penggunaan komponen fisika dan kimia saja hanya akan memberikan gambaran kualitas lingkungan sesaat dan cenderung memberikan hasil dengan penafsiran dan
kisaran yang luas. Oleh sebab itu penggunaan komponen biologi juga sangat diperlukan karena fungsinya yang dapat mengantisipasi perubahan pada lingkungan kualitas
perairan. Parameter biologi yang digunakan dalam kualitas air adalah makrozoobentos.
Makrozoobentos memiliki peranan dalam ekosistem perairan, yaitu berperan dalam proses mineralisasi dan pendaurulangan bahan organik serta menduduki beberapa
posisi penting dalam rantai makanan. Lind, 1979. Selain itu, sifat makrozoobentos yang hidup menetap atau bergerak lambat, sehingga jika ada bahan pencemar
memasuki suatu perairan, maka hewan itu yang paling merasakan dampaknya. Perubahan pada struktur komunitas tersebut dapat menggambarkan proses yang terjadi
dalam suatu lingkungan perairan. Untuk mengetahui tingkat pencemaran suatu perairan digunakan indeks
keragaman makrozoobentos. Perubahan pada struktur komunitas makrozoobentos ditandai dengan perubahan pada indeks keragamannya. Odum 1993 mengemukakan
indeks keragaman komunitas 0,60-0,80 adalah standar untuk ekosistem yang tidak menerima masukan bahan organik dan anorganik yang tinggi.
2.2.4. Sedimen
Sedimen adalah kerak bumi yang ditransportasikan melalui proses hidrologi dari satu tempat ke tempat lainnya, baik secara vertikal maupun horizontal Friedman
dan Sanders, 1978. Menurut Barnes 1986 sedimen terdiri atas dua kelompok, yaitu sediment of inlet
dan pyroclastic sediment. Sediment of inlets berasal dari limpasan air sungai, jenis sedimen ini banyak mempengaruhi proses pembentukan pinggir pantai di
sekitar muara sungai. Pyroclastic sediment berasal dari daratan angin atau drainase atau penguraian bahan organik. Kebanyakan estuaria didominasi oleh substrat
berlumpur, yang seringkali sangat lunak. Substrat ini berasal dari sedimen yang dibawa ke dalam estuaria baik oleh air laut maupun air tawar.
Pengendapan partikel juga bergantung pada arus dan ukuran partikel. Partikel yang lebih besar mengendap lebih cepat daripada partikel yang lebih kecil dan arus
yang kuat mempertahankan partikel dalam suspensi lebih lama dari arus yang lemah. Oleh karena itu substrat pada tempat yang arusnya kuat cenderung bersubstrat kasar
pasir atau kerikil karena hanya partikel berukuran besar yang akan mengendap. Jadi, baik air tawar maupun air laut mempunyai tendensi pertama kali melepas sedimen yang
kasar, air laut melepasnya pada mulut estuaria, sedangkan air tawar akan melepasnya pada bagian hulu estuaria atau bahkan pada sungai itu sendiri. Dengan demikian,
daerah tempat pencampuran didominasi oleh endapan halus lumpur, sebagai akibat berkurangnya gerakan air dan pada penggumpalan karena penggumpalan karena
percampuran kedua massa air. Di antara partikel yang mengendap di estuaria kebanyakan bersifat organik. Akibatnya substrat ini sangat kaya akan bahan organik.
Bahan inilah yang menjadi cadangan makanan yang besar bagi organisme yang hidup di estuaria. Besarnya luas permukaan relatif terhadap volume partikel yang sangat kecil
berarti tersedia daerah yang sangat luas untuk pertumbuhan bakteri. Daerah estuaria yang memiliki arus yang kuat, umumnya memiliki substrat
berpasir. Hal ini terjadi akibat pengaruh arus sehingga partikel-partikel yang berukuran besar akan mengendap lebih cepat, sedangkan partikel yang berukuran lebih kecil akan
lama dipertahankan dalam suspensi dan terbawa ke suatu tempat mengikuti pengaruh arus dan gelombang. Endapan lumpur banyak mengendap di pantai, terutama jika air
laut terdorong ke luar estuaria karena aliran air tawar yang besar. Pembentukan endapan juga mendapat pengaruh dari laut, karena pada air laut juga banyak terdapat
parikel tersuspensi. Ketika partikel tersuspensi yang dibawa oleh sungai bercampur dengan air laut, kehadiran ion-ion dalam air laut akan menyebabkan lmpur
menggumpal dan membentuk partikel yang lebih besar melalui proses konglomerasi Nybakken, 1988.
Senyawa-senyawa kimia di sedimen dipengaruhi oleh faktor lingkungan Kondisi utama lingkungan yang merubah komposisi senyawa di sedimen antara lain
pH, redoks potensial, interstitial water IW, bahan-bahan alami yang berasal dari sistem itu sendiri autothonous inputs, dan kegiatan yang dilakukan oleh hewan-hewan
akuatik Chester 1990; Mllero dan Sohn 1992. Faktor lain yg mmperngaruhi adalah produktifitas primer dan sekunder perairan allochthonous inputs, limbah yg berasal
dari manusia antrophogenic input dan kondisi hidrologi hydrologic variables.
