sebagai sebuah institusi pendidikan, FKIP Sanata Dharma berubah menjadi IKIP Sanata Dharma berdasarkan SK Menteri PTIP No.237B-
SWTU1965. Surat keputusan ini berlaku mulai tanggal 1 September 1965.
Dalam masa IKIP tersebut, banyak hal berkembang di Sanata Dharma. Perkembangannya meliputi berbagai aspek, baik yang
menyangkut pembangunan sarana fisik, administrasi, pengajaran dan penelitian maupun pengabdian pada masyarakat. IKIP Sanata Dharma
dilengkapi dengan lembaga-lembaga pendukung, yaitu Pusat Penelitian Sanata Dharma, Pusat Pengabdian pada Masyarakat, dan Pusat Komputer.
Di samping itu, IKIP Sanata Dharma didukung pula oleh dua biro administrasi, yaitu Biro Administrasi Umum BAU dan Biro Administrasi
Akademik dan Kemahasiswaan BAAK. Selain melaksanakan Program SI sebelumnya Sarjana Muda dan
Sarjana, IKIP Sanata Dharma juga dipercaya pemerintah untuk mengelola Program Diploma I, II dan III untuk jurusan Matematika, Fisika, Bahasa
Indonesia, Bahasa Inggris, IPS dan PMP. Berbagai program Diploma ini ditutup pada tahun 1990 dan selanjutnya dibuka program Diploma II PGSD
Pendidikan Guru Sekolah Dasar.
4. Universitas Sanata Dharma 1993-sekarang
Akhirnya untuk menyesuaikan diri dengan tuntutan dan kebutuhan masyarakat serta kemajuan jaman, tanggal 20 April 1993 sesuai dengan SK
Mendikbud No.46DO1993, IKIP Sanata Dharma dikembangkan menjadi Universitas Sanata Dharma atau lebih dikenal dengan nama USD. Dengan
perkembangan ini USD diharapkan tetap dapat memajukan sistem pendidikan guru sekaligus berpartisipasi dalam memperluas wawasan ilmu
pengetahuan dan teknologi. Setelah berkembang menjadi universitas, Sanata Dharma terdorong
untuk memperluas muatan program pendidikannya. Di samping tetap mempertahankan pendidikan guru dengan tetap membuka FKIP Fakultas
Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Sanata Dharma membuka beberapa fakultas baru. Universitas Sanata Dharma sekarang memiliki 8 fakultas
dengan 25 Program Studi, 3 Program Pasca Sarjana, 1 Program Profesi, dan 3 Program Kursus Bersetifikat.
Sekarang ini banyak hal berkembang di Universitas Sanata Dharma. Perkembangannya meliputi berbagai aspek, baik sarana fisik gedung, lab,
perpustakaan, dan fasilitas lainnya, administrasi sistem informasi, manajemen, birolembagapusatserta unit pendukung, peningkatan mutu
akademik, penelitian, pengajaran, serta pengabdian pada masyarakat.
5. Nama-nama Rektor Sanata Dharma
a. Prof. Dr. N. Driyarkara 1955-1967
b. Drs. J. Drost, S. J. 1968-1976
c. Prof. Dr. A. M. Kadarman, S. J. 1977-1984
d. Drs. F. X. Danuwinata, S. J. 1984-1988