCIR0894 7 5 5 3 3 10 3 3 8 mEgCIR0886 8 6 3 3 3 9 3 3 7 mEgCIR3886 9 2 3 3 3 5 3 3 6 mEgCIR3785 10 4 6 3 3 10 3 3 8 mEgCIR3362 11 6 5 3 4 11 3 4 8 mEgCIR2414 12 4 3 3 3 7 3 3 6 mCnCIR0038 13 8 5 2 4 13 2 4 9 mEgCIR3546 14 4 5 2 4 9 2 4 5 mEgCIR3292 15 4 5 3 4 9 3 4 8 mEgCIR0353 16 1 3 1 1 4 1 1 3 Total alleles 70 62 40 48 132 40 48 105 Average 4.375 3.875 2.5 3 8.25 2.5 3 6.56 25 42 Beberapa lokus menunjukkan bahwa perkiraan jumlah alel lokus -1 tidak sesuai dengan rasio segregasi model frekuensi alel berdasarkan genetika Mendel Tabel 4 .

4.3.2 Kebenaran Tetua

Untuk memvalidasi terjadinya ilegitimasi dalam suatu populasi, data genotipe dianalisis menggunakan software COLONY. Berdasarkan hasil analisis COLONY, diketahui bahwa populasi yang dianalisis B57 dan C22 tidak teridentifikasi adanya illegitimasi dalam persilangannya Gambar 10. Namun pada populasi Dura, perpasangan antar tetua terlihat acak. Diduga hal tersebut disebabkan oleh jarak genetik yang terlalu dekat satu sama lain pada populasi Dura sebagaimana yang diutarakan Cochard et al. 2009; Thongthawee et al. 2010a; Ting et al. 2010 dan Wafiqah et al., 2014. Gambar 10. Kontruksi pedigree dari COLONY. Identitas ID tetua pad bagian atas dan ID keturunannya pada bagian bwah. Garis merah menunjukkan tetua jantan dan garis kuning menunjukkan tetua betina

4.3.3 Keragaman Alel dan Nilai Polimorfisme Lokus

Enam belas marka SSR yang dievaluasi menunjukkan 100 bersifat polimorfik terhadap populasi A125, A140, B57 dan C22. . Untuk populasi A125 dan C22, persentase lokus polimorfik sebesar 94. Sedangkan untuk populasi B57, persentase lokus yang polimorfik sebesar 88.. Rata-rata nilai persentasi lokus polimorfik untuk seluruh populasi sebesar 94. Pada seluruh populasi, nilai rata-rata polymophic information content PIC tertinggi terdapat pada lokus B57 C22 A140 A125