Estuaria sering mendapat tekanan ekologis berupa pencemar yang bersumber dari aktifitas manusia, yang menjadi ancaman serius terhadap kelestarian perikanan
laut. Menurut Dahuri 1996 akumulasi limbah yang terjadi di wilayah pesisir, terutama diakibatkan oleh tingginya kepadatan populasi penduduk dan aktifitas
industri. Aktifitas pemanfaatan wilayah pesisir seringkali saling tumpang tindih, sehingga tidak jarang pemanfaatan potensi sumberdayanya menurun dan rusak. Hal ini
karena aktifitas-aktifitas yang dilakukan baik secara langsung maupun tidak langsung dapat mengubah tatanan lingkungan di wilayah pesisir sehingga mempengaruhi
kehidupan organisme di wilayah pesisir. Sebagai contoh, adanya limbah buangan baik dari pemukiman maupun aktifitas industri, walaupun limbah ini mungkin tidak
mempengaruhi tumbuhan atau hewan utama penyusun ekosistem pesisir yang bertahan, namun kemungkinan akan mempengaruhi biota penyusun lainnya yang sensitif. Logam
berat, misalnya mungkin tidak berpengaruh terhadap kehidupan tumbuhan bakau mangrove, tetapi sangat berbahaya bagi kehidupan ikan dan udang-udangnya
krustasea yang hidup di hutan tersebut Bryan, 1976. Selain dari itu penggundulan hutan juga akan menyebabkan bertambahnya
aliran air permukaan dari daratan dimana akan menambah sedimentasi di sungai-sungai dan akhirnya mengakibatkan pendangkalan estuariaperairan pantai. Pendalaman
estuaria karena pengerukan akan menambah volume estuaria dan pembukaan reklamasi daerah pasang surut akan mengurangi aliran pasut, mengubah proses
pencampuran dan pola sirkulasi serta mengurangi waktu kuras estuaria. Dengan berkurangnya waktu kuras estuaria, maka sirkulasi di estuaria tidak dapat
menanggulangi dan mengatur pencemar dalam jumlah besar. Kerusakan ekosistem estuaria tentunya akan menurunkankan peranan ekologi
ekosistem estuaria. Bengen 2004 mengemukakan peran ekologi ekosistem estuaria diantaranya:
1. Sebagai sumber zat hara dan bahan organik yang diangkut lewat sirkulasi pasang surut tidal circulation,
2. Penyedia habitat bagi sejumlah spesies hewan yang bergantung pada estuaria sebagai tempat berlindung dan tempat mencari makanan feeding ground dan
sebagai tempat untuk bereproduksi danatau tempat tumbuh besar nursery ground terutama bagi sejumlah spesies ikan dan udang.
3. Perairan estuaria secara umum dimanfaatkan manusia untuk tempat pemukiman. 4. Tempat penangkapan dan budidaya sumberdaya ikan,
5. Jalur transportasi, pelabuhan dan kawasan industri.
2.2. Kualitas Perairan
Kualitas air merupakan sifat air dan kandungan mahluk hidup, zat, energi atau komponen lain di dalam air. Kualitas air dinyatakan dengan beberapa parameter fisika
suhu, kekeruhan, padatan tersuspensi, dan sebagainya, parameter kimia pH, oksigen terlarut, BOD, kadar logam, dan sebagainya, dan parameter biologi keberadaan dan
kelimpahan makrozoobentos, plankton, bakteri, dan sebagainya. Ada 3 hal penting dalam mempelajari manajemen kualitas air yaitu : 1 observasi,
2 analisa teori dan 3 model numerik. Observasi adalah satu-satunya cara yang digunakan untuk dapat mengetahui karakteristik nyata dari suatu ekosistem dan
merupakan dasar dari analisa suatu teori dan model numerik Gang Ji, 2007. Setelah melakukan observasi di lapangan dengan analisa teori, maka model numerik akan
membantu memahami hidrodinamika dan proses-proses kualitas air dan hasilnya dapat dimanfaatkan untuk mengambil suatu keputusan.
Parameter kunci dalam penentuan kualitas air dan hidrodinamika air pada suatu perairan adalah : 1 Temperatur, 2 salinitas, 3 Arus, 4 Sedimen, 4 Bakteri, 5 Bahan
beracun, 6 DO, 6 Alga dan 7 Nutrient Gang Ji, 2007.
2.2.1. Parameter Fisika 2.2.1.1. Suhu.
Suhu suatu badan air dipengaruhi oleh musim, lintang, ketinggian dari permukaan laut, sirkulasi udara, penutupan awan, dan aliran serta kedalaman dari badan air.
Perubahan suhu berpengaruh terhadap proses fisika, kimia, dan biologi di badan air. Peningkatan suhu mengakibatkan peningkatan viskositas, reaksi kimia, evaporasi dan
volatilisasi. Selain itu, peningkatan suhu air juga mengakibatkan penurunan kelarutan gas dalam air seperti O
2
, CO
2
, N
2
, dan CH
4
Haslam, 1995 dalam Effendi, 2003. Suhu
air merupakan parameter penting dalam menentukan kondisi badan air karena berpengaruh terhadap pertumbuhan dari tumbuhan dan hewan, reproduksi dan
migrasinya Gang Ji, 2007. Suhu air di daerah estuaria biasanya memperlihatkan fluktuasi annual dan
diurnal yang lebih besar daripada laut, terutama apabila estuaria tersebut dangkal dan air yang datang pada saat pasang-naik ke perairan estuaria tersebut kontak dengan
daerah yang substratnya terekspos Kinne, 1964. Parameter ini sangat spesifik di perairan estuaria. Ketika air tawar masuk estuaria dan bercampur dengan air laut,
terjadi perubahan suhu. Akibatnya, suhu perairan estuaria lebih rendah di musim dingin dan lebih tinggi di musim panas daripada suhu air laut didekatnya. Skala waktu
perubahan suhu ini menarik karena dapat dilihat dengan perubahan pasang surut, dimana suatu titik tertentu di estuaria akan memperlihatkan variasi suhu yang besar
sebagai fungsi dari perbedaan antara suhu air laut dan air sungai. Kenaikan suhu di atas kisaran toleransi organisme dapat meningkatkan laju metabolisme, seperti
pertumbuhan, reproduksi dan aktifitas organisme. Kenaikan laju metabolisme dan aktifitas ini berbeda untuk spesies, proses dan level atau kisaran suhu.
2.2.1.2. Gelombang.
Gelombang merupakan gerakan naik turunnya muka air laut yang dibarengi perpindahan partikel air dipermukaan sehingga mempengaruhi kondisi fisik suatu
perairan. Pada umumya gelombang dibangkitkan oleh angin yang bertiup di atas permukaan air laut. Sifat –sifat gelombang dipengaruhi oleh tiga bentuk angin, yaitu :
1. Kecepatan angin : umumnya makin kencang angin yang bertiup, maka makin besar gelombang yang akan terbentuk dan gelombang ini mempunyai kecepatan
yang tinggi dan panjang gelombang yang besar. 2. Waktu dimana angin sedang bertiup. Tinggi, kecepatan dan panjang gelombang
seluruhnya cenderung untuk meningkat sesuai dengan meningkatnya waktu pada saat angin pembangkit gelombang mulai bertiup.
3. Jarak tanpa rintangan dimana angin sedang bertiup dikenal dengan fetch. Gelombang yang terbentuk di danau fetchnya kecil, biasanya mempunyai
gelombang hanya beberapa centimeter, sedangkan yang dilautan bebas
